In de nabije toekomst heeft het 'ARK-project' een programma opgestart om de kwaliteit van het menselijk leven te verhogen door het vreedzame gebruik van robots. Dr. Komyoji, de hoofdwetenschapper van het project, heeft een proces ontwikkeld om een robot met een figuurlijk menselijk 'hart' te creëren door de installatie van een 'gewetens circuit', maar zijn plannen worden gewelddadig tegengewerkt door onderzoeker Gilbert Kanzaki. Wanneer Dr. Komyoji omkomt bij een schijnbaar ongeluk, worden zijn kinderen Masaru en Mitsuko het doelwit van mysterieuze krachten binnen het ARK-project die controle willen krijgen over de onderzoeksgegevens van de wetenschapper. Maar de schurken worden tegengewerkt door Jiro, de androïde met een menselijk geweten die vecht voor gerechtigheid als de held Kikaider.