モーと彼の娘メギーは、“インクハート”という１冊の本を探し求め旅を続けていた。やがて、その本を見つけると、“ほこり指”と名乗る奇妙な男が父娘の前に現われ、その本の世界に戻してくれ、と迫ってくる。実はモーは、本を朗読するとその本の登場人物を現実世界に呼び出す“魔法舌”という能力の持ち主だった。ただそれと引き換えに現実世界のものを本の世界へ閉じこめる力も持ち合わせており、かつて幼少のメギーにインクハートを読んでいた際、邪悪な王カプリコーンやほこり指を呼び出してしまい、その代わりにモーの妻がインクハートの世界へ送られてしまったのだった。陰謀を企むカプリコーンの脅威を逃れようと大叔母エリノアの屋敷へ避難するも、一味に捕らえられるモーたち。そんな窮地に立たされる中、モーは妻を救い出そうとカプリコーンに立ち向かっていくのだが…。