L’histoire prend place dans la capitale Japonaise, Tokyo, un an après les évènements de la série animée Blood-C. Kisaragi Saya est une jeune lycéenne, vivant avec son père adoptif dans un temple shintô. De nature maladroite, tête en l’air, naïve mais cependant très serviable, elle ne peut s’empêcher de faire le bien autour d’elle. Les apparences sont parfois trompeuses. En effet, derrière son regard d’ange, Saya est l’une des vampires les plus dangereuses de son espèce, œuvrant pour le gouvernement dans le but d’éradiquer toutes menaces surnaturelles.