Años después de los eventos de Megazone 23 II, la única ciudad en la Tierra es el supuestamente idílico Eden. Allí vive Eiji Takanaka, un hacker de nivel B que acaba de ser aceptado en EX, la organización que controla Eden. Sin embargo, antes de su primer día de trabajo, se ve envuelto en una guerra de redes, una figura legendaria llamada EVE y un complot para volver a habitar la Tierra.