정부의 철저한 격리로 범죄자들과 타락한 경찰의 공간이 되어버린 13구역. 새로운 정부가 들어섰지만 여전히 법도, 정의도 없는 그 곳을 지배하는 5개의 조직은 각자 자신의 구역을 삶의 터전으로 위험하고 아슬아슬한 관계를 유지한다. 어느 날, 13구역에서 경찰이 무참히 살해당하는 사건이 발생하면서, 분노한 국민들은 13구역을 완전히 없애버리자는 여론으로 들끓고 13구역은 폭동에 휩싸인다. 하지만 유일하게 정의로운 경찰 데미안과 13구역에서 희망을 보며 살아가는 레이토는 본능적으로 그것이 정부의 은밀한 계획임을 눈치채고, 곧바로 그들의 목숨을 노리는 알 수 없는 정부 세력에 의해 쫓기게 된다. 정부도, 경찰도, 그 누구도 믿을 수 없는 상황. 그들은 13구역의 5개 조직과 의기투합, 정부의 음모에 맞서 멈추지 않는 액션 본능을 폭발하는데…