I Pepperland ånder alt i paradisisk ro; der er musik, harmoni, smukke blomster og fede farver; kort sagt alt det, som Meanierne hader næsten endnu mere end Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band. Derfor angriber de Pepperland med anti-musik missiler og nul-glæde bomber, der stjæler farverne, visner blomsterne og tvinger musikken til at forstumme. Det lykkes en af Pepperne at undslippe i sin gule undervandsbåd og han haster over sø og land for at finde Pepperlands eneste håb; The Beatles, der bevæbnet mod humor, initiativ og 11 af deres bedste sange tager kampen op mod mismodets og middelmådighedens Meanies.

Den gule undervandsbåd forenede på forrygende kreativ vis det syrede Pepperland-eventyr og nogle af The Beatles' bedste sange til én samlet filmoplevelse, der er lige stor, hvad enten du er på første tur til Pepperland eller har løst billet til et kærligt gensyn. Hør klassikerne som "Lucy in the Sky with Diamonds", "When I'm Sixty-Four", "Eleanor Rigby" og "All You Need is Love".