Ti år har gått siden hendelsene i Rise Of The Planet Of The Apes. De intelligente apene, ledet av Caesar, har grunnlagt en sivilisasjon i skogen utenfor San Francisco og lever i antakelsen at menneskeheten har dødd ut. Men plutselig blir apenes fredelige eksistens truet - de treffer på en gruppe mennesker som trenger seg inn på deres territorier. Ledet av Malcolm, forsøker gruppen inntrengerne å finne nye energiforsyninger for å kunne overleve i ruinene i San Francisco. Caesar og Malcolm danner en motvillig våpenhvile, men en voksende mistro - og militante grupperinger på begge sider - gjør at det snart brygger opp til en altomfattende krig.