1750년, 남미의 오지로 선교활동을 떠난 가브리엘 신부 일행. 그들은 신비로운 폭포 절벽 꼭대기에 사는 원주민 과라니족의 마을에 교회를 세우고 이들과 함께 교감하는 데 성공한다. 한편, 악랄한 노예상 멘도자는 우발적으로 자신의 동생을 살해하게 되고, 죄책감과 절망에 빠진 그에게 가브리엘 신부는 함께 원주민 마을로 선교활동을 떠날 것을 권한다. 멘도자는 자신이 사고 팔던 과라니족의 순수한 모습에 진심으로 참회하며 헌신적으로 신부의 길을 걷기 시작한다. 그러나 아름다운 낙원에서의 평화도 잠시, 과라니족의 마을이 포르투갈 영토로 편입됨에 따라 원주민들은 위기에 처하고, 마을을 지키기 위해 무력으로 맞서야 한다는 멘도자와 비폭력의 원칙을 지키려는 가브리엘 신부는 각자의 방식을 선택하기에 이르는데…