L'histoire commence là où la série s'était terminée, lorsque Gordon Shumway - mieux connu sous le nom de Alf, acronyme de "Alien Life Form" - est capturé par la Task Force Alien de l'US Air Force alors qu'il tente de quitter la Terre. Alf est alors enfermé à la base Edmonds, sous les ordres du colonel Milfoil. Ce dernier prévoit de tuer Alf pour les besoins d'un produit de beauté, en prenant soin de laisser une lettre mettant en cause son aide de camp, le lieutenant Reese, comme bouc-émissaire.

Apprenant cela, 2 scientifiques de l'US Air Force - le major Mellisa Hill et le capitaine Rick Mullican - décident d'aider Alf à s'échapper, et parviennent à se réfugier dans un motel.

La police et l'armée alertées, les 3 fugitifs se tournent alors vers Dexter Moyers, un ancien scientifique de la NASA. Son idée est de révéler au monde entier l'existence de Alf. Cependant, Mélissa découvre que Moyers a comme plan secret de vendre Alf au plus offrant.