Il giovane Milo Thatch, cartografo e linguista, sogna di portare a termine il sogno del nonno, famoso esploratore: ritrovare la mitica Atlantide. In possesso di una mappa, Milo decide di unirsi alla spedizione del capitano Rourke e parte alla ricerca dell'isola scomparsa. Giunti a destinazione, i nostri incontrano la Principessa Kida e scoprono che la città è ancora abitata: l'energia di un cristallo ha fatto sì che la popolazione potesse sopravvivere. Il capo della spedizione, però, da sempre al corrente dei poteri magici dei cristalli, ha in mente di impossessarsene per riportarli in superficie e sfruttarli per i propri scopi...