De show speelt zich af in de 18e eeuw en volgt de Shogun Yoshimune, die zichzelf graag vermomt als een laaggeplaatste samoerai en naar zijn hoofdstad Edo gaat om het leven van de gewone man te zien, en om boosdoeners op te sporen en te straffen. die zijn burgers zou schaden. Hij wordt bijgestaan ​​door magistraat Oo'oka en een levendige brandweerman, Tatsugoro, evenals een wisselende cast van andere terugkerende personages.

Samen met Zenigata Heiji en Mito Kōmon behoort het tot de langstlopende series in het jidaigeki-genre. Net als zoveel andere jidaigeki valt het in de categorie kanzen-chōaku, losjes gezegd: 'het goede belonen en het kwade bestraffen'.

In an alternative feudal Japan, a strange disease that only affects males caused a massive population reduction, leaving females to fill the vacant jobs, therefore changing the social structure. Now, 80 years after the initial outbreak with a 1:4 male:female ratio, Japan is a completely matriarchal society. Females hold all important political positions, and males are their consorts. Only the most powerful female—head of Tokugawa shogunate—may keep a harem of handsome and unproductive males, known as "Ōoku".

Commanding shoguns and samurai warriors, exotic geisha and exquisite artisans—all were part of the Japanese “renaissance”; a period between the 16th and 19th Centuries when Japan went from chaos and violence to a land of ritual refinement and peace. But stability came at a price: for nearly 250 years, Japan was a land closed to the Western world, ruled by the Shogun under his absolute power and control. Japan: Memoirs of a Secret Empire brings to life the unknown story of a mysterious empire, its relationship with the West, and the forging of a nation that would emerge as one of the most important countries in the world.