The year is 2022. It is an era of chaos, half a century after the government announced the coexistence of humans and kaijins. Aoi Izumi, a young human rights activist calling for the elimination of discrimination, meets a man named Kotaro Minami, the one called "Black Sun," who is a candidate for the next Creation King.

Takeru Tenkuuji, the son of a ghost hunter, is murdered by the evil Ganma and resurrected by a mysterious hermit and bestowns upon him the Ghost Driver and a Ghost Eyecon, an orb-shaped device which can see ghostly creatures like spirits of dead creatures, Ganma, and other Riders. The hermit tells Takeru that he has 99 days to gather 15 additional heroic Eyecons to be brought back to life permanently, and must fight the Ganma as Kamen Rider Ghost to obtain them.

De Sky Force stuurt vijf hoogopgeleide agenten om deel te nemen aan een experiment waarbij ze worden blootgesteld aan Birdonic Waves, wat resulteert in bovenmenselijke vermogens. Maar wanneer het Earth Ship wordt aangevallen door Vyram, wordt het merendeel van de Birdonic Waves naar de aarde gestuurd en vinden ze vier nietsvermoedende burgers. Nu is het aan deze vier toevallige supermensen – Raita, Kaori, Ako en Gai – naast Ryu, de enige oorspronkelijke agent die Birdonic Waves heeft ontvangen, om hun dimensie tegen Vyram te verdedigen.

Takeshi Hongo is een veelbelovende jongeman met een passie voor motorracen. Zijn dromen worden echter plotseling geruïneerd wanneer hij wordt ontvoerd door Shocker, de kwaadaardige geheime organisatie die van plan is de wereld te domineren. Nadat hij is omgebouwd tot een cyborg, ontsnapt Takeshi en zweert hij de wereld te beschermen tegen de onmenselijke monsters.