L'astronauta John Crichton dell'Agenzia Spaziale IASA effettua un volo spaziale di routine nel tentativo di dimostrare la teoria scientifica dell'effetto fionda utilizzando la gravità terrestre per lanciare il suo modulo spaziale, Farscape 1, ad una velocità elevatissima. Qualcosa tuttavia va storto e il suo modulo spaziale viene colpito da un'improvvisa ondata di radiazioni che lo spinge in un tunnel spaziale attraverso il quale arriva in un punto lontanissimo e sconosciuto dell'universo, nel bel mezzo di una battaglia. Qui, dopo aver urtato accidentalmente un'altra navetta ed aver causato la morte del suo pilota, il protagonista viene salvato e portato a bordo di un'astronave vivente, il leviatano Moya, che trasporta un gruppo di prigionieri alieni in fuga dai Pacificatori, una razza xenofoba che ha istituito una dittatura militare in questa zona della galassia.

Il pilota Pacificatore ucciso accidentalmente è però fratello del Capitano Bailar Crais, ufficiale incaricato di ricatturare i fuggitivi, che stravolto dall'ira per la morte del parente intraprende una crociata personale per ricatturare i fuggitivi e il presunto assassino John Crichton.

Da qui iniziano le avventure di John Crichton che, solo in un luogo lontano anni luce dalla Terra, cercherà una via per sfuggire al suo inseguitore e per far ritorno tra gli umani.