Le Département des Sciences du Comportement est une section d'élite du FBI, spécialisée en psychologie criminelle. Elle intervient sur les pires scènes de crime des cinquante États américains, et traque les meurtriers en analysant leur comportement afin de pouvoir entrer dans leur esprit et les mettre le plus rapidement possible sous les verrous.

Au sein de cette unité qui évolue au gré des départs et des arrivées, chaque membre de l'équipe apporte son expérience et son expertise pour arrêter les tueurs en série qui sévissent à travers les États-Unis.

Raymond « Red » Reddington, l’un des fugitifs les plus recherchés par le FBI, se rend en personne au quartier général du FBI à Washington. Il affirme avoir les mêmes intérêts que le FBI : faire tomber des criminels dangereux et des terroristes. Reddington coopérera, mais insiste pour ne parler qu’à Elizabeth Keen, une profileuse inexpérimentée du FBI. Keen s’interroge sur l’intérêt soudain que Reddington lui porte, bien qu’il soutienne que Keen est très spéciale. Après que le FBI a fait tomber un terroriste sur lequel il a fourni des informations, Reddington révèle que ce terroriste n’est que le premier de beaucoup d’autres à venir : durant les deux dernières décennies, il a fait une liste des criminels et terroristes qu'il croit introuvable par le FBI parce que ce dernier ignorait leur existence et que ce sont les plus importants. Reddington l’appelle « La Liste noire » (« The Blacklist »).

A San Francisco, deux enquêteurs de la criminelle cherchent à élucider le meurtre du célèbre directeur d'une entreprise spécialisée dans la technologie de pointe....

A chaque saison, la série suit les différentes étapes de la résolution d'un meurtre, depuis le moment où le crime est commis jusqu'au moment où se déroule le procès.