James T. Kirk tente d'être à la hauteur de son père sous le contrôle de M. Spock alors qu'un Romulien vengeur du futur crée des trous noirs pour détruire la Fédération, planète par planète.
Le vaisseau Enterprise est redirigé vers la planète mère romulienne Romulus, sous prétexte que ces derniers veulent négocier un traité de paix. Le capitaine Picard et son équipage découvrent une grave menace pour la Fédération lorsque le préteur Shinzon prévoit d'attaquer la Terre.
En 2287, le capitaine Kirk et son équipage prennent sur Terre des vacances bien méritées... Mais lorsqu'ils apprennent que le Vulcain Sybok, demi-frère de Spock, vient de prendre en otage des diplomates venus cohabiter sur la planète Nimbus III, nos héros remontent à bord de l'Enterprise...