Enkele jaren na de gebeurtenissen uit de eerste film is het Jaegerprogramma ten prooi gevallen aan corruptie en zijn de massavernietigingswapens in verkeerde handen gevallen. De machine Gipsy Avenger is hiervan een voorbeeld.
In de toekomstige wereld, na een bijna totale uitroeiing van het leven op aarde, gaat de mensheid met behulp van gigantische robots (Eva's) het gevecht aan tegen aanvallen van de gevaarlijke Angels.
In de nasleep van de Fourth Impact, gestrand zonder hun Evangelions, vinden Shinji, Asuka en Rei hun toevlucht op de geruïneerde planeet Aarde. Daar leeft elk een leven dat heel anders is dan hun dagen als Evangelion-piloot. Het gevaar voor de wereld is echter nog lang niet voorbij. Een nieuwe impact doemt op aan de horizon - een die het ware einde van Evangelion zal blijken te zijn.
Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.
Het is veertien jaar na de 'Derde Impact'. De Angels vallen nog steeds de mensheid aan. Shinji Ikari is gered van het Evangelion Unit-01 en merkt dat de wereld niet ten goede is veranderd. Alles ligt in puin, zijn voormalige bondgenoten van NERV zijn hem vijandig en Rei Ayanami, het meisje waar Shinji alles voor heeft geriskeerd, is nergens te vinden. Terwijl hij probeert zich aan te passen aan de nieuwe wereld ontmoet Shinji de raadselachtige Kaworu Nagisa. Samen met hem gaan ze op zoek naar Rei en naar de verschrikkelijke waarheid achter de Angels, NERV en de Evangelions.
Het leger erkent de vernietigende kracht van zijn gevangengenomen gigantische Ape en maakt zijn eigen gevechtsklare AI, Mecha Ape. Maar de eerste praktische test loopt vreselijk mis, waardoor het leger geen andere keus heeft dan de gevangengenomen gigantische aap vrij te laten om de kolossale robot te stoppen voordat deze het centrum van Chicago vernietigt.
Op Aarde is ruim 95% van de mensheid omgekomen. De overgebleven 5% proberen met behulp van gigantische robots de Aarde (voornamelijk Japan) te verdedigen tegen aanvallen van de gevaarlijke Angels.
In C.E.75 gaan de gevechten nog steeds door. Er zijn onafhankelijkheidsbewegingen en agressie van Blue Cosmos... Om de situatie te kalmeren wordt een mondiaal vredesbewakingsagentschap opgericht, COMPASS genaamd, met Lacus als eerste president. Als leden van COMPASS komen Kira en zijn kameraden tussen in verschillende regionale veldslagen. Dan stelt een nieuw opgerichte natie genaamd Foundation een gezamenlijke operatie voor tegen een Blue Cosmos-bolwerk.
In de huid van Iron Man voorkomt miljardair Tony Stark een aanval van een nieuwe mysterieuze vijand. Daarbij komen onschuldige omstanders om het leven, waaronder zijn beste vriend War Machine, luitenant-kolonel James Rhodes. Iron Man wordt gevangen gezet om door S.H.I.E.L.D. verhoord te worden. Maar hij slaagt erin te ontsnappen en gaat op jacht naar het brein achter de aanval. Op de hielen gezeten door Black Widow en Hawkeye roept Iron Man de hulp in van de genadeloze Punisher. Maar is de gepantserde wreker opgewassen tegen zijn nieuwe vijand die beschikt over een dodelijk wapen: Technovore, een biotechnologie waarmee al het leven op aarde vernietigd kan worden.
De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
In een meedogenloze oorlog verplettert het Heilige Britse Rijk de Japanse strijdkrachten en verovert het land snel. Als gevolg van deze nederlaag verliest Japan zijn onafhankelijkheid en wordt het de elfde kolonie van de wereldmacht. Van nu af aan worden de Japanners ‘Elevens’ genoemd, opeengepakt in getto’s en ontdaan van alle fundamentele rechten. Maar er is verzet tegen de bezetters: Lelouch, afgewezen door zijn vader, de keizer van het Britse rijk, en gedeporteerd naar Japan, wil de grote macht vernietigen. Met behulp van de bovennatuurlijke kracht van Geass, de kracht van koningen, kan hij iedereen zijn bevel laten gehoorzamen. Voor Lelouch begint een ongelooflijk schaakspel tegen zijn eigen vaderland, waarin de Elfen, de Britse soldaten en de Japanse rebellen de stukken vertegenwoordigen...
Na Chars rebellie leidt Hathaway Noa een opstand tegen de Aarde-federatie. Zijn lot verandert echter als hij een vijandelijke officier en een mysterieuze vrouw ontmoet.
Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.
Galo and the Burning Rescue Fire Department face off against BURNISH, a group of mutants who are able to control and wield flames, and the fire disaster they have unleashed on Earth.
Het is alweer tien jaar geleden toen Koji Kabuto en zijn gigantische robot Mazinger Z de wereld redde van de dwaze wetenschapper Dr. Hell en zijn Underground Empire. Koji ontdekt een nieuw gevaar dat diep onder Mount Fuji is begraven. Hier vindt hij de mysterieuze levensvorm LiSA die zich bevindt in een omhulsel genaamd Infinity. Dr. Hell wil Infinity in zijn handen krijgen om zo een nieuwe poging te wagen om de wereld te vernietigen. Kunnen Koji en Mazinger Z wederom Dr. Hell en zijn aanhang verslaan?
Kenichi en zijn oom onderzoeken een illegaal experiment in de megastad Metropolis. Beiden ontdekken dat het gaat om een supermens genaamd Tima die over de wereld moet heersen onder het beheer van Duke Red. Maar de 'zoon' van Duke Red is daar fel op tegen en probeert alles om het hele plan te saboteren.
In UC 0093, the Federation has recovered from its defeat and has created a new anti-colonial special forces unit to deal with rebel forces: Londo Bell. Elsewhere in space, Char Aznable reappears out of self-imposed hiding with a declaration that he now commands his own Neo-Zeon movement, and intends to force the emigration of Earth's inhabitants to space by bringing about an apocalypse.
Vrouwelijke testpiloot Kusomoto Elle vernedert macho-tankchauffeur Lt. Kilgore in de eerste demonstratie van de geavanceerde persoonlijke gevechtstank, de MADOX. Kilgore zweert wraak en krijgt zijn kans als het leger het prototype in Tokio nogal achteloos verliest. De MADOX wordt gevonden door ingenieursstudent Sujimoto Kouji, die niet de tijd neemt om de handleiding volledig te lezen en uiteindelijk door Tokio zoeft, gevangen in een machine waarvan hij niet helemaal weet hoe hij hem moet bedienen. Raad eens wie de taak krijgt om de nu mobiele vermiste MADOX te stoppen? Arme Kouji. Als hij te laat is voor zijn date, is het voorbij tussen hem en zijn vriendin. Zijn huidige kleding herdefinieert de term 'over-dressed'. En als klap op de vuurpijl wil Kilgore hem uitschakelen.
Yoko schrijft een lied aan haar geliefde. Dit lied blijkt echter de sleutel tot een alternatieve wereld genaamd "Ashanti". Wanneer blijkt dat het leger van Ashanti het lied wil gebruiken om een portaal te openen naar Yoko's wereld, moet ze met haar nieuwe vrienden het gevecht aan gaan om de orde te herstellen.
De heer Takazawa, een oudere invalide die thuis wordt verzorgd door Haruko, een jonge student verpleegkunde, wordt door het Japanse ministerie van Openbaar Welzijn gekozen om de Z-001 te testen, een geautomatiseerd ziekenhuisbed met robotfuncties dat naar verluidt meer efficiëntie en vaardigheden vertoont dan welke menselijke verpleegster dan ook, maar Haruko wantrouwt een machine die geen rekening kan houden met menselijke gevoelens.