La storia ha come protagonista una ragazza di 17 anni, Suzume, che vive in una tranquilla cittadina del Kyushu. Un giorno incontra un giovane viaggiatore che sta cercando una misteriosa "porta" e decide di seguirlo. Proprio la ragazza scopre l'esistenza di un vecchio portale tra le rovine delle montagne. La leggenda narra l'esistenza di diverse porte collegate tra loro in tutto il Giappone e che la chiusura di una di esse porti terribili sciagure.

Mitsuha è una studentessa che vive in una piccola città rurale e desidera trasferirsi a Tokyo, nella grande metropoli dove ogni sogno si può realizzare. Taki è uno studente di liceo che vive proprio a Tokyo, ha un lavoro part-time in un ristorante italiano, ma vorrebbe lavorare nel campo dell’arte o dell’architettura. Una notte, Mitsuha sogna di essere un giovane uomo, si ritrova in una stanza che non conosce, ha nuovi amici e lo skyline di Tokyo si apre dinnanzi al suo sguardo. Nello stesso momento Taki sogna di essere una ragazzina che vive in una piccola città di montagna che non ha mai visitato. Ma quale sarà il segreto che si cela dietro questi strani sogni incrociati?

In un tempo passato, Hoopa Libero invoca i Pokémon leggendari Kyogre, Groudon, Reshiram, Zekrom e Regigigas grazie ai suoi anelli, causando la parziale distruzione di una città. Viene tuttavia bloccato da un uomo che intrappola la diabolica forma all'interno di una bottiglia. Lo stesso oggetto viene ritrovato un secolo dopo all'interno di una grotta.

Mentre Ash Ketchum e i suoi amici si trovano nella città che ha rischiato la distruzione molti anni prima, s'imbattono in Hoopa che mostra i suoi poteri: davanti agli occhi increduli dell'allenatore. Nello stesso luogo giunge una persona che, utilizzando la bottiglia, è in grado di trasformare Hoopa, scatenando le sue pulsioni distruttive. Vedendo gli effetti della bottiglia sul Pokémon leggendario, il Team Rocket decide di impadronirsene: il loro intervento porterà alla creazione di un Hoopa Libero e alla rottura dell'oggetto magico. Le due forme di Hoopa si trovano quindi a combattere, aiutate dalle varie forme di Pokémon leggendari.

Quando alcuni ricercatori scoprono ed utilizzano un fossile del mitico Pokémon Mew, danno vita a Mewtwo, un Pokémon leggendario che sfida le leggi della natura, dai poteri straordinari e creato come strumento di distruzione…

Quando il padre di Molly, Spencer Hale, scompare durante un sopralluogo all'interno di alcune rovine la piccola rimane sola. Inconsapevole, spinge gli Unown a creare per lei il mondo che desidera e si convince che il padre sia diventato il pokémon Entei. Quando Entei rapisce la mamma di Ash, il ragazzo, accompagnato da Misty e Brock tenterà di fermare i misteriosi avvenimenti legati alla bambina, agli Unown e ad Entei.

Hodaka è uno studente delle superiori che decide di scappare di casa e da una remota isola si trasferisce a Tokyo. In città inizialmente fa fatica a mantenersi perché non è in grado di lavorare legalmente a causa del suo status di minorenne in fuga, ma finalmente trova un lavoro come scrittore per una piccola rivista sull'occulto. Dopo aver iniziato il suo lavoro, il tempo diventa sempre più piovoso giorno dopo giorno. In un angolo della città affollata e frenetica, Hodaka incontra una ragazza di nome Hina. Costretti dalle circostanze, Hina e il fratello minore vivono insieme, anche se accettano la situazione allegramente. Hina ha anche un potere: è in grado di fermare la pioggia e schiarire il cielo.

Nel Regno dei Diamanti il Diamante Cuore si sta lentamente spegnendo: la piccola Diancie, potente Pokémon ancora inesperto, non dispone ancora dei poteri sufficienti per crearne uno nuovo. Sarà necessaria una missione nella All-Earth Forest per incontrare il Pokémon della Vita, Xerneas, e incrementare così i propri poteri. Il viaggio desta però l'attenzione del Team Rocket, ingolosito dal potere di Diancie, ma non è il solo pericolo a cui la principessa sarà esposta.

Nel profondo della giungla, lontano da qualsiasi insediamento umano, troviamo la foresta di Okoya, un’area riservata ai Pokémon e protetta da un rigoroso codice di regole. In questa giungla troviamo Koko, un piccolo umano cresciuto come un Pokémon dal Pokémon misterioso Zarude. Koko è cresciuto con l’assoluta certezza di essere un Pokémon. Ma un giorno, in seguito a un incontro fortuito con Ash e Pikachu, Koko si ritrova con il suo primo amico umano. Può considerarsi un Pokémon? Oppure è semplicemente un essere umano? Il pericolo incomberà sulla foresta di Okoya metterà in discussione il legame tra Pokémon ed esseri umani, così come l’amore tra genitore e figlio.

Ash si imbatte nel Pokémon misterioso Volcanion, che piomba improvvisamente dal cielo in una nuvola di polvere e subito una forza arcana e potente li unisce! Lo sprezzante Pokémon sarà costretto a portare con sé il ragazzo nella missione di soccorso che ha intrapreso. #I due arrivano in una città fatta di ingranaggi, dove un ministro corrotto si è impossessato di una straordinaria invenzione: il Pokémon Artificiale Magearna, creato dagli uomini 500 anni fa. L'infido ministro vuole assumere il controllo del regno meccanico servendosi del potere misterioso di questo Pokémon.

Mewtwo è il primo Pokémon geneticamente modificato, creato in laboratorio, a partire dal DNA di Mew. Il Pokémon tuttavia è restio e non vuole diventare una cavia da laboratorio. Per questo motivo decide di distruggere il laboratorio usando i suoi poteri psichici. Successivamente Mewtwo stringe una alleanza con Giovanni, il capo del Team Rocket, che lo aiuta a sfruttare al massimo le sue capacità. Tuttavia tenta di ingannarlo, usandolo per i suoi scopi. Per questo motivo il Pokémon decide di ribellarsi, una volta giunto alla conclusione che gli esseri umani siano malvagi e che sfruttino i Pokémon come loro schiavi.

La giovane Sakura è gravemente malata e non le restano molti giorni da vivere, ma nessuno lo sa. Finché il timido e introverso Haruki non lo scopre, in maniera del tutto casuale. Tra i due nasce un complicato rapporto di amicizia, che insegnerà molto a entrambi sulla vita e sull'affetto reciproco.

L'umanità vive raggruppata in una fortezza per proteggersi dai Titani, mostri giganteschi e mangiatori di carne umana.

Ash Ketchum è un ragazzo che, compiuti dieci anni, si reca dal Professor Oak per scegliere il suo primo Pokémon e iniziare il suo viaggio come allenatore di Pokémon. Inizialmente il suo Pikachu lo detesta, ma dopo essere stato salvato da uno stormo di Spearow, il Pokémon cambia idea. Ash e il suo Pikachu incontrano il Pokémon leggendario Ho-Oh.

Ash, Brock e Lucinda giungono nella città di Alamos per partecipare ad una Gara Pokémon, dove vengono accolti da Alice e dal suo Chimchar. La ragazza li accompagna con la sua mongolfiera e si propone di fare da guida turistica: mostra loro il paesaggio, gli edifici, la Torre Spazio-Tempo ed i giardini della città. Mentre i Pokémon giocano nel giardino, Gallade avvisa Alice che qualcuno ha deturpato i giardini. Il Barone Alberto, cittadino eminente di Alamos, è convinto che il responsabile sia il Pokémon leggendario Darkrai.

Eren Yeager leaves to restore a break in the wall destroyed by a Titan. He comes under attack by the Titans and is cornered. Shikishima comes to his aid. The titans never stops attacking. Eren is now injured and tries to protect Armin, but is swallowed by a titan. A Titan with black hair appears and begins to expel the other titans.

Un collezionista di Pokémon, Lawrence III, decide di catturare il Pokémon leggendario Lugia intrappolandolo nella sua nave da guerra volante. Per svolgere la sua missione deve prima catturare i tre uccelli leggendari: Articuno, Zapdos e Moltres. Inizia proprio da quest'ultimo, disturbando l'equilibrio meteorologico del pianeta. A causa dell'imprigionamento del Pokémon di Fuoco, Ash, Misty e Tracey, in viaggio attraverso le Isole Orange, sono costretti a causa del maltempo a rifugiarsi sull'isola Shamuti, proprio nel giorno dedicato ad una tradizionale cerimonia del luogo.

Moshimo, Giappone. Il festival annuale dei fuochi d'artificio sta per avere luogo e un gruppo di scolari, discutendo se siano rotondi o piatti quando vengono visti da diverse angolazioni, si mette in cammino per scoprirlo.

Un gruppo di cinque Genesect ha invaso la grande città e rappresenta una minaccia per la fornitura di elettricità, che attira l'attenzione del leggendario Pokémon Mewtwo. Ash, Pikachu ei suoi amici devono venire in soccorso quando il potente leader, un Genesect rosso, affronta Mewtwo.

In questo seguito diretto al video di Pokémon: Il primo film, Ash, Misty e Brock continuano ad esplorare la regione di Johto, quindi devono salvare Pikachu dopo che lo hanno rapito Jessie e James del Team Rocket. La ricerca li conduce sull'altopiano nascosto dove Mewtwo ha stabilito un rifugio per i Pokémon clonati del film precedente. Il malvagio Giovanni sta tramando per riconquistare Mewtwo e rinnovare i suoi sforzi per creare un esercito di Pokémon bioingegnerizzati. Aiutato dal riluttante Meowth, Ash e i suoi amici sconfiggono Giovanni e il suo scagnozzo.

Ash, Brock e Lucinda raggiungono la città di Michina dove conoscono Sheena e incontrano tre pokémon leggendari. Verranno portati indietro nel tempo nel tentativo di restituire il Gioiello della Vita al mitico Arceus.