绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里......

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说神奇宝贝在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大传说神奇宝贝的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，战场也随之转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？好看又刺激的一场争斗即将展开!

自称为“狂妄的疯狂科学家”,至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的脑袋，开始出现了庞大的”负荷”……

收集到关都八个道馆徽章的小智与他的同伴，某日，和海盗风格的训练家(台译：美国男)战斗完后，忽然收到快龙送来的信，内容说是要邀请他们和“全世界最强的训练家”会面，地点是新岛的神奇宝贝城，他们就毫不迟疑的前往。然而这其实是被人类以复制方式所创造出的神奇宝贝—超梦为了报复，所设下的陷阱。而这时，在亚马逊丛林的深处，梦幻也感受到超梦的存在而苏醒，一场“本尊”和“分身”间的战争即将展开。

小智一行人为了观看一千年才出现七天的千年彗星，而来到了某处，正好有移动式游乐园也到了这里。在游乐园内，他们认识了魔术师巴特勒与他的助手黛安。在表演中，小胜不时听到有人在呼唤他的声音，巴特勒得知后，并告诉他们有关基拉祈的事，同时将沉眠之茧交给他们。传说当千年彗星造访地球的时候，只要有心地纯真的人当搭档，基拉祈就能从沉眠之茧中苏醒七天，之后就会再次沉睡。基拉祈具有实现人们愿望的能力，表面和善的巴特勒，背地却想利用基拉祈的力量来达成自己的野心，小智等人有办法保护基拉祈吗？在这不可思议的七天七夜里，一场冒险即将展开！

正在进行修业之旅的小智、小刚、小遥和小正，在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克以及小智一行展开激烈的正邪争夺战

故事发生在未来的世界中，当周遭真实发生的所有事情都无法再刺激到年轻人麻木的神经后，他们将目光投向了虚无的虚拟世界当中，于是，一款名为“阿瓦隆”的游戏诞生了。在游戏中，人们可以选择任何他们想要经历的刺激关卡，在通关后甚至可以得到巨额的奖励。就这样，越来越多的人们沉溺于虚拟世界的厮杀和争斗，而等待着他们的最终结果就是过度刺激造成的脑部的永久性损伤。 　　阿修（玛尔歌泽塔·弗雷姆夏克 Malgorzata Foremniak 饰）是诸多游戏者中的一员，她精湛的技术和独来独往的特殊个性引来了众人的瞩目，却也引来了危险的竞争者。为了弄清楚这个神秘竞争者的真实面目，阿修在虚拟和现实世界中展开了双线调查，随着调查的深入，一段隐秘的往事渐渐的浮出了水面。

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。 在旅途中，小智们与正在寻找同伴的神奇宝贝索罗亚相遇，并一起结伴同行。 就在此时，被称为索罗亚克的神奇宝贝竟然化身成为雷皇、炎帝、水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。 就连相隔了20年再度回到这座城市的雪拉比，也面临了危险……

在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。一个叫雪成的男孩想进去那个森林去画画，在森林内，雪成遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比，当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候，雪拉比带着雪成到了40年后（现代），正好小智他们在这森林里，他们救了雪成，雪成告诉了小智他们关于时拉比的事，小智他们救了雪拉比，并和他成为了好朋友。与此同时，火箭队的三干部比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪拉比。比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与雪成拼命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化…… 激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢......

很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的神奇宝贝-路卡利欧跟自己一起牺牲，亚朗于是并将它封印在权杖内，就这样过了好几百年......。小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办歌诵勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典举办的比赛中拿到优胜，荣获勇者亚朗的名号。在当晚，正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路卡利欧对于亚朗封印自己的事十分不能谅解。这时小胜跑了过来告诉大家梦幻带走了皮卡丘。十分担心皮卡丘安危的小智等人，于是并决定在路卡利欧及探险家琪朵小姐的带领下，前往梦幻所居住的地方-世界初始之树......

在这个世界上有一个神秘的镜子反射般的世界。在那里没有所谓的美丽，是骑拉帝纳栖息之处。可是因为帝牙卢卡与帕路奇犽的战斗，时空开始扭曲，反转世界被称为黑色瘴毒的云层给覆盖。看到自己的栖身之所被玷污而震怒的骑拉帝纳，找到了罪魁祸首帝牙卢卡，并打算将其带入反转世界。另一方面，在小智等人跟前出现了样子迷你可爱的神奇宝贝，那是被称为感谢神奇宝贝的洁咪。为了帮助洁咪前往葛拉西蒂亚花花田，以进行被称为“花之传递”的集体迁移，小智一行人和洁咪展开了短暂的冒险旅程。

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝——拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密地看守着守护这座城市的宝石：心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？

Unaired episode 13 of Choujigen Game Neptune: The Animation, included in the 7th BD/DVD volume.

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……

传说中创造世界的神奇宝贝阿尔宙斯，在某次灾难中拯救了世界不被灭亡，但却身受重伤，是达摩斯救了他。 之后，为了使米季纳的土地复苏，阿尔宙斯将其生命宝玉借给达摩斯，并约定在下一个日蚀之日归还，但达摩斯却背叛了誓言。 阿尔宙斯长眠前，许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。 在阿尔宙斯苏醒之后，以压倒性的力量将三神彻底打败，而帝牙卢卡也在倒下前夕将小智一行人送到过去，去了解达摩斯为什么会背叛阿尔宙斯的真正缘由。

在合众地方旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或神奇宝贝不可思议力量的梦幻神奇宝贝——比克提尼。大地之民的后裔——德雷多企图利用比克提尼的魔力让早已绝迹的古王国重现人间，艾茵多奥克因此陷入前所未有的混乱。 究竟小智一行人能不能拯救陷入危机的城市呢？比克提尼的命运将会如何？伴随着捷克罗姆、雷希拉姆的谜团，神奇宝贝史上最大的冒险，带给你无限的感动！

在合众地方旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或神奇宝贝不可思议力量的梦幻神奇宝贝——比克提尼。大地之民的后裔——德雷多企图利用比克提尼的魔力让早已绝迹的古王国重现人间，艾茵多奥克因此陷入前所未有的混乱。 究竟小智一行人能不能拯救陷入危机的城市呢？比克提尼的命运将会如何？伴随着捷克罗姆、雷希拉姆的谜团，神奇宝贝史上最大的冒险，带给你无限的感动！

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在臭氧层的天空神奇宝贝—烈空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。战况到了最后，烈空坐原本陷入一面倒的惨况，让代欧奇希斯松懈了下来，没想到代欧奇希斯却一时大意，被烈空坐最后的破坏死光消灭，其核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心，但是小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复活，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。烈空坐也感觉到代欧奇希斯的复活，向拉鲁斯市飞去，两只神奇宝贝的大战即将一触即发....

男主角加贺见优希作为凤梨学院高等部特招生入学，但因为名字太像女生而被大意的老师柿乃坂绫奈编入女生宿舍。他与校方协商，但被告知如果身份被知道就会被退学。于是他进入了充满女装的波乱校园生活。

在人类修改植物遗传因子，企图控制植物的愚蠢计划失败后，树木开始具有了思想意识，月球表面的树木毫无节制的变大，并以无法想象的速度滋生蔓延，最终竟然化为龙型怪物袭击了地球，爆炸带来的强烈闪光笼罩着地球，地球面临着从未有过的大灾难。300年的时光匆匆流去……地球在遭到有意识的树木袭击后，残存下来的一部分人类为了求得生存放弃了与森林敌对的思想，开始寻求与森林共同生存之道。因此残存下来的人分成了与森林共存的种族和与森林敌对的种族。阿基德(胜地凉配音)等人在叫做“中立都市”这个荒凉的地方以与森林共存为宗旨生活着，虽然环境极度恶劣但是他们仍然坚强愉快地过活。直到有一天，阿基德与好友凯因一起到传说中的禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着神奇光芒的机械，以及沉睡在其中的美丽少女——朵拉(宫崎葵配音)，无意间的邂逅改变了那个世界的命运。阿基德唤醒了沉睡的朵拉，才知道原来她并不属于这个时代，而是利用先进科技手段减缓新陈代谢，沉睡了300年的过去世界的人。来到了“中立都市”的朵拉受到了现实世界的强烈冲击——人们住在倒塌的建筑中，即没有电也没有自来水，就连取泉水也困难重重……这样的生活，让这个来自文明社会的朵拉困惑了——难道世界变化了300年，科技文明反倒倒退的荡然无存。“中立都市”的人们对待这位来自300年前的朵拉非常友善，可是森林却像怪兽一样对她展开莫名的攻击，在无法忍受的情况下，朵拉的感情终于爆发了。就在此时，与森林敌对的都市“莱克纳”出现了一个同样是来自过去的男人休纳克。他告诉朵拉，她就是让文明社会复原的关键，并要带她离开。虽然朵拉可以让人类摆脱现在的困境，但这个使命充满着危险。为了保护朵拉，阿基德与“森林”签定契约，得到了无穷大的力量，作为契约条件之一他变成了“银发”，伴随着两个人的“使命”和“禁断之力”，充满谜团的故事会怎样发展呢？