Une catastrophe de cristal s'attaque à Greenfield... Sacha, Pikachu et leurs amis doivent trouver une solution pour réparer les dégâts causés à cette ville jadis si élégante. Mais l'impensable se produit quand la mère de Sacha est enlevée par le puissant Entei, un Pokémon qui était censé n'exister qu'en légende... Sacha doit partir à sa rescousse, sans savoir ce que cachent réellement ces événements incroyables : une jeune fille dont le rêve est transformé en cauchemar par des Zarbi mystérieux et inarrêtables.

Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, Kurisu doit faire le choix entre ne pas remonter dans le temps comme celui-ci le lui a demandé, ou tenter de le sauver malgré les conséquences que cela pourra entraîner sur le monde.

En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel.

Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.

Asuna, jeune écolière solitaire, passe son temps libre à écouter une mélodie qui sort du poste à diode offert en souvenir par son père. Un jour, en se promenant dans la montagne près de chez elle, elle est attaquée par une redoutable créature. Elle est sauvée in extremis par un Shun, un mystérieux garçon disant venir d'un monde lointain. Mais il disparait aussitôt apparu, et Asuna, pour le retrouver, va s'embarquer dans la plus incroyable et la plus dangereuse aventure de sa vie. Par Makoto Shinkai, l'auteur-réalisateur de Cinq Centimètres par seconde et La tour au-delà des nuages.

Ce film met en avant pour la première fois à l'écran le Pokémon légendaire Arceus, qui serait à l'origine du monde. Nos 3 héros arrivent dans la région de Michina et s'arrêtent pour faire une pause dans la rivière en se baignant. Des pastèques apparaissaient, alors que Aurore et Sacha tentaient de les prendre, deux dresseurs arrivaient et leurs confirmait que les pastèques leurs appartiennent mais qui ont été égarées par le courant de l'eau.

L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !

La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "l'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom.

L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…

Sacha et Pikachu s'apprêtent à vivre le plus grand combat Pokémon de tous les temps. Palkia et Dialga s'affrontent, créant de terribles dégâts et le mystérieux Darkrai rode.

Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.

Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.

La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "L'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom.

Au cours de leur voyage, Sacha et ses amis rencontrent un couple de magiciens qui leur confie une pierre mystérieuse. Celle-ci va se transformer en Jirachi, Pokémon miraculeux ayant le pouvoir d'exaucer tous les voeux ! Le couple de magiciens va alors tenter par tous les moyens de le récupérer...

300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées.

Dans ce nouveau monde, coexistent deux cités : Ragna, qui œuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt.

Mais le destin s'en mêle lorsqu'Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !

Dans une ville fictive d'Europe centrale, Ash est une accro de jeux vidéo et de réalité virtuelle. Solitaire, le seul compagnon qu'on lui connaisse est son chien. Elle était membre du groupe Wizard, constitué de véritables aficionados d'un jeu de guerre illégal nommé "Avalon", en référence à l'île légendaire où reposent les âmes des héros. Mais depuis que la bande s'est dissoute, Ash joue seule. Un jour, elle apprend que son ancien amant, Murphy, est devenu un zombie, un "non-revenu". Ce dernier était pourtant un joueur talentueux. Son sort intrigue Ash. Celle-ci décide alors de refaire le chemin qu'il a pris en jouant dans une zone interdite baptisée "Class A". Pour y parvenir, elle doit suivre l'Ombre, une mystérieuse petite fille aux yeux tristes.

Kagami Yuuki, est un heureux garçon qui s'est inscrit dans l'académie de ses rêves, et ce, en tant qu'étudiant d'honneur. Seulement, tout ne se passe pas comme prévu et le voici admis dans le dortoir... des filles! De peur de devoir quitter l'école, Yuuki décide de s'habiller comme une fille.

Mais il n'avait pas prévu de partager sa chambre avec l'enseignante Kakinozaka Ayana...

Pendant leur voyage, Sacha, Ondine et Pierre décident de laisser leurs Pokémon dans un centre de vacances. Sacha demande à Pikachu de faire attention à Togepi. Dès l'entrée, Pikachu se fait écraser par ses congénères, visiblement plus pressés que lui d'entrer.