安東尼奧・泰勒手上握有機密情報而遭武裝集團綁架，為此美國總統專屬特務里昂前往追查，卻意外遭遇一名神祕女子妨礙，讓犯人得以逃逸。另一方面，反生化武器組織「BSAA」的克里斯、吉兒以及擔任顧問的蕾貝卡，正針對舊金山一帶所發生感染源不明的殭屍疫情進行探查。在克蕾兒所屬的組織協力調查之下，發現病毒確診者全都去過監獄島・阿爾卡特拉斯。為了調查真相，克里斯一行人於是搭乘渡輪往監獄島出發……

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裡錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裡，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。江戶川柯南除了要防止怪盜基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底江戶川柯南要怎麼行動呢？

柯南與少年偵探團受邀來到八丈島海域賞鯨，卻意外捲入黑暗組織的陰謀事件。柯南收到赤井秀一的消息，得知有一位歐洲刑警機構職員遭到琴酒殺害，於是決定潛入海洋設施「太平洋浮標」進行調查，然而在調查過程中，灰原哀的生命卻陷入險境。柯南能否順利救出灰原？灰原的真實身分是否會被發現？新的黑影PINGA又是誰？

怪盜基德對斧江財團位於北海道函館的收藏庫發出了預告信，然而奇怪的是，向來只愛盜取名貴珠寶的基德，這次鎖定的目標竟然是一把幕末時代的日本刀。在此同時，柯南與關西名偵探服部平次，正巧為了劍道大會也來到了函館，面對神秘的殺人事件以及基德的公然挑戰，柯南與平次能否成功阻止基德？而秘藏在刀裡的驚人真相又究竟為何？

次元因為不滿意槍枝準星偏移，打算找世界上最強的槍匠修理手槍。最終他找到了千春，經營鐘錶店的她原來是超級厲害的槍匠。在次元說服千春幫忙的時候，小音找到店裡，希望千春能換一把手槍給她。不久後，次元發現小音的祕密還有想要抓她的神祕組織。在小音被綁架後，次元得跟時間賽跑，設法搶救她。

兩年前，10歲的天才少年澤田弘樹在完成人工智慧後墜樓身亡。兩年後的某一天，眾多政商名流來到米花市政大樓。這裡正在舉行能夠一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲機「繭」的發表會。他們的子女全都受邀參加。玩家可透過這個遊戲，進入虛擬世界中，體驗實地遊玩遊戲的快感。結合最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入一部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦操作讓遊戲者沉睡於歷史上曾經發生過事件的年代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。 柯南、灰原及少年偵探團成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上「繭」。另一方面，湯瑪斯·辛多拉董事長基於某些動機，殺害了「繭」的研發者兼負責人——樫村忠彬，而在這起殺人事件發生的同時，一個名為「諾亞方舟」的人工智慧佔據「繭」的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有政商名流宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有一個人能夠存活到最後就算你們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會喪命於此。」 現實中，少數知道柯南身份，同時也是工藤新一的父親，世界之名推理小說家——工藤優作也作為發表會的特別來賓而來到會場。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出樫村遭到殺害的原因，但關於柯南一行人安危，他也只能在控制室看著他們的表現。另外一邊正式啟動的「繭」，柯南一行人必須在「繭」所設定重現的夏洛克·福爾摩斯留下無數傳說之地－19世紀倫敦貝克街，挑戰一連串的考驗。一場結合虛擬實境與現實，用50條孩子的生命為賭注的遊戲即將開始。

「曆」九歲時，在父親任職的「虛質科學研究所」認識了所長的女兒「小栞」，並在小栞的幫助下，成功「平行跳躍」到愛犬優諾還活著的世界。此後，曆和小栞成為好友，兩人幾乎天天都在一起，曆也逐漸發現自己對小栞超越友誼的情感。不過，曆的父親卻突然在某天宣布打算跟小栞的母親再婚。擔心變成義兄妹就無法結婚的曆與小栞，決定利用研究所的實驗機器，逃到另一個兩人不必成為手足的平行世界，為自己幸福的未來放手一搏。此時，機器似乎順利啟動，曆在一片黑暗中醒來，但卻感覺臂彎裡的小栞，已經失去了意識…

梵谷名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。在紐約拍賣會現場，全世界的大富豪匯集一堂，競拍《向日葵》。鈴木次郎吉以遠高於他人出價的3億美金將此畫拍下，他的目的是集齊散落在世界各地的7幅《向日葵》，以此能在日本舉辦史無前例的大規模展會。這則夢幻大新聞向全世界播出，柯南與灰原也津津有味的看著轉播。當正要徵集專門保護《向日葵》的護衛隊「七大武士」的時候，怪盜基德突然出現，留下了「一定會將此畫奪走」的宣戰預告。明明只偷大型寶石的基德為什麼會對名畫下手？就在此時，在一片騷動的會場上，出現了追隨基德而來的高中生偵探工藤新一的身影。不久之後，載有《向日葵》的客機在飛往日本的途中受到了「白色身影」的突然襲擊。飛機發生爆炸，畫被盜走[4][5]。圍繞獨一無二的珍寶，謊言與真實交織的藝術推理劇拉開序幕……

以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也捲入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海裡。於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊「海豹突擊隊（Navy Seals）」的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步！與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來……

海外超人氣偶像艾米里歐前往日本舉行演唱會，但他卻收到一封來自神秘組織的黑函，要求他停止演唱會，否則就會喪命。艾米里歐求救於毛利小五郎時，柯南也發現魯邦一夥計畫在艾米里歐演唱會的當日竊取秘寶：櫻桃藍寶石。 演唱會當日，五萬人雲集東都體育場，少年偵探團的小夥伴們也參與盛會，柯南與灰原哀潛行其中，尋找櫻桃藍寶石交易的嫌疑人。而魯邦、警方懷著各自的目的暗中展開行動。霎時間，偵探、盜賊、員警以及某神秘組織在喧囂吵鬧的運動場進行激烈的角力。 柯南認為，對超人氣偶像的恐嚇、夢幻秘寶的盜竊事件、逼近身邊的神秘組織都與魯邦三世有關。伴隨著震耳欲聾的樂曲聲和歡呼聲，恐怖的陰謀開始浮出水面。魯邦真正的目標是什麼？柯南他們又能否阻止那個可怕的計畫呢？！

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的雙塔摩天大樓時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。隨後又發生了殺人事件。殺人事件還在繼續，共同點是每名死者身邊都會留下一個小的酒杯。就在柯南和少年偵探團尋找兇手的時候，琴酒也得知他正在尋找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上將她刺殺。在典禮會場上，短暫的黑暗之後又有一人被害。現場也留下了小酒杯，顯示兇手和之前的為同一人。就在警方和毛利小五郎調查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸藥，銷毀了組織的情報，同時將樓頂的柯南一行人陷入了危險之中……

6件大範圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。目暮警官以及曾在動畫版出現過的其他警察集合召開搜查會議，小五郎也以特別顧問的身份被邀請前去參加。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，並乘上了保時捷356A-琴酒的車離去！！「黑暗組織」的一員居然潛入了搜查會議，連續殺人事件莫非是「黑暗組織」做下的邪惡勾當？事態一觸即發！！如果讓琴酒知道工藤新一仍然活著，那麼不只新一本人、只要是認識他的所有人也都會被組織極力剷除。所以在明知危機四伏的情況下，柯南仍然開始單獨進行調查，慢慢發現有關北斗七星及北極星的一切過去。

故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。

小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。服部亦因此事，前往京都調查殺人事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被人挾持。

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裡聚集了許多人前來參加。可能如推測，犯人就在那人群之中嗎？柯南展開事件調查的同時，巧遇5位在8年前就是兒時玩伴的男女相聚在此地。 糾纏他們的黑暗陰影、忌妒、憤恨，以8年前交通死亡事故為契機，一直到水庫建設後的今。然而就在和交通事故發生的同一天，8年前行經懸崖而墜落失去意識的少年冬馬醒了過來，對於交通事故發生當日的記憶，有一點一滴逐漸喚醒的冬馬有著迫切的危機。果然，在那群兒時玩伴中又有一人遇害，屍體被尋獲了，這黑暗陰影也一步步的逼近少年偵探團。

Lupin & Jigen have their sights set on a treasure called the Little Comet, which is located in the heavily fortified country of East Doroa. During the heist, Jigen is almost killed by a sniper named Yael Okuzaki. His specialty is preparing tombstones for his targets before executing them. It's said that no one can survive after Yael makes their tombstone.

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝著柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前遭到某人襲擊而失去了意識，但小蘭等人卻完全不知道這件事，仍繼續朝著會場走去。不久，這場音樂會終於開始了……突然間，外面的大廳發生大爆炸，使得周圍陷入了一片火海。不過，由於音樂廳內部並沒有受損，而且是在完全的隔音狀態下，因此場內的觀眾完全沒有察覺到爆炸的發生，音樂會也就繼續進行著。即使如此，音樂廳外部的爆炸仍持續不斷發生，包含小蘭、灰原與少年偵探團等1000名以上的觀眾，就這樣不知不覺中被困在音樂廳內部而成為人質。 此時，小蘭察覺到了一件事。她發現現場演奏的旋律，是她和新一就讀國中時曾經聽過的旋律。這首曲子是否就是破解事件真相的關鍵？柯南在醒來後，也隨即趕去尋找小蘭。柯南能否順利解救小蘭等人脫困？而在這道旋律的背後，又到底隱藏著什麼樣的真相呢？

挑戰魯邦一世未能達成的夢想！ 那個大名鼎鼎的亞森魯邦唯一失手的祕寶「布列松日誌」，傳說若能解開日誌之謎，就會獲得龐大的財寶。瞄準了這個目標的魯邦，邂逅熱愛考古學的少女蕾蒂西亞（廣瀨鈴），兩人決定合力解開謎團。然而，企圖得到布列松日誌的祕密組織研究人員蘭貝爾（吉田鋼太郎），以及操控組織的神祕男子傑洛特（藤原龍也）卻阻擋住兩人的去路……。隱藏在布列松日誌裡令人震驚的真相究竟是！？ 巴黎、墨西哥、巴西——

前所未有的大規模奪寶戰即將開幕！！

一個月黑風高的晚上，某個間諜趁隙滲透日本警方，欲竊取各國情報局的機密檔案，包括英國 MI6、德國 BDN、美國 CIA，甚至還有 FBI 等各國諜報機構。幸好安室透(波本)領導的日本公安局及時趕到，間諜想利用偷來的車逃脫，於高速公路上展開激烈追逐戰，其他的車輛也被捲入，千鈞一發之際，卻被FBI探員赤井秀一的來福槍擊中，從公路墜下懸崖。 隔天，柯南一行人前往東京的一間水族館，意外發現一名受傷的女子。她的雙眼有著不同的顏色，仔細一看她的兩隻眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼” ，且失去了記憶。柯南一行人誓言要陪著她、幫助她找回記憶。在此同時，「苦艾酒」其實正在幕後，偷偷的觀察著一切！只見她拿出一個消音器，對著一個對講機說道：「一切都依照計畫！琴酒」，前所未有的大危機朝向柯南逼近之中！名偵探 vs.黑暗組織 vs. FBI vs. 公安 vs……？！

1981年，東京。白天經營咖啡廳，晚上以怪盜貓眼的身分轟動社會的美人三姊妹來生瞳、來生淚、來生愛，從美術展偷出了一幅畫。同一時間，神出鬼沒的大盜魯邦三世也在東京現身。他也搶先某武裝組織，成功盜畫。雙方所偷的畫都是畫家邁克爾．海因茨的作品——三連作《花束與少女》中的一幅。對貓眼三姊妹而言，這是掌握父親海因茨消息的重要線索。她們得知傳奇大盜的「獵物」與自己相同，美麗的眼中燃起熊熊鬥志......