หลังจากได้รับคำสั่งให้ต้องถูกเจ้าหน้าที่คนอื่นมาทำหน้าที่แทนในปฏิบัติการสตริกซ์ ลอยด์ จึงตัดสินใจที่จะช่วย อาเนีย เอาชนะการแข่งขันทำอาหารที่โรงเรียนอีเดน ด้วยการทำอาหารจานโปรดของผู้อำนวยการ เพื่อที่จะทำให้ตัวเขาไม่ต้องถูกแทนที่โดยเจ้าหน้าที่คนอื่น

พวกเซเลอสั่งโจมตีเนิร์ฟอย่างเต็มรูปแบบ โดยมุ่งที่จะทำลายอีวาก่อนที่เก็นโดะจะทำให้เกิดการพุ่งชนครั้งที่สาม และโครงการเครื่องมือมนุษย์จะตกอยู่ในอำนาจของเขา

เด็กหนุ่มใจกล้าผู้ไร้เวทมนตร์พยายามคว้าตำแหน่งจักรพรรดิเวทมนตร์ ขณะที่อดีตจักรพรรดิเวทมนตร์ทั้งสี่ที่โดนเนรเทศ หวนกลับมาถล่มอาณาจักรโคลเวอร์

After accepting an invitation from a mysterious trainer, Ash, Misty and Brock meet Mewtwo, an artificially created Pokémon who wants to do battle.

อุซึมาคิ นารูโตะ ได้ถูกส่งตัวไปปฏิบัติภารกิจที่แคว้นคุโมงาคุเร ถูกจับตัวไว้เนื่องจากเกิดความเข้าใจผิดว่าไป พยายาม ลอบสังหารไรคาเงะแห่งคุโมงาคุเระ รวมไปถึงการสังหารโจนินจากคิริงาคุเระและอิวางะคุเระ ทำให้นารูโตะถูกส่งตัวไปยังเรือนจำโฮซึคิโจ เรือนจำเลือด เป็นสถานที่ใช้สำหรับจองจำอาชญากรหรือผู้กระทำผิด โดยมีมุอิเป็นผู้ควบคุมดูแลเรือนจำแห่งนี้เขาจะใช้วิชานินจาจองจำขั้นสูงสุดเพื่อปิดผนึกพลังของอาชญากรหรือผู้กระทำผิดทุกคนที่อยู่ที่นี่ ในสถานที่แห่งนี้ มีบางสิ่งจ้องจะเอาชีวิตของนารูโตะอยู่ ทำให้นารูโตะและพวกเพื่อนๆของเขาต้องต่อสู้เพื่อพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของนารูโตะและค้นหาความจริงได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว

นารูโตะ ยามาโตะ ซากุระ และซาอิ ได้รับภารกิจให้ไปจับกุมตัวมูคาเดะนินจาถอนตัว ทีม7 ได้ต้อนมูคาเดะมาจนถึงเมืองโรรัน มูคาเดะต้องการใช้พลังสายแร่มังกรเพื่อยึดครองโลก แต่ไม่สามารถทำอะไรผนึกของโฮคาเงะรุ่น4ได้ เขาจึงดูดผนึกของโฮคาเงะรุ่น4เข้าไปในตัวของเขา ทำให้เกิดเหตุระเบิดพลังแร่มังกร มันดูดนารูโตะและยามาโตะเข้าไปข้างในด้วย นารูโตะถูกส่งมา20ปีที่แล้ว

พวกของซาโตชิได้เดินทางไปยังเมือง “เดเสิร์ตซิตี้” และได้พบกับโปเกมอนมายา “ฮูปา” (ร่างผนึก) และหญิงสาวที่ชื่อว่า “แมรี” แต่ขณที่กำลังสนทนากันนั้น “บัลซา”พี่ชายของแมรีก็ได้ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับเปีด“คนโทสะกดพลัง”ออกทำให้สิ่งชั่วร้ายในนั้นเริ่มกลืนกินร่างของฮูปา แต่โชคดีที่แมรีมีสติ และสามารถสะกดพลังของฮูปาเอาไว้ได้แต่แก็งร็อคเก็ตกลับเข้าใจผิดว่าคนโทนั้นคืออุปกรณ์เพิ่มพลังโปเกมอนจึงได้ขโมยคนโมยคนโทไปและเปิดมันออกทำให้พลังชั่วร้ายเริ่มกลืนกินร่างของฮูปาอีกครั้ง ฮูปาจะขัดขืนการครอบงำจากพลังที่ชั่วร้ายได้หรือไม่และการต่อสู้ของเหล่าโปเกมอนในตำนานที่มีชะตากรรมของโลกเป็นเดิมพันจะจบลงเช่นใด ?!!

ฮาตาเกะ คาคาชิ ผู้เป็นอาจารย์ได้สั่งให้ นารูโตะ ซาสึเกะ และ ซากุระ มาดูหนังเรื่องเจ้าหญิงฟุอุนก่อนปฏิบัติภารกิจ เพราะภารกิจคือการคุ้มครอง “ฟูจิคาเสะ ยูคิเอะ” ดาราสาวที่แสดงเป็นเจ้าหญิงฟุอุน ไปถ่ายหนังที่แคว้นยูกิ ซึ่งยูคิเอะไม่ยอมไปและหนีทุกวิถีทาง พวกนารูโตะจึงคอยตามตัวกลับมาและคุ้มครองให้การถ่ายทำหนังเสร็จสิ้น

โบรูโตะเป็นลูกชายของโฮคาเงะนารูโตะคนที่ 7 ที่ปฏิเสธพ่อของเขาโดยสิ้นเชิง เบื้องหลังสิ่งนี้เขามีความรู้สึกอยากจะเหนือกว่านารูโตะผู้ซึ่งได้รับความเคารพในฐานะวีรบุรุษ เขาได้พบกับซาสึเกะเพื่อนพ่อของเขาและขอเป็น ... เด็กฝึกงานของเขา!? ม่านเรื่องราวของคนรุ่นใหม่ที่เขียนโดย Masashi Kishimoto ดังขึ้น

มอลลี่ เด็กสาวผู้โดดเดี่ยว บังเอิญปล่อยอำนาจของโปเกมอนปริศนา ชึ่งใช้ความฝันและจินตนาการของมอลลี่มาทำให้พวกมันมีชีวิตและอำนาจชั่วร้ายที่สามารถทำให้เมืองกลายเป็นน้ำแข็ง มอลลี่ต้องการมี่แม่ จึงให้ เอ็นตี้ โปเกมอนแห่งตำนาน ไปตามหาแม่ของเธอ แต่ เอ็นตี้ กลับไปลักพาตัวแม่ของซาโตชิ และสะกดจิตให้เธอเป็นแม่ของมอลลี่ ซาโตชิและเพื่อนจึงต้องต่อสู้เพื่อช่วยแม่ของเขากลับมาและทำลายอำนาจมืดที่ปกคลุมเมืองนี้ให้ได้

16 ปีที่แล้ว ชายสวมหน้ากากในนามว่า โทบิ ได้ปลดปล่อยปิศาจจิ้งจอกเก้าหางออกมารุกรานหมู่บ้านโคโนฮะ แต่นามิคาเสะ มินาโตะ ผู้นำหมู่บ้านและอุซึมากิ คุชินะ ภรรยาของเขาสามารถกำราบได้สำเร็จ โดยผนึกพลังของจิ้งจอกเก้าหางไว้ในร่างของลูกชายนามว่า อุซึมากิ นารูโตะ ปัจจุบัน ชาวบ้านต่างอยู่เย็นเป็นสุข แต่ความสงบสุขก็ถูกทำลายเมื่อมีองค์กรนินจาลึกลับนามว่า แสงอุษา ได้บุกโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ นารูโตะตกตะลึงว่าทำไมองค์กรแสงอุษาจึงกลับมา ทั้งที่พวกเขาน่าจะตายไปนานแล้ว ขณะเดียวกันชายสวมหน้ากากก็ใช้คาถาลึกลับทำร้ายนารูโตะและซากุระ แล้วส่งพวกเขาไปอยู่ในโลกอีกมิติหนึ่งที่ผองเพื่อนและบรรดาอาจารย์ของพวกเขาได้เปลี่ยนไปยังกะคนละคน ซาสึเกะกลายเป็นหนุ่มเพลย์บอย ฮินาตะกลายเป็นสาวมั่นสุดร้อนแรง รวมถึงพ่อแม่ของนารูโตะยังมีชีวิตอยู่ และตำนานนินจาโฮคาเงะก็อาจจะเปลี่ยนไปด้วย

ขณะที่กำลังนับถอยหลังการล่มสลายของโลก กินโทกิ, ทาคาสุงิ, คาซึระซึ่งเคยเป็นพันธมิตรกันมาก่อนต่างก็มีความรู้สึกอยู่ในใจ แต่ผู้ที่ยืนตระหง่านอยู่เบื้องหน้าพวกเขา คือคนที่มีสายสัมพันธ์อันน่าเศร้า... อาจารย์ผู้สั่งสอนพวกกินโทกิ อีกบุคลิกหนึ่งของโยชิกะ โชโย “อุทสึโระ” นั่นเอง— เพื่อคุ้มกันพวกกินโทกิ ชินปาจิ, คางุระ, ชินเซ็นกุมิ และผู้คนในคาบุกิโจ หรือแม้กระทั่งพวกอดีตคู่แข่งต่างก็เข้าร่วมการต่อสู้! พลังของอุทสึโระที่ขยายขึ้นเรื่อยๆ ทาคาสุงิที่เผชิญหน้าโดยเดิมพันชีวิตตัวเอง สิ่งสุดท้ายที่กินโทกิซึ่งสะบักสะบอมเห็นนั้นคือ...! สุดท้ายแล้วกินโทกิจะเอาทุกอย่างกลับคืนมาได้หรือไม่...!

โคโค่เติบโตมาในพงไพรกับโปเกมอนรักสันโดษอย่างซารู้ด และได้สัมผัสโลกของมนุษย์หลังได้พบกับซาโตชิและพิคาชู ก่อนที่จะค้นพบแผนการร้ายซึ่งอาจนำภัยมาสู่บ้านของเขา!

พวกซาโตชิเดินทางมาถึงเมืองอาราโมสเพื่อที่จะเข้าร่วมการแข่งขันโปเกมอนคอนเทสต์ แต่ที่พวกเขาพบไม่ใช่แค่การแข่งขันเท่านั้น พวกเขาได้พบกับเรื่องแปลกประหลาด มิติที่เกิดการเรื่อมซ้อนกันเพราะการต่อสู้ของพารเกียและเดียร์ก้า แต่ชาวเมืองพากันเข้าใจผิดว่าเป็นผีมือการกระทำของดาร์คไร โปเกมอนที่ได้ชื่อว่าเป็นฝันร้ายของชาวเมือง พวกซาโตชิ อลิสและโทนีโอ จึงร่วมมือกันช่วยเมืองนี้ ให้รอดพ้นจากความพินาศ

เพชรศักดิ์สิทธิ์แห่งอาณาจักรใต้ดินของเหล่าโปเกมอนอัญมณีกำลังจะหมดพลังลง แต่เจ้าหญิง ดีแอนซี ซึ่งมีหน้าที่สร้างเพชรเม็ดใหม่กลับมีพลังไม่พอเธอจึงต้องออกเดินทางเพื่อตามหาโปเกมอนในตำนานแห่งเขตคาลอสเซอเนียสแต่ระหว่างทางก็ถูกจอมโจรมาริลิน และไลอ็อต ตามล่า แต่พวกซาโตชิ และพิคาชูได้มาช่วยไว้ทันเวลาดีแอนซีจึงได้ยอมรับพวกซาโตชิเป็นเพื่อน แต่การเดินทางของพวกเขายังต้องเผชิญ กับแผนร้ายของแก๊งร็อคเก็ต และจอมโจรไฮเทคพ่อ-ลูกอาร์กัสและมิริส จนท้ายที่สุดได้บานปลายเป็นการต่อสู้เพื่อแย่งชิงตัวดีแอนซีกันอย่างดุเดือดและผลจากการต่อสู้นั้นได้ปลุกการหลับไหลอันยาวนานของตำนานหายนะแห่งเขต อิชู ซึ่งทุกคนต่างเรียกขานมันว่า... รังไหมแห่งการทำลายล้างให้ตื่นขึ้นอีกครั้ง !!

ซาโตชิ ได้พบกับโปเกมอนมายา โวลเคเนียน ซึ่งตกลงมาจากฟากฟ้า และมีโซ่ซึ่งมีพลังลึกลับบางอย่างที่ทำให้ทั้งคู่แยกจากกันไม่ได้ โวลเคเนียนซึ่งมีความชิงชังมนุษย์ในมนุษย์มากนั้นพยายามทุกวิถีทางที่จะผละออกจากซาโตชิให้ได้ แต่เหมือนพลังลึกลับนี้ต้องการให้ซาโตชิและโวลเคเนียนร่วมมือกันในภารกิจบางอย่าง ในที่สุดทั้งคู่ก็มาถึงเมืองแห่งฟันเฟืองและเกียร์ “ราชอาณาจักรแอซซอธ” ที่ซึ่ง รมต.ขี้ฉ้อ “จาวิส”ได้ขโมยสุดยอดสิ่งประดิษฐ์ “โปเกมอนจักรกล มาเกียนา” ซึ่งถูกสร้างขึ้นตั้งแต่ 500 ปีก่อนมาเป็นของตน เขาวางแผนที่จะใช้พลังโบราณ “โซลฮาร์ท” ของมาเกียนาเพื่อยึดครองอาณาจักรจักรกล ซาโตชิและโวลเคเนียนจะช่วยมาเกียนาและขัดขวางแผนร้ายในครังนี้ได้หรือไม่? ศึกครั้งใหญ่ในประวัติศาสตร์โปเกมอนกำลังจะระเบิดขึ้นแล้ว

After the conclusion of the Battle City Tournament, deep below the sands of Egypt, an ancient evil has awakened. Anubis, who was defeated centuries ago by Yugi’s mysterious alter ego – the ancient Pharaoh – has returned for revenge. Wielding the power of the Eighth Millennium Item, Anubis is determined to destroy Yugi and take over the world.

Determined to prove its superiority, a bio-engineered Pokémon called Mewtwo lures Ash, Pikachu and others into a Pokemon match like none before.

เนื้อเรื่องของนารูโตะ ซากุระ และ ชิกามารุ ได้ถูกส่งไปปฏิบัติภารกิจลับสุดยอด แต่ในระหว่างการเดินทางนั้น ทั้ง 3 ได้ปะทะกับอัศวินหนุ่มแปลกหน้าคนหนึ่ง ในการต่อสู้อันดุเดือดนั้น เขากับเด็กหนุ่มคนนั้นก็พลาดตกหน้าผาลึก และสิ่งที่พวกเขาพบก็คือป้อมปราการขนาดยักษ์ ลิงค์หลัก

ระหว่างที่กำลังเดินทางไปยังเมือง โรชาน ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้พบกับโปเกมอนประหลาด เคลดิโอ ซึ่งกำลังถูกโปเกมอนในตำนาน คิวเร็ม ตามล่าอยู่พวกเขาได้ยื่นมือเข้าช่วยเหลือเคลดิโอ และเข้าไปพัวพันกับการต่อสู้ของเหล่านักรบศักดิ์สิทธิ์โดยไม่รู้ตัว ซาโตชิจะช่วยเคลดิโอและเหล่านักรบศักดิ์สิทธิ์โดยไม่รู้ตัว ซาโตชิจะช่วยเคลดิโอและเหล้านักรบศักดิ์สิทธิ์จากความโกรธกริ้วของ คิวเร็ม ได้หรือไม่ ?