西国（ウェスタリス）の凄腕スパイ「黄昏」ことロイド・フォージャーのもとに、進行中のオペレーション「梟（ストリクス）」の担当者を変更するとの指令が届く。一方、アーニャが通うイーデン校では、優勝者に「星（ステラ）」が授与されるという調理実習が実施されることに。ロイドは少しでもオペレーション「梟（ストリクス）」が進展していることを示し、現状の任務を継続できるよう交渉する材料にするため、どうにかアーニャに星を獲得してもらおうと考える。そこで、ロイドは調理実習の審査員長を務める校長の好物だというフリジス地方の伝統菓子を作ることをアーニャに提案。一家は本場の味を確かめるべく、フリジス地方へ旅行に出かけるが……。

第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

誰もが魔法を使える世界で、生まれつき魔法が使えないアスタ。強い心を武器に魔法帝になる夢を追うアスタの前に、クローバー王国を撃滅するべく復活した史上最凶の4人の元魔法帝が立ちはだかる!

全てのポケモンの“はじまり”と言われ、「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」の2つを持つ冒険者の前にだけ現れるという幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者がその行方を追う中、ついにある科学者がミュウの化石を発見し、それをもとに禁断の行為に手を染めてしまう。人間のエゴによって生み出された伝説のポケモン・ミュウツーは、自身の存在理由も分からないままに兵器としての実験を繰り返され、心の中に人類への憎悪の念を宿していく。

雲隠れの里の長である雷影暗殺未遂と、霧隠れと岩隠れの上忍を殺害した罪に問われたナルトは、ブラッド・プリズンといわれる罪人収監所・鬼灯城（ほおずきじょう）に投獄される。城の主「無為（むい）」が操る最強の禁固術により力を奪われるこの場所で、何者かに命を狙われるナルト。無実を証明すべく、事件の真相を追うナルトと仲間たちの戦いが始まる。

抜け忍ムカデ追跡任務を受け、砂隠れの廃墟・楼蘭へと向かったナルト。追い詰められたムカデは、廃墟に眠る龍脈の力を解放し、ナルトは過去の世界へ飛ばされてしまう!突如襲来する謎の傀儡集団!!そのときナルトを救ったのは、若き日の四代目火影・波風ミナトだった。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。

超ワガママな映画女優、富士風雪絵を護衛することになったナルトたち。映画『風雲姫の大冒険』シリーズの完結編が“雪の国”で撮影されることになった。だが、雪絵は撮影現場から逃げ出してしまう。雪絵には“雪の国”にまつわる隠された過去があるらしい。任務遂行に燃えるナルトたちの闘いが始まる。

「ダッセェな、クソオヤジ。」親の忍道、子知らず―。長きに渡る戦争を経て高度成長を遂げた新時代。七代目火影・うずまきナルトが統治する木ノ葉隠れの里を中心に、新たな忍を育てる「中忍選抜試験」が5つの里合同で開催されようとしていた。里の手練場で修業に明け暮れる三人一組の下忍たち。サスケの娘にしてナルトに憧れを抱くサラダ、多くの謎を持つ超優秀な忍ミツキ、そして才能を持ちながらもナルトをクソオヤジ呼ばわりするボルト。ボルトは、多忙が故に家族と過ごす時間すらないナルトを「親なんて初めからいない方がいい」と寂しさゆえに忌み嫌うようになってしまっていたのだ。「弟子にしてくれ！倒したいヤツがいるんだ！」ある夜、異空間での任務にあたっていたサスケが、妙な危険が迫っている事を知らせにナルトの元に訪れる。互いの子世代の忍の事を話すナルトとサスケ。そんな中、サスケの事を「ナルト唯一のライバル」とサラダから聞き憧れていたボルトは、父親の弱点を知ろうと弟子入りを願う。友の状況を悟ったサスケは“ある条件”付きで師匠となることを約束。ボルトはナルトに実力を見せつけるために、サラダ、ミツキと共に中忍選抜試験への出願を決めた。知能勝負の一次試験、チームワーク勝負の二次試験と難関を突破していくボルトたち。三次試験の個人戦コロシアムでは、各里の長である五影が見守る中、ついにシカマルの息子であるシカダイとも激突！父の背中―。超えるべき存在―。その時、空間が捻じ曲がるほどの大爆発が！禍々しい雰囲気を纏い現れたモモシキとキンシキと名乗る二人組は、両手に宿した輪廻眼を操りナルトの命を執拗に狙う。何もできず立ちすくむボルトを護るサスケ。それを背に立ち塞がったナルトは、モモシキが放った術と共に消えてしまった。ボルトへ微笑みを残して―。父親が歩んできた道、そしてその想いを初めて知ったボルト。その小さな姿にかつてのナルトを見たサスケ、そして五影とともにボルトは敵うハズのない敵が待つ異空間へ、決死の覚悟で挑む！

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

木ノ葉の里に、死んだはずの“暁”メンバーたちが襲来してきた。ナルト達は撃退し、家族たちが暖かく迎える。ただ一人、天涯孤独の身であるナルトを除いて･･･。そんなナルトと、些細な親子喧嘩で家を飛び出してきたサクラの前に“うちはマダラ”が現れ、恐るべき瞳術を発動させる。ふと気がつくと、仮面の男は消え去り平穏な木ノ葉の里が帰ってきた。だが、そこに住む人々は何かがおかしい。さらにナルトの元には、本来この世にいるはずのない男女二人が･･･。

地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！ 星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚（うつろ）。 長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、 その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。

人里離れたジャングルの奥地に、厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園・オコヤの森があった。そこへ偶然やって来たサトシとピカチュウの前に、幻のポケモン、ザルードによってポケモンとして育てられた少年ココが現れる。自分のことをポケモンだと信じて疑わないココにとって、初めての「ニンゲンの友達」となるサトシ。そんな中、突如としてオコヤの森に危機が迫り……。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。

サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。

バトルシティでの戦いを経て三枚の「神のカード」を入手した武藤遊戯。ライバルの海馬瀬人は彼を打ち倒すべく、デュエルモンスターズの創始者ペガサス・J・クロフォードのもとを訪れ、「神のカード」を打ち破る強力な二枚のカードを手に入れる。再び遊戯に挑む海馬であったが、そのデュエルの裏には千年パズルと対をなす8つ目の千年アイテム「光のピラミッド」を所有したアヌビスの邪悪なる陰謀が隠されていた。

旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠だった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡り、ある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルからさらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン“ミュウツー”だった。

迷子のフェレットをある村に届ける任務で、火の国と風の国の国境の森へやって来たナルトとシカマル、サクラ。簡単な任務のはずが、彼らは謎の少年テムジン率いる部隊に襲われてしまう。戦闘の中で仲間とはぐれたナルトはテムジンとともに崖から転落、2人は近くのキャラバンに助けられることに。一方、サクラとシカマルは森の中で先ほど襲撃してきた兵たちの乗る移動要塞を発見し、シカマルが偵察のため内部に潜入する。

サトシ一行は次の街ローシャンを目指す途中、列車の上で傷ついたポケモンを見つける。 そのポケモンの名はケルディオ。しかし、サトシ達が助けようとした時、突然叫ぶ。 「キュレムが来る！」 ケルディオは〝聖剣士〟と呼ばれる3匹のポケモンの後継者で、共に修行の旅を続けていたのだが、 まだ未熟なのにもかかわらず、自らを聖剣士と偽って地上最強のドラゴンポケモン・キュレムに挑んだのだという。 その結果あまりの強さに圧倒され、角を折られてしまった。 助けに来た聖剣士たちも氷漬けにされ、ケルディオは逃走。そのためにキュレムに追われていたのであった。