呪われた海賊バルボッサとの壮絶な闘いを乗り越え、再びブラックパール号の船長となったジャック・スパロウ。しかし彼は、海賊なら誰もが恐れる幽霊船フライング・ダッチマン号の船長デイヴィ・ジョーンズにもうじき魂を奪われようとしていた。13年前にブラックパール号を手に入れるためジョーンズと“血の契約”を交わしており、その契約の刻限が迫っていたのだ。それでもジャックはその事態を打開するべく、命運を握るある鍵の行方を追い始める。一方、結婚式を挙げようとしていた鍛冶屋の青年ウィルと総督の娘エリザベスは、ジャックを逃がした罪で投獄されるハメに。やがて、２人は再びジャックに会わなければならない宿命となり、それぞれ彼のもとへ向かうのだが…。

七つの海を駆けめぐった海賊の時代が終ろうとしていた。世界制覇をもくろむ東インド会社のベケット卿は、“深海の悪霊”ディヴィ・ジョーンズを操り、海賊たちを次々と葬っていく。彼らの生き残る道はただ一つ。9 人の“伝説の海賊”を招集し、世界中の海賊たちを蜂起させ決戦を挑むのみ。だが、その鍵を握る9人目の人物こそ、溺死した船乗りが沈む永遠の地獄“デイヴィ・ジョーンズ・ロッカー(海の墓場)”に囚われているキャプテン・ジャック・スパロウだった…。総督の令嬢エリザベスと海賊の血を引くウィルは、甦った不死身の海賊キャプテン・バルボッサと共に、ジャック奪還の手掛りを握る中国海賊の長サオ・フェンのもとへと旅立つ。彼らの運命が再び交差するとき、海賊の史上最初にして最後の決戦の火蓋が切られる―。