平穏な生活が戻ったグリーンヒルズで街を守り続けているソニックに、銀河系で最も危険な戦士ナックルズが現れる。史上最強の破壊力を持つ武器“マスターエメラルド”のありかを巡って、スピードのソニックと力のナックルズとの闘いが始まる。

宇宙の果てにある平和な島で暮らし、砂浜やループコースターを驚異的なスピードで駆け抜けるソニックは、そのスーパーパワーを狙われたため地球に逃げてきていた。10年後、安全に生活していたソニックは、世界征服を企てる悪の天才科学者のドクター・ロボトニック に目をつけられ、保安官のトム に救いを求める。

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.

While escorting Dr. Eggman and his hapless new helper Trip through a perilous ruin, Fang the Hunter will need to muster all his cunning to overcome past mistakes and escape the coils of a fierce new enemy. Meanwhile, Eggman discovers what may be the key to his next dastardly scheme.

Based on the well-known video game.