杰森·伯恩，这个对自己的过去一无所知的男人原本已经放弃了再追寻丢失的记忆的念头。因为他虽然没有国籍、虽然没有身份，但却找到了自己的挚爱玛丽。他原本打算与玛丽甜蜜的过完下半生，生儿育女，不再理往事。然而，伯恩虽有淡出之心，但拥有一身本领的他却相当惹眼，那些将他抛到地中海的黑暗组织早派人来追杀这个失忆的成员，而与伯恩一起逃亡的玛丽死在枪下。

经历第一集中的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）和自己的女友化名隐身在一个偏僻遥远的海滨小镇。虽然伯恩不愿意回视过去，但“过去”却一直都在追随着他，伯恩发现秘密组织的杀手已经潜入小镇，为了保护女友玛丽·克鲁兹，他必须战斗。是一起国际政治刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，一名某大国政要被职业杀手刺杀，刺杀者留下的证据显示他的名字叫“杰森·伯恩”，这是大卫·韦伯从前在中央情报局的化名。于是大卫·韦伯不仅仅要防备秘密组织暗地里的追杀，还要避开时刻寻找他的CIA特工。在上一集中和伯恩并肩作战的尼科莱特信任伯恩，但她发现自己也身陷困境。事态似乎变得越发失去控制，四面楚歌的“伯恩”现在只有单枪匹马地去找出那个冒充自己的人，洗刷自己和尼科莱特的清白

环球公司即将和巨石强森（Dwayne Johnson），以及《超凡蜘蛛侠》导演詹姆斯·范德比特（James Vanderbilt）联手，将《谍影重重》原著作者罗伯特·勒德拉姆（Robert Ludlum）的另一套系列小说《詹森密令》（The Janson Directive）搬上银幕。