เนื้อเรื่องของนารูโตะ ซากุระ และ ชิกามารุ ได้ถูกส่งไปปฏิบัติภารกิจลับสุดยอด แต่ในระหว่างการเดินทางนั้น ทั้ง 3 ได้ปะทะกับอัศวินหนุ่มแปลกหน้าคนหนึ่ง ในการต่อสู้อันดุเดือดนั้น เขากับเด็กหนุ่มคนนั้นก็พลาดตกหน้าผาลึก และสิ่งที่พวกเขาพบก็คือป้อมปราการขนาดยักษ์ ลิงค์หลัก

นารูโตะ ยามาโตะ ซากุระ และซาอิ ได้รับภารกิจให้ไปจับกุมตัวมูคาเดะนินจาถอนตัว ทีม7 ได้ต้อนมูคาเดะมาจนถึงเมืองโรรัน มูคาเดะต้องการใช้พลังสายแร่มังกรเพื่อยึดครองโลก แต่ไม่สามารถทำอะไรผนึกของโฮคาเงะรุ่น4ได้ เขาจึงดูดผนึกของโฮคาเงะรุ่น4เข้าไปในตัวของเขา ทำให้เกิดเหตุระเบิดพลังแร่มังกร มันดูดนารูโตะและยามาโตะเข้าไปข้างในด้วย นารูโตะถูกส่งมา20ปีที่แล้ว

ภารกิจของนารูโตะครั้งนี้ก็คือคุ้มครองเจ้าชายมิจิรุ กับลูกชายชื่อฮิคารุ กลับแคว้นซึคิอย่างปลอดภัย แต่ชาบาตาบะ รัฐมนตรีคู่กายกลับก่อการกบฏ แล้วภารกิจของนารูโตะและจะสำเร็จหรือไม่ต้องติดตามชม

วันนึง นินจาลึกลับผู้มาจากแคว้นโซระซึ่งน่าจะล่มสลายไปแล้วจากฝีมือของโคโนฮะ ก็กลับมาถล่มโคโนฮะเพื่อแก้แค้น ระหว่างที่ต่อสู้กันอยู่นั้น นารูโตะ บังเอิญไปเจอลุงแก่ๆคนนึง มาช่วยรักษาคนเจ็บในหมู่บ้าน และก็หายไปก่อนที่นารูโตะจะได้ถามชื่อ หลังจากนั้นนินจาแคว้นโซระก็ถอยกลับไป

ฮาตาเกะ คาคาชิ ผู้เป็นอาจารย์ได้สั่งให้ นารูโตะ ซาสึเกะ และ ซากุระ มาดูหนังเรื่องเจ้าหญิงฟุอุนก่อนปฏิบัติภารกิจ เพราะภารกิจคือการคุ้มครอง “ฟูจิคาเสะ ยูคิเอะ” ดาราสาวที่แสดงเป็นเจ้าหญิงฟุอุน ไปถ่ายหนังที่แคว้นยูกิ ซึ่งยูคิเอะไม่ยอมไปและหนีทุกวิถีทาง พวกนารูโตะจึงคอยตามตัวกลับมาและคุ้มครองให้การถ่ายทำหนังเสร็จสิ้น

ผู้สืบทอดเจตจำนงแห่งไฟ พากย์ไทย หน่วยคาคาชิได้รับภารกิจตามหา 4 นินจาขีดจำกัดสายเลือดที่หายไปจากทุกหมู่บ้าน และพบเบาะแส บริเวณทิวเขาพระสุเมรุก่อนจะถูกศัตรูโจมตีจนต้องล่าถอย หมู่บ้านโคโนฮะตกอยู่ในอันตรายที่ยังมาไม่ถึงตัวแต่อาจถูกหมู่บ้านอื่นฉวยโอกาสโจมตี ภายหลังการประกาศสงครามของฮิรูโกะ อดีตนินจาหมู่บ้านโคโนฮะ ซึนาเดะตัดสินใจประกาศกฎอัยการศึก คาคาชิรู้ว่าตนคือเป้าหมายของศัตรูจึงคิดสละตัวเองเพื่อปกป้องหมู่บ้านโคโนฮะ ซึนาเดะผนึกวิชาและปล่อยให้คาคาชิถอนตัวออกจากโคโนฮะเพื่อมุ่งหน้าไปรังของศัตรู นารูโตะกับซากุระได้รู้ความจริงจึงไล่ตามคาคาชิไป ก่อนที่จะถูกกลุ่มของชิกามารุเข้าขัดขวาง

อุซึมาคิ นารูโตะ ได้ถูกส่งตัวไปปฏิบัติภารกิจที่แคว้นคุโมงาคุเร ถูกจับตัวไว้เนื่องจากเกิดความเข้าใจผิดว่าไป พยายาม ลอบสังหารไรคาเงะแห่งคุโมงาคุเระ รวมไปถึงการสังหารโจนินจากคิริงาคุเระและอิวางะคุเระ ทำให้นารูโตะถูกส่งตัวไปยังเรือนจำโฮซึคิโจ เรือนจำเลือด เป็นสถานที่ใช้สำหรับจองจำอาชญากรหรือผู้กระทำผิด โดยมีมุอิเป็นผู้ควบคุมดูแลเรือนจำแห่งนี้เขาจะใช้วิชานินจาจองจำขั้นสูงสุดเพื่อปิดผนึกพลังของอาชญากรหรือผู้กระทำผิดทุกคนที่อยู่ที่นี่ ในสถานที่แห่งนี้ มีบางสิ่งจ้องจะเอาชีวิตของนารูโตะอยู่ ทำให้นารูโตะและพวกเพื่อนๆของเขาต้องต่อสู้เพื่อพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของนารูโตะและค้นหาความจริงได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว

เรื่องราวในภาคนี้คือ ทีม 7 ซึ่งประกอบด้วย เนจิ (หัวหน้าทีม), ลี (มาแทนซาสึเกะ), ซากุระ และนารูโตะ ต้องออกเดินทางไปคุ้มกันมิโกะสาวชื่อชิออน เพื่อพาไปปิดผนึกปิศาจโมเรียวที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมา และชิออนยังได้ทำนายไว้ว่า นารูโตะจะต้องตายจากการที่เอาชีวิตมาปกป้องตนเนื่องจากถูกโมเรียวฆ่าเมื่อนารูโตะรู้จึงคิดที่จะเปลี่ยนชะตากรรมตัวเอง แล้วนารูโตะก็ได้ปกป้องชิออนจนสำเร็จ ซึ่งแท้ที่จริงแล้ว ภาพที่ชิออนเห็นว่านารูโตะตอนนั้นเป็นเพียงร่างแยกของนารูโตะ

16 ปีที่แล้ว ชายสวมหน้ากากในนามว่า โทบิ ได้ปลดปล่อยปิศาจจิ้งจอกเก้าหางออกมารุกรานหมู่บ้านโคโนฮะ แต่นามิคาเสะ มินาโตะ ผู้นำหมู่บ้านและอุซึมากิ คุชินะ ภรรยาของเขาสามารถกำราบได้สำเร็จ โดยผนึกพลังของจิ้งจอกเก้าหางไว้ในร่างของลูกชายนามว่า อุซึมากิ นารูโตะ ปัจจุบัน ชาวบ้านต่างอยู่เย็นเป็นสุข แต่ความสงบสุขก็ถูกทำลายเมื่อมีองค์กรนินจาลึกลับนามว่า แสงอุษา ได้บุกโจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ นารูโตะตกตะลึงว่าทำไมองค์กรแสงอุษาจึงกลับมา ทั้งที่พวกเขาน่าจะตายไปนานแล้ว ขณะเดียวกันชายสวมหน้ากากก็ใช้คาถาลึกลับทำร้ายนารูโตะและซากุระ แล้วส่งพวกเขาไปอยู่ในโลกอีกมิติหนึ่งที่ผองเพื่อนและบรรดาอาจารย์ของพวกเขาได้เปลี่ยนไปยังกะคนละคน ซาสึเกะกลายเป็นหนุ่มเพลย์บอย ฮินาตะกลายเป็นสาวมั่นสุดร้อนแรง รวมถึงพ่อแม่ของนารูโตะยังมีชีวิตอยู่ และตำนานนินจาโฮคาเงะก็อาจจะเปลี่ยนไปด้วย

โบรูโตะเป็นลูกชายของโฮคาเงะนารูโตะคนที่ 7 ที่ปฏิเสธพ่อของเขาโดยสิ้นเชิง เบื้องหลังสิ่งนี้เขามีความรู้สึกอยากจะเหนือกว่านารูโตะผู้ซึ่งได้รับความเคารพในฐานะวีรบุรุษ เขาได้พบกับซาสึเกะเพื่อนพ่อของเขาและขอเป็น ... เด็กฝึกงานของเขา!? ม่านเรื่องราวของคนรุ่นใหม่ที่เขียนโดย Masashi Kishimoto ดังขึ้น

สองปีหลังจากเหตุการณ์ในสงครามมหานินจาครั้งที่ 4 ดวงจันทร์ที่ Hagoromo Otsutsuki สร้างขึ้นเมื่อนานมาแล้วเพื่อปิดผนึกรูปปั้นเกโดะเริ่มเคลื่อนลงมาสู่โลกโดยขู่ว่าจะกลายเป็นดาวตกที่จะทำลายทุกสิ่งที่ส่งผลกระทบ ท่ามกลางวิกฤตนี้ Kaguya Otsutsuki ทายาทสายตรงชื่อ Toneri Otsutsuki พยายามที่จะลักพาตัว Hinata Hyuga แต่กลับลักพาตัว Hanabi น้องสาวของเธอไป ตอนนี้นารูโตะและพรรคพวกทำภารกิจช่วยเหลือก่อนที่จะพบว่าตัวเองเข้าร่วมการต่อสู้ครั้งสุดท้ายเพื่อตัดสินชะตากรรมของทุกสิ่ง