Spider-Man s'introduit chez les X-Men pour trouver le professeur Xavier et essayer de trouver un remède pour ne plus être en phase de mutation. Entre temps, Le Bouffon Vert refait surface. De son côté Herbert London, un ancien associé d'Hank McCoy, met au point une « potion » pour détruite tous les mutants.

Spider-Man et Wolverine se battent "à mort" mais le Bouffon Vert veut en faire d'une pierre deux coups. London veut expérimenter sa « potion » sur son ancien associé Hank McCoy alias Le Fauve, mais le Bouffon Vert fait irruption dans le laboratoire. Tombé dans la cuve par accident, London devient un mutant monstrueux et terriblement dangereux, Les X-Men et Spider-Man mettent leurs aptitudes en commun pour le vaincre.

Alistaire Smythe contacte Spider-Man pour demander de l'aide car le Caïd prévoit quelque chose contre lui. Les deux prévoit alors un rendez-vous mais le Caïd est déjà à l'action. En effet, avec l'aide du Dr London, il compte transformer Smythe en une créature robotique qui ne fait que l'écouter. Mais l'âme de Alistaire Smythe combat afin de reprendre le contrôle de son corps.

Le Dr Ohm perce le secret des voyages interdimensionnels mais le Caïd le force à voler pour lui. Pire, un gigantesque trou noir se forme au dessus de New York…

Le Bouffon Vert original (orange et bleu) récupère le générateur de trous noirs. Norman Osborn, harcelé par le Caïd, redevient le “vrai” Bouffon Vert et s'en prend au premier, dont Felicia vient de découvrir la véritable identité…

Alors que Peter est accablé par la perte de Mary Jane, Robbie est victime d'un coup monté. Jameson enquête alors pour l'innocenter, suivi à son insu par Spider-Man qui joue les anges-gardiens.

Le Dr Octopus enlève Felicia Hardy après avoir harcelé sa mère, car son père, un espion nommé le Chat, connaîtrait la formule du super-soldat ayant donné naissance à Captain America…

Le Caïd utilise la formule sur Felicia, faisant d'elle la Chatte Noire, mais celle-ci utilise ses nouvelles capacités et l'aide de Spider-Man pour sauver son père et échapper au Caïd.

Alors que Spider-Man et la Chatte Noire envisagent de partager leurs identités, Debra Whitman retrouve Morbius et le ramène en ville. Le Caïd cherche alors à s'en emparer…

Peter découvre que ses parents auraient été des traîtres à la nation, aussi part-il en Russie avec Robbie pour tirer cette affaire au clair et laver leur honneur…

Spider-Man apprend qu'un ami de son oncle Ben faisait partie de l'équipe de Captain America. Le Caïd lance justement ses super-vilains sur leur piste, et ils entament les recherches chez Tante May!

Durant la seconde guerre mondiale, Captain America s'était sacrifié en entraînant le premier Crâne Rouge dans un portail. Le Caïd parvient à rouvrir ce passage, libérant les deux hommes…