Durante un'importante scoperta, riguardo le tombe di Cleopatra e Marco Antonio, la dottoressa Castillo viene rapita da un gruppo di terroristi. Danny decide, quindi, di reclutare Lexi, anche se lei lo ha sempre incolpato per la morte del padre, per andare in suo aiuto.

1942. Alcuni soldati tedeschi rimangono misteriosamente intrappolati nella tomba di Cleopatra. Nel frattempo, ai giorni nostri, Shaw continua la sua fuga oltre il confine e trova un acquirente disposto ad acquistare i manufatti: Farouk.

Danny in pericolo viene salvato dall’intervento di Reece.Fabi autore del rapimento di Lexi , cerca di convincerla ad unirsi alla fratellanza per uccidere Farouk . I nazisti spostarono Cleopatra in una zona della Francia sotto il controllo del Reich. La Fratellanza cerca di trasportare l’artefatto altrove, ma viene smascherata.

Nel video del 1993 Sanchez da l'addio alla famiglia andando via con Cleoparta su un aereo.Gli uomini di Farouk continuano con il piano.

Nell'appartamento di padre Chuck, Gwen informa tutti sulle scoperte su Zara Farouk : egiziana e morta per via di una micotossina. Danny chiama Simon chiedendo sulle intercettazioni , non ottiene nessun nuovo indizio. Dissidi tra Danny e Lexi sulla possibilità che Reece sia la mente di tutto , portano la squadra a dividersi in due con Lexi e Karlsson che indagano partendo da Ghezal , mentre Danny e Shaw indagano su Yates.

Lexi e Danny cercano di capire chi sia la mente criminale a capo delle operazioni. Grazie a Simon, scoprono anche l'esatta ubicazione del sarcofago di Antonio e Cleopatra...