Der junge Adson von Melk wendet sich vom hedonistischen Lebensstil seines Vaters ab und schließt sich dem englischen Franziskanermönch William von Baskerville an. Zusammen reisen sie zu einem Kloster in Norditalien. In einem geheimen Konzil sollen sie zwischen den verfeindeten Fraktionen des Franziskanerordens und Vatikans vermitteln. Dort angekommen stößt William auf einen mysteriösen Mord. Außerdem wird der skrupellose Inquisitor Bernardo Gui zum Konzil gesandt, um William von Baskerville aufzuhalten.

Im Kloster gab es wieder einen Mord. William und Adson glauben, dass die Morde im Zusammenhang mit der mysteriösen Klosterbibliothek stehen. Allerdings wird ihnen der Zutritt verwehrt. Also suchen sie einen anderen Weg hinein. Derweilen reist Inquisitor Bernardo Gui weiter in Richtung Kloster und übt auf den Weg dorthin seine Macht aus.

William benötigt eine besondere Brille, um in der Bibliothek die Bücher lesen zu können. Daraufhin macht er eine bedeutsame Entdeckung. Währenddessen will Adson mehr über Dolcino herausfinden. Zudem kommt er einer Bäuerin näher. Nachdem Bernardo Gui die gesamte Familie von Anna ermordet hat, will sie sich an ihm rächen.

William und Adson wollen das Rätsel, das die Klosterbibliothek beherbergt, lösen. Adson hat sich in das Mädchen verliebt und versucht ihr in der Stunde der Not zu helfen. Außerdem treffen die Delegationen des Franziskanerordens und des Papstes im Kloster ein.

Im Konzil der Delegationen kommt es bei kirchenpolitischen Diskussionen zum Streit. Inquisitor Bernardo Gui glaubt, dass Ketzer unter den Mönchen des Klosters weilen. Adson kehrt zum Mädchen zurück und bricht sein Gelübde. William versucht weiterhin die Morde aufzuklären.

Williams Beitrag in der Debatte wird von einer schlimmen Nachricht unterbrochen: Ein weiterer Mord ist geschehen, und es gibt bereits einen Verdächtigen. Adson sucht nach dem vermissten Mädchen.

Bernardo Gui fordert die Verurteilung des Mönches, den er der Ketzerei bezichtigt. Unterdessen ermitteln William und Adson weiter und wagen sich ein weiteres Mal in die verbotene Bibliothek.

Der Inquisitor Bernardo Gui verurteilt den Mönch Remigio und das Mädchen. Er hält die Mordserie für aufgeklärt – also soll William abreisen. Doch William und Adson wollen den wahren Mörder finden, indem sie endlich das Rätsel der Klosterbibliothek lösen. Dabei stoßen sie auf einen weitaus größeren Zusammenhang – schließlich mündet alles in eine Katastrophe.