Alla fine del XXIV secolo e 14 anni dopo il suo ritiro dalla Flotta Stellare, Jean-Luc Picard (Sir Patrick Stewart) conduce una vita serena nella sua tenuta, il Castello Picard. È qui che viene a cercarlo una ragazza misteriosa, Dahj (Isa Briones), che ha bisogno del suo aiuto e che, come capisce ben presto, potrebbe avere un legame personale con il suo passato.

Picard indaga sul mistero di Dahj e sul significato della sua esistenza per la Federazione. Vistosi negato il supporto della Flotta Stellare per la ricerca della sorella di Dahj, Picard chiede aiuto ad altri, tra cui il Dr. Agnes Jurati e l'ex collega Raffi Musiker. Nel frattempo la sorella di Dahj, Soji, lavora nel cubo Borg, apparentemente inconsapevole della sua natura. Nemici nascosti seguono sia Picard che Soji.

Completamente ignara della sua natura, Soji continua il suo lavoro, attirando così l'attenzione del direttore esecutivo del progetto di ricerca del Cubo Borg. Nel frattempo Picard, dopo aver ridiscusso con una riluttante Raffi gli eventi del passato, cerca altre persone disposte ad aiutarlo nella ricerca di Bruce Maddox. Fra queste il pilota ed ex ufficiale della Flotta Stellare Cristóbal Rios.

Il viaggio dell’equipaggio verso Freecloud subisce una deviazione quando Picard ordina di fermarsi sul pianeta Vashti, dove lui e Raffi avevano trasferito dei rifugiati romulani 14 anni prima. Al suo arrivo, Picard ritrova Elnor, un giovane romulano con cui aveva fatto amicizia durante il trasferimento. Intanto, Narek continua a scavare nel passato di Soji.

L'equipaggio de La Sirena parte per una spedizione imprevedibile e movimentata su Freecloud, alla ricerca di Bruce Maddox. Quando capiscono che Maddox è in condizioni precarie, un volto familiare si offrirà di assisterlo.

Picard e il suo equipaggio scoprono che Soji è sul Cubo Borg, nello spazio romulano, e questo fa riaffiorare ricordi inquietanti in Picard. Nel frattempo, Narek pensa di aver finalmente trovato il modo di ottenere le informazioni da Soji in tutta sicurezza.

Picard e Soji vengono teletrasportati su Nepenthe, dove vivono dei vecchi amici fidati. Mentre il resto dell'equipaggio de La Sirena tenta di raggiungerli, Picard aiuta Soji a dare un senso ai suoi ricordi recentemente affiorati. Nel frattempo, Hugh ed Elnor sono rimasti sul Cubo Borg e devono fare i conti con l'ira di Narissa.

Dopo la rivelazione delle devastanti verità sull'attacco a Marte, Picard si rende conto di quanto molti siano disposti a fare pur di proteggere segreti vecchi di generazioni. Nel frattempo, l'equipaggio de La Sirena è alle prese con segreti e rivelazioni propri. Narissa guida le sue guardie alla cattura di Elnor innescando una catena di eventi inaspettati sul Cubo Borg.

Dopo un tragitto insolito e pericoloso, Picard e il suo equipaggio arrivano finalmente sul pianeta natio di Soji, Coppelius. Tuttavia, con una flotta di sparvieri romulani alle costole, il loro arrivo non farà che accrescere il pericolo e l'equipaggio scoprirà più del previsto sugli abitanti del pianeta.

Il pianeta degli androidi, Coppelius, è teatro dello scontro finale fra Picard e la sua squadra da una parte e i Romulani, ma anche gli androidi, dall'altra, questi ultimi nel tentativo di salvaguardare la loro esistenza.

La Flotta Stellare deve ricorrere ancora una volta al leggendario Jean-Luc Picard quando i membri del suo vecchio equipaggio, Cristóbal Rios, Sette di Nove, Raffi Musiker e la dr.ssa Agnes Jurati, scoprono un’anomalia nello spazio che minaccia la galassia.

Picard si ritrova trasportato in una linea temporale alternativa nell'anno 2400 dove la sua nemesi di lunga data, Q, ha orchestrato una "prova finale". Picard cerca il suo fidato equipaggio per provare a scoprire la causa di questo futuro distopico.

Picard e l’equipaggio tornano indietro nel tempo nella Los Angeles del 2024 in cerca di un “Osservatore” che possa aiutarli a individuare il punto esatto della frattura temporale. Sette, Raffi e Rios si avventurano nel mondo sconosciuto di 400 anni prima, mentre Picard e la Jurati tentano di ottenere informazioni da un’improbabile e pericolosa alleata.

Il tempo per salvare il futuro sta per scadere e Picard prende la situazione in mano e chiede aiuto a una vecchia amica. Nel frattempo, Rios finisce dal lato sbagliato della legge e la Jurati fa un patto con la Regina Borg.

Picard scopre che una persona importante del suo passato potrebbe essere di cruciale importanza per la frattura nella linea temporale. Q continua a manipolare la linea temporale e si interessa al dr. Adam Soong. Sette e Raffi tentano un audace salvataggio di Rios, mentre la Jurati fa i conti con le conseguenze del suo patto con la Regina Borg.

Con l’aiuto di Tallinn, Picard e il suo equipaggio si infiltrano in un galà alla vigilia del lancio di una missione spaziale congiunta, per proteggere un’astronauta che ritengono cruciale per il ripristino della linea temporale: Renée Picard. Kore fa una scoperta sconvolgente sul lavoro del padre.

Tallinn si avventura nell’inconscio di Picard per aiutarlo a svegliarsi da un coma e affrontare i suoi segreti più oscuri e le sue paure più profonde. Sette e Raffi vanno alla ricerca della Jurati che temono abbia ceduto al mostro dentro di lei. Rios fatica a nascondere a Teresa la verità su chi è veramente.

Il tempo prima del lancio della Missione Europa sta per scadere e Picard e Guinan devono liberarsi dalla custodia dell’FBI. Sette e Raffi si ritrovano faccia a faccia con la Jurati e l’orrore di ciò che è diventata.

Picard e il suo equipaggio combattono per la loro vita quando vengono attaccati da una nuova versione di un vecchio nemico. Ma, per sopravvivere, Picard deve prima affrontare i fantasmi del suo passato. Sette e Raffi hanno uno scontro finale con la Jurati.

Nel finale della seconda stagione, a poche ore dal lancio della Missione Europa, Picard e il suo equipaggio ingaggiano una corsa contro il tempo per salvare il futuro.