1993: Saverio Barone, un giovane magistrato in servizio a Termini Imerese, decide di denunciare al CSM il suo capo, Salvatore Donà, sospettando una sua collusione con la mafia locale. In quei giorni, Tony Calvaruso, da poco uscito di prigione, diventa l'autista di Leoluca Bagarella, boss a capo dell'ala militare della mafia corleonese sempre più minacciata dal pentitismo.

Saverio è nel pool antimafia da qualche mese e finalmente riesce ad ottenere un incarico importante: scortare il pentito Salvatore Cancemi in svizzera per recuperare cinque milioni di dollari che il mafioso avrebbe nascosto lì per conto di Bagarella. Il boss, nel frattempo, revoca l'ordine di uccisione del piccolo Di Matteo e ne affida la custodia a Giovanni Brusca che, sebbene riluttante, è costretto a piegarsi.

Saverio, con il supporto dei Carabinieri del capitano Bonanno, riesce a rimettersi sulle tracce di Mico Farinella e, dopo mesi di attesa, alla fine le maglie dell'indagine si stringono rapidamente intorno al boss delle Madonie, fedelissimo di Don Luchino. Ma non è solo la magistratura a minacciare in quei giorni il clan di Bagarella: a Villabate la famiglia Di Peri alza la testa per prendere il controllo del mandamento. Bagarella è costretto a intervenire di persona per ristabilire l'ordine nel suo territorio e porta ai Di Peri il suo ultimatum...

Bagarella ha scatenato la guerra. Una scia di morti tra Corleone e Villabate che cementa la coppia investigativa Mazza-Barone e porta Saverio a passare sempre più tempo fuori casa, nel tentativo di capire cosa sta succedendo. La svolta investigativa la fornisce, Serena, amante di un mafioso vicino ai Di Peri, Salvatore Barbagallo. Serena teme di restare coinvolta in quella guerra di mafia e Saverio prova a sfruttare quella paura a suo favore. A casa Bagarella, Vincenzina è sempre più ossessionata dall’idea che, se non resta incinta, è perché suo marito tiene in catene il piccolo Di Matteo.

Barbagallo si rivela la chiave investigativa giusta. Grazie alla sua confessione Saverio e Mazza possono tentare di smembrare il clan dei Di Peri e, pur senza avvicinarsi a Bagarella, porre fine a quella guerra sanguinosa. Giovanni Brusca è stanco di spargere sangue e decide di affrontare Bagarella: se davvero crede che ci sia un complotto contro i corleonesi, deve provarlo. Bagarella affida la tortura di tale Buscemi ad un suo uomo, Pasquale Di Filippo, proprio allo scopo di fargli confessare il nome di chi sta tramando contro Corleone.

Bagarella, in lutto, decide di sospendere la guerra. Tony ha così l’opportunità di dedicarsi a un nuovo business: un negozio di jeans da gestire insieme a Tullio Cannella. Mazza, intanto, sta battendo una nuova pista su Pasquale Di Filippo, boss di Corso dei Mille vicinissimo a Bagarella. Saverio invece ha visto spuntare, tra le carte dell’indagine, il nome di Lucio Raja, l’uomo che da giovane gli ha insegnato a cacciare. Il passato di Saverio fa breccia nella storia e le piste investigative si dividono. Ma per poco: presto viene fuori che proprio Raja sta aiutando Di Filippo nella latitanza.

L’indagine su Raja ha svelato il covo in cui si nasconde Di Filippo. I nostri mettono il covo sotto osservazione e lo riempiono di cimici, nell’attesa di un elemento che possa portarli a Bagarella. Intanto Don Luchino interrompe il periodo di lutto. Lo fa ordinando l’omicidio di un uomo di Giovanni Brusca, sospettato di “parlare con gli sbirri”. Brusca incassa l’ennesimo atto di sfida di Bagarella senza battere ciglio. Del resto, in questi giorni può guardare con fiducia al futuro: si è appena fatto costruire una grande villa, il castello da cui iniziare la costruzione del suo impero.

Saverio e Mazza hanno nel mirino Tony Calvaruso e il suo negozio. Seguendolo individuano il palazzo in cui, con tutta probabilità, si nasconde Bagarella. La notizia getta Mazza nel caos: quel palazzo è proprio davanti a casa sua. Tony sospetta che il boss si stia preparando a lasciare Palermo e, in preda all'ansia sul suo futuro, trova il coraggio di chiedere a Don Luchino cosa abbia in mente.

All'arresto di Bagarella seguono quelli di alcuni dei suoi fiancheggiatori, compreso Tony Calvaruso. In procura esplode la gioia, ma non per Saverio: il piccolo Di Matteo è ancora prigioniero e lui non ha in mano nulla per arrivare al bambino. Venuto meno Don Luchino, Giovanni Brusca si prepara a diventare il capo dell'ala militare di Cosa Nostra. E per consolidare il suo potere, il boss entra nel business del narcotraffico insieme a dei gangster americani e comincia ad armarsi sempre di più.

Sono passati cinque mesi e Saverio è cambiato: equilibrato, sereno, si sta per sposare. Al centro dell’indagine ci sono gli ultimi uomini a piede libero del dan di Bagarella, dai quali spera di ottenere una traccia che lo porti a Giuseppe Di Matteo. Questi stessi uomini, tra cui c’è anche Lucio Raja, stanno elaborando un piano per far evadere Don Luchino dat carcere. Per realizzarlo però hanno bisogno dell’esplosivo di Giovanni Brusca. Tramite un pizzino dat carcere, il padre di Brusca gli impone di partecipare al piano. Di nuovo Giovanni pare doversi piegare al potere di Bagarella.

Il piano di evasione di Bagarella salta e Brusca può esultare: ora ha un castello, un arsenale, un traffico di droga tutto suo e Don Luchino è fuori dai piedi. L’unica interferenza continua a essere Giuseppe Di Matteo, che Brusca tiene ancora prigioniero ma che non riesce ad affrontare. Saverio sta cercando un modo per convincere Tony a collaborare. Nel frattempo però Raja lo contatta e gli chiede un incontro di persona. Loro due soli. Sa tanto di trappola, ma Saverio, nonostante il matrimonio sia ormai alle porte, non resiste al richiamo esercitato dal confronto con il proprio passato…

Saverio ha ottenuto le indagini sul suo primo latitante, Mico Farinella, ma in otto mesi le ricerche non hanno prodotto risultati. Un giorno però accade l'impensabile: viene ucciso un uomo per strada e una testimone fornisce l’identikit del tizio che stava con la vittima. Si tratta di Mico Farinella. Finalmente l'indagine ingrana. Bagarella e Vincenzina ricevono la visita di un vecchio amico, Nunzio Scalera, un ex sicario agli ordini di Bagarella con la passione per le filosofie orientali. Tony Calvaruso, invece, viene coinvolto nella compravendita di alcuni appartamenti.

Saverio si è appena sposato con Giada e sta per arrestare Giovanni Brusca. Nel frattempo, Giovanni deve affrontare l'improvvisa arroganza di Enzo e imporsi come unico capo di Cosa Nostra.

Per la prima volta nella sua vita, Saverio riesce a bilanciare il suo lavoro di procuratore e la sua vita personale. Giovanni, invece, è in fuga e vuole porre fine a tutti i suoi problemi.

Le maglie intorno a Giovanni Brusca si stringono definitivamente quando Saverio mette nel mirino il suo uomo più fidato, Giuseppe Monticciolo, detto Il Tedesco, il mafioso che ha costruito la prigione di Giambascio. I nostri si mettono sulle sue tracce sperando che li porti al suo boss. Ma Saverio non è il solo a voler arrivare a Brusca: Bernardo Provenzano e Pietro Aglieri, si accordano per contattare Brusca e intimargli di interrompere la sua strategia di violenza. Giovanni si trova isolato ancora una volta, anche perché suo fratello Enzo ha cominciato ad affezionarsi molto ad una ragazza, Maria, la quale ignora la sua vera identità.

Saverio, cercando di stanare Brusca, usa il pugno duro, tira le reti di anni di indagini e inanella centinaia di arresti nel suo territorio. Poi lo sfida apertamente usando i mezzi di informazione come cassa di risonanza senza preoccuparsi del fatto che, così facendo, mette a rischio non soltanto la sua vita, ma anche quella dei suoi cari, dei suoi colleghi e della sua scorta. Alla furia di Saverio, Brusca risponde con altra violenza. È un animale feroce messo con le spalle al muro e spera che un incontro con Provenzano e Pietro Aglieri possa toglierlo dallo scacco dei PM. Provenzano e Aglieri, però, hanno altri piani per lui.

Con l'arresto di Salvatore Cucuzza la caccia di Saverio segna finalmente un risultato importante. Nel suo nascondiglio gli agenti trovano una misteriosa agendina piena di informazioni che porta il pool vicinissimo all'obiettivo. Ma Brusca sta architettando una serie di contromosse volte a depistare le indagini e, per questo, cerca di persuadere suo fratello Enzo a seguirlo senza esitazioni.

La caccia a Giovanni Brusca è giunta alle sue battute finali. Il cerchio degli investigatori si sta stringendo intorno al boss, che è, tuttavia, pronto a riceverli con la complicità di suo fratello Enzo. Saverio deve capire se dare la precedenza al lavoro, oppure provare a raccogliere i pezzi della sua storia con Giada. Il dilemma è reso ancor più difficile dalla presenza di Francesca, che sembra essere molto determinata nel liberare la Sicilia dalla mafia.

La sorte sorride ironica ai magistrati Mazza e Barone: Giovanni Brusca ha deciso di pentirsi nel giorno dell'anniversario della strage di Capaci. Poco dopo averlo catturato, i due PM sono costretti a offrire all'assassino di Giuseppe Di Matteo e del giudice Falcone degli sconti di pena in cambio delle informazioni di cui è in possesso. Quello che non possono immaginare è che Giovanni Brusca sta giocando la sua partita un passo avanti a loro.

Giovanni Brusca, messo alle strette e abbandonato anche da suo fratello Enzo, decide di pentirsi. Questa volta per davvero. E la prima informazione che dà ai magistrati vale oro: il soprannome del vivandiere di Bernardo Provenzano, una pista per arrivare al vertice di Cosa Nostra. Unita alle informazioni raccolte negli anni da Francesca, questa novità infonde in Barone e Mazza una speranza che credevano di aver perduto.

Nuove indagini per il procuratore antimafia Saverio Barone… ora il boss Vito Vitale lo vuole morto e sua moglie Giada se n'è andata portando con sé la loro figlia Carlotta. Per la prima volta nella sua vita, il pm Saverio Barone ha paura. Da mesi vive rinchiuso in un bunker nei sotterranei della procura di Palermo...ma c'è anche un altro motivo per cui il magistrato si è isolato: lavorare all'indagine segreta su Pietro Aglieri e Bernardo Provenzano che gli ha affidato il suo capo Elia. I due mafiosi rappresentano una mafia nuova, quella dei "colletti bianchi", abile ad insinuarsi negli uffici e nei ministeri, e per questo molto più pericolosa rispetto alla frangia "stragista" di Cosa Nostra.

Saverio è stato trasferito in Trentino, in un castello dove alloggiano prefetti e questori in pensione. Il posto giusto per rilassarsi e passare un po' di tempo con la famiglia. Ma per Saverio Barone, stare lontano dal lavoro e dalla caccia a Vitale è impossibile. Così com'è arduo ricucire i rapporti con Giada e con Carlotta, che respinge i suoi abbracci e gli parla a stento. A Saverio non resta che chiedere a Elia di farlo tornare a Palermo.

La caccia al boss Vitale entra nel vivo: sfruttando la sua amante Elisa, Saverio tende una trappola al boss, arrivando al suo nascondiglio. Dopo l'arresto, però, Saverio torna nel bunker, ossessionato dall'indagine segreta su Aglieri e Provenzano… qui festeggia anche il 23 dicembre 1997

Dopo 4 mesi dal finale dell'episodio precedente, Saverio ha trovato la forza per lasciare il bunker della procura. La sfida più difficile, però, la deve affrontare quando Giada gli affida Carlotta per qualche giorno. Barcamenandosi in un delicato equilibrio tra lavoro e vita familiare, Saverio riesce comunque a portare a casa un grande risultato: ha scoperto che "il Biondo" sarà presente ad un ricevimento contro la mafia, programmato per il 27 aprile 1998. All'evento è stato invitato anche Elia, che lavora come infiltrato per individuare il loro obiettivo.

Saverio e Nicola Calipari scoprono tracce del latitante Pasquale Cuntrera a Fuengirola. I due magistrati partono subito per il Sud della Spagna e così Saverio ritrova dopo tanto tempo quella libertà che in Sicilia ormai non gli è più concessa.

Saverio e la sua squadra stanno sorvegliando l'ospedale San Giovanni in attesa di un qualsiasi indizio che li porti dal "Biondo". E con loro grande sorpresa, intercettano una conversazione in cui scoprono che Bernardo Provenzano ha avuto un problema di salute e dovrà essere operato d'urgenza.... È l'occasione perfetta per compiere il suo arresto!

Saverio Barone, che ha in mente di lasciare il pool antimafia, concentra le sue indagini su Pietro Aglieri: è lui, secondo il PM, il mafioso più pericoloso. Intanto Bernardo Provenzano ordina a Davide di uccidere il medico che l'ha operato...

Aglieri è determinato a vendicare la morte di Davide uccidendo l'anziano boss Provenzano, il quale però, intuendone le intenzioni gli rivela che sono i suoi contatti politici a Roma a proteggerlo nella latitanza...