Die MI5-Offizierin Eve Polastri (Sandra Oh) langweilt sich in ihrem Job und sehnt sich nach einem aufregenderen Leben. Als ein russischer Politiker ermordet wird, bekommt Eve die Aufgabe, die einzige Zeugin zu beschützen, was sie bald ins Fadenkreuz der gewalttätigen und außergewöhnlichen Auftragsmörderin Villanelle (Jodie Comer) führt.

Nach ihrer letzten Aufgabe wird Villanelle (Jodie Comer) angewiesen, eine Pause zu machen. Doch trotz allem macht sie weiter mit ihrer nächsten Mission. Inzwischen erhält Eve (Sandra Oh) die Möglichkeit, einer geheime Einheit des MI6 beizutreten, wo sie Villanelle und deren zweilichtige Organisation zu überwachen.

Als Villanelle (Jodie Comer) einen chinesischen Oberst in einer Berliner Klinik umbringt, reisen Eve (Sandra Oh) und Bill (David Haig) dorthin um zu ermitteln. Während die beiden einige vielversprechenden Hinweisen folgen, genießt Villanelle das Katz-und -Maus-Spiel mit ihnen. Doch als sie ihr immer näher kommen, erkennt Eve, dass es hier um mehr als ein Spiel geht.

Neue Informationen aus Berlin weisen darauf hin, dass es einen Maulwurf gibt. Als Reaktion auf diese beunruhigende Neuigkeit, bereitet Eve (Sandra Oh) eine Beschattungsmission vor, um Gewissheit zu erlangen. Villanelle (Jodie Comer) wird derweil nach England geschickt, um ein Mitglied des britischen Geheimdienstes zu eliminieren. Könnte etwas Eve ihr Ziel sein? Diese hat in der Zwischenzeit mit ihren Emotionen zu kämpfen, steht plötzlich doch sehr viel auf dem Spiel.

Nachdem Eve (Sandra Oh) beinahe von Villanelle (Jodie Comer) erwischt worden wäre, hat sie nun den Maulwurf in ihrer Gewalt und sicher in einem Safehouse untergebracht. Die Chance, an wertvolle Informationen zu kommen, ist so groß wie nie zuvor.

Eine Auftragsmörderin wird in Russland festgenommen, woraufhin Eve (Sandra Oh) und Carolyn (Fiona Shaw) nach Moskau reisen, um sie zu befragen. Die Inhaftierte könnte wichtige Informationen über die Organisation haben, für die Villanelle (Jodie Comer) arbeitet. Diese wird derweil in das Gefängnis geschmuggelt, in dem sich die gefasste Assassine befindet.

Die Spannungen nehmen zu als die Situation in Moskau eskaliert und Eve (Sandra Oh) sich zu fragen beginnt, wem sie trauen kann. Trotz der Gefahr entschließt sie sich zu eigenmächtigen Schritten, weil sie ihr Ziel fest im Auge behält: Villanelle (Jodie Comer) zu finden. Beide Frauen stehen unter Druck, die Fallhöhe ist größer als jemals zuvor.

Villanelles (Jodie Comer) Mission stellt sich als verwinkelter heraus als gedacht, sie sieht sich gezwungen, drastische Maßnahmen zu ergreifen. Unterdessen macht Eve (Sandra Oh) eine schockierende Entdeckung, die sie direkt zu Villanelle führt. Eine elektrisierende Begegnung der beiden hinterlässt Spuren bei allen Beteiligten.

Eve ist erschüttert von ihrer vorsätzlichen Gewalttat gegen Villanelle und weiß nicht, ob sie am Leben oder tot ist. Der paranoiden und schwer verletzten Villanelle gelingt es, sich in einem Krankenhaus behandeln zu lassen. Carolyn unterbreitet Eve eine faszinierende Chance.

Carolyn stellt Eve ihr neues Team vor und Eve macht ihre Kollegen mit dem Villanelle-Fall vertraut. Villanelle muss sich versteckt halten, um sich von der Verletzung zu erholen und findet Obhut bei einem scheinbar freundlichen und harmlosen Mann. Eve kommt hinter ein Geheimnis, das Carolyn bisher vor ihr verbarg.

Villanelle trifft ihren neuen Führungsoffizier und muss erkennen, wie ihre Zukunft unter den Zwölf aussehen wird. Eve agiert in ihrem neuen Job auf eigene Faust und schließt einen Deal mit einem alten Bekannten. Villanelle ist überrascht, als eine Person aus ihrer Vergangenheit sie aufsucht.

Villanelle ist unzufrieden mit der ihr zugewiesenen Rolle und entschließt sich, ihre Arbeit freischaffend fortzuführen. Carolyn wird einbestellt, um bei ihrer Chefin Rede und Antwort zu stehen. Nach der Entdeckung einer weiteren Leiche, kommen Eve und ihr neues Team einen bedeutenden Schritt voran.

Eve und Villanelle stellen fest, dass ihren Interessen am besten gedient ist, wenn sie zusammenarbeiten. Carolyn bereitet das Team auf ein potenzielles Treffen zwischen den beiden vor. Niko muss kurzfristig einen Schulausflug nach Oxford begleiten.

Carolyn und Eve schmieden einen Plan, um Kontakt zu einem wichtigen Akteur bei ihren neuen Ermittlungen herzustellen, Aaron Peel. Eve wird beauftragt, ihre neue Partnerin für einen wichtigen Einsatz vorzubereiten. Villanelle übt sich in Zurückhaltung und nutzt ihr unvergleichliches Geschick, um in die Welt ihrer neuen Zielperson einzutauchen.

Getarnt als 'Billie' wird Villanelle in die Welt ihrer Zielperson eingeschleust. Die schwierige Situation ihrer Beziehung zwingt Eve und Niko sich der Frage nach ihrer gemeinsamen Zukunft zu stellen. Während der jüngste Einsatz in die entscheidende Phase tritt, offenbart Eves Partnerin ihr, dass sie in Schwierigkeiten stecken.

Nachdem Eve von Villanelle das Safeword gehört hat, greift sie ein, um ihre Partnerin zu retten und vermasselt damit den ganzen Einsatz. Carolyn brieft Eve zu ihrem aktuellen Status als Beschäftigte der britischen Regierung und überlässt es Eve, über ihren weiteren Weg selbst zu entscheiden. Villanelle legt sich ins Zeug, um an ihre ultimative Zielperson heranzukommen.

Eve versucht ihr Leben wieder in geordneten Bahnen zu lenken, nachdem Villanelle in Rom auf sie geschossen und zum sterben liegengelassen hat. Villanelle, der Meinung das Eve tot ist, setzt ihr Leben fort.

Eve und Carolyn taumeln. Eve knüpft eine unwahrscheinliche Allianz mit Kennys Kollegen bei Bitter Pill. Villanelle bemerkt das Management nicht das ist, was sie sich vorgestellt hat.

Villanelle nimmt einen Job an der sie zurück nach London bringt. Carolyn`s Moskauer Kontakte sind hilfreich als Eve und das Bitter Pill Team eine potenzielle Spur zu den Zwölf aufdecken. Konstantin ist Druck von allen Seiten ausgesetzt.

Es ist Eves Geburtstag und sie versucht die Probleme mit Niko zu lösen. Villanette erhält Neuigkeiten zu ihrer anstehenden Beförderung. Dasha sucht nach einem Mittel gegen Villanelles Launisches verhalten.

Villanelle kehrt nach Hause zu Mütterchen Russland zurück um ihre Familie zu finden. Vielleicht bringt eine Rückkehr zu ihren Wurzeln ihr das was sie im Leben vermisst zurück.

Während die Ermittlungen weiterlaufen findet Carolyn heraus, dass ihr Informationen von denen vorenthalten werden, die ihr nahstehen. Eve findet eine Spur die sie näher zu Villanelle führt.

Carollyn ist unzufrieden, weil ihr die Ermittlungen zu wenig voranschreiten und knöpft sich einige vor. Gleichzeitig ist Eve auf Villanelle fokussiert und findet Hinweise auf ihren Aufenthaltsort an den ungewöhnlichsten Orten.

Konstantin stiehlt sich davon. Carolyn scheint als hätte sie endlich gefunden wonach sie sucht! Eve und Villanette versuchen herauszufinden wie ihre Zukunft aussieht. Gemeinsam oder getrennt.

Villanelle will Eve beweisen, dass sie sich geändert hat. Doch Eve will davon nichts wissen. Sie arbeitet inzwischen bei einer privaten Sicherheitsfirma und verfolgt nebenher ihr eigenes Ziel.

Eve geht einer vielversprechenden Spur nach. Denn der Kontakt zur geheimnisvollen Hélène scheint nun näher als je zuvor. Nun bietet sich Eve die Chance, auf die sie schon lange gewartet hat.

Nach dem, was geschehen ist, wird Villanelle klar, dass ihr eine Therapie nicht schaden könnte. Doch anstatt auf einen Termin zu warten, greift Villanelle zu ungewöhnlichen Methoden.

Die Jagd auf die Hintermänner der "Zwölf" entwickelt sich zu einem Wettlauf gegen die Zeit. Nun hat Carolyn einen besonderen Hinweis, der sie nach Kuba führt.

Ein altes Foto bringt Eve einen Schritt näher an Lars, dem mysteriösen Mitglied der "Zwölf". Sie ist entschlossen ihn ausfindig zu machen, aber Hélène scheint ihr immer einen Schritt voraus.

Um die "Zwölf" nach und nach auszuschalten, hat Villanelle noch einen blutigen Auftrag vor sich. Doch für Villanelle geht es dabei besonders um eines: Rache.

Eve erkennt auf schmerzliche Weise, was die Jagd nach den "Zwölf" ihr abverlangt hat. Um dem Schmerz jedoch endlich ein Ende zu bereiten, braucht sie Villanelle.

Eve und Villanelle sind wieder vereint. Doch noch ist keine Zeit zu feiern. Denn gemeinsam machen sich die beiden auf den Weg die "Zwölf" endgültig auszuschalten.