La squadra della Fenice cambia per sempre quando la zia di MacGyver, Gwen, gli mette in testa l'importanza della famiglia e dei legami e convince Mac e Riley a unirsi alla Codex. Inoltre, Matty e Russ riportano le loro preoccupazioni sulla Codex alla Casa Bianca.

Mentre Mac e Riley sono sotto copertura nella Codex, sperando di fermare l'organizzazione dall'interno, la loro missione viene interrotta quando Russ, Desi e il team della Fenice si muovono per impedire alla Codex di far esplodere un'arma di distruzione di massa, con Mac e Riley presi nel mirino. Inoltre, il team scopre il vero motivo per cui Russ ha acquistato la Fenice.

Quando Russ viene rapito, Mac e la squadra devono far evadere di prigione uno psicopatico precedentemente omicida, ora pacifista, per farsi aiutare a trovarlo. Inoltre, mentre sono in fuga, Mac e Desi sono costretti ad affrontare i loro problemi di relazione.