Bob Lee Swagger wird von seinem ehemaligen Kommandanten rekrutiert, um ein Attentat auf den Präsidenten zu verhindern und die FBI-Agentin Nadine Memphis untersucht potenzielle Attentäter. Der einst beste Scharfschütze der US-Army, Bob Lee Swagger kehrt aus der Versenkung zurück, um ein geplantes Attentat auf den US-Präsidenten zu verhindern. Hinter dem Anschlag steckt offenbar ein alter Bekannter Swaggers aus seiner Zeit in Afghanistan, der Top-Sniper Solotov. Doch der Einsatz geht katastrophal nach hinten los und Swagger wird zum Gejagten.

Bob Lee versucht, seine Familie zu beschützen, während er inhaftiert ist und Isaac will ihn zum Schweigen bringen. In anderen Fällen kontaktiert Nadine Bob Lees Frau Julie, die sich mit dem Rückschlag gegen ihre Familie beschäftigt. Agent Swagger landet nach dem Einsatz-Fiasko im Knast, wo er einen russischen Mafiabosses trifft. Swagger bietet Johnson an, ein Geständnis abzulegen, wenn dieser dafür seine Familie in Frieden lässt. Seine Frau Julie versucht unterdessen, die Unschuld ihres Mannes zu beweisen.

Bob Lee streckt die Hand nach Nadine aus, während er sich seinen Verfolgern entzieht und Isaac jongliert mit seinem Doppelleben, während er versucht, Bob Lee zu finden. Nadine Memphis soll Agent Swagger helfen, seine Unschuld zu beweisen. Der untergetauchte Sniper wagt einen Besuch bei einem alten Army-Kumpel, der im Veteranenkrankenhaus arbeitet. Prompt wird er dabei gesehen und ein riesiges Polizeiaufgebot riegelt die Klinik ab. Seine Frau Julie wird unterdessen Opfer einer Erpressung.

Bob Lee plant seine nächsten Züge und Isaac verbindet die offenen Punkte. In anderen Fällen untersucht Nadine die ukrainische Verbindung. Für ihre Ermittlungen über den wahren Tathergang am Tag des Anschlags versucht Nadine, einen undurchsichtigen Homeland-Agenten als Informanten zu gewinnen. Nach der Trauerfeier zu Swaggers vermeintlichen Tod entschließt sich seine Frau Julie ihrer Schwester die Wahrheit über ihn zu erzählen.

Bob Lee findet die Kugel aus dem Attentat, die ihn zu einer radikalen Miliz und Isaac führt und Nadine ist in einem tödlichen Katz- und Mausspiel mit Payne gefangen. Swagger findet die Kugel, durch die der ukrainische Präsident tatsächlich getötet wurde, und schleust sich in die Miliz „Tree of Liberty“ ein, die solche Kugeln exklusiv verwendet. Doch Isaac spürt ihn dort auf. Julie entschließt sich währenddessen zu einem mutigen Auftritt vor der Presse.

Bob Lee spürt seinen ehemaligen Instruktor auf, von dem er hofft, dass er ihm helfen wird den Schützen zu finden. Nadine verhört Payne und Isaac erkennt, dass er überfordert ist und ein Reporter macht Julie ein Angebot. Swagger führt die Suche nach dem wahren Schützen nach Idaho. Dort trifft er seinen ehemaligen Ausbilder, der das Polymer für die Kugel herstellte, die den ukrainischen Präsidenten tötete. Es erwartet ihn bereits ein tödliches Empfangskommando. Nadine versucht unterdessen den inhaftierten Jack Payne zu verhören, doch der verweigert die Zusammenarbeit.

Bob Lee reist durch das Land, um den Schützen zu finden. Julie beschäftigt sich mit einem Familienverrat und Nadine kontaktiert einen ukrainischen Reporter, der die Verschwörung erklären kann. Isaac stellt seine Treue in Frage. Auf einer Waffenmesse stößt Bob Lee Swagger auf eine Spur zum wahren Schützen. Jim erfährt, dass Bob Lee noch am Leben ist und will mit dieser Information zum FBI gehen. Der Schütze macht sich unterdessen bereit, Swagger in eine Falle zu locken.

Jack will die Annex-B-Dateien herausgeben aber nur für zehn Millionen Dollar in Diamanten. Nadine ist heiß auf die Dateien und Bob Lee hofft, damit sein altes Leben zurückzubekommen. Julie versteckt sich indes in einer alten Rangerstation. Doch ein Journalist, der ein Buch über Swagger plant, ist ihr bereits auf den Fersen.

Bob Lee versucht alles, um seine Frau und Tochter aus der Gewalt ihrer Entführer zu befreien. Nach der Entführung von Julie und Mary tut Bob Lee alles, um die beiden freizubekommen. Er bietet sogar seinen eigenen Kopf, den Lon Scott mit einem Meisterschuss auch unbedingt treffen will . Bob Lee verhandelt einen Austausch, um seine Familie zu retten. Nadine jongliert mit Bob Lee und dem FBI und Isaac schließt einen Deal für seine Freiheit.

Bob Lee, Julie, Nadine und Isaac arbeiten zusammen, um die russische Botschaft zu durchbrechen und Mary zu retten, die Verschwörung zu beenden und Bob Lee als unschuldig zu beweisen. Dabei erhält er unerwartete Unterstützung vom russischen Botschafter. Unterdessen lässt ein weiterer Mitspieler in der Verschwörung gegen Swagger seine Maske fallen.

Julie und Isaac schließen sich zusammen, um Bob Lee zu retten, nachdem er von Solotov entführt wurde. Nadine konfrontiert Hayes mit Atlas neue Informationen über Bob Lees Vater, Earl Swagger, lösen eine neue Mission aus. Solotov hat Bob Lee immer noch in seiner Gewalt. In der Nähe eines Campingplatzes, auf dem Bob Lee früher oft mit seinem Vater war, kommt es zum Showdown.

Bob Lee besucht ein lokales Gefängnis, um Antworten über den Mord an seinem Vater zu erhalten. Julie nimmt einen Job an, um dem Familienanwalt zu helfen. Nadine und Isaac schnappen sich Harris Downey, der mehr über Atlas weiß, als er denkt. Es lässt Bob Lee keine Ruhe, dass Solotov etwas über den Tod seines Vaters weiß. Bob forscht in dem Gefängnis nach, aus dem Jimmy Poole damals floh. Immer mehr deutet auf einen zweiten Schützen hin.

Bob Lee Swagger muss diesmal den mysteriösen Mord an seinem Vater aufklären. Bob Lee untersucht das örtliche Schlachthaus als Teil seiner Untersuchung des Todes seines Vaters. Isaac und Nadine müssen eine unbequeme Allianz mit einem Atlas-Agenten eingehen.

Isaac setzt Lee unter Druck, um herauszufinden, wo sich Bama aufhält. Bob Lee stattet den Pooles erneut einen Besuch ab. Und Julie fallen aufschlussreiche Briefe von Earl in die Hände. Bob Lee jagt nach den Männern, die seinen Vater ermordet haben. Julie folgt ihrer eigenen Spur. Bob Lee begleitet Nadine und Isaac auf einer Mission, um Harris zu retten.

Bob Lee erinnert sich daran, dass sein Vater mit ihm über einen Kriegskameraden namens Ramon Gutierrez sprach. Er versucht, Kontakt mit ihm aufzunehmen. Ein Freund von Earl's hält den Schlüssel zu einer abtrünnigen Operation, die er in Vietnam durchführte. Bob Lee stürzt ein Ereignis in DC ab, bei dem sich die Wege mit einem Agenten auf einer eigenen Mission kreuzen.

Bob Lee und Isaac werden von einem Mitglied von Earls Vietnam-Einheit durch die Mangel genommen. Julie stellt sich der Familie Bama. Nadine schleicht sich in eine High-Tech-Sicherheitseinrichtung ein. Bob Lee und Isaac treffen sich mit Ramon Guitierrez, um mehr über Bobs Vater zu erfahren. Harris sucht eine Freundin auf, die für Titan Inc. arbeitet. Nadine gerät ins Visier von Atlas.

Bob Lee und Isaac treffen sich mit einem ehemaligen hochrangigen Agenten, um den Tod von Earl aufzuklären. Nadine wird von einem Mitarbeiter des Justizministeriums auf eine gefährliche Mission geschickt.

Ein Anschlag auf Sam führt die Swaggers zu schockierenden Informationen, die Earl hinterlassen hat und die möglicherweise zu seinem Tod geführt haben; Nadine und Isaacs Team nehmen es mit einem der Köpfe von Atlas auf.

Bob Lees Suche nach Bama Jr. führt ihn zu einer Randgruppe, verursacht aber einen Riss in seiner Ehe; Isaac und Nadine nutzen von Earl zurückgelassene Informationen, um sich mit dem Stabschef des Präsidenten zu treffen.

Bob Lee und Isaac überfallen die Atlas-Trainingseinrichtung; Nadine und Harris schmieden einen Plan, um einen entscheidenden Akteur in Atlas' Plan, die Macht zu behalten, zu treffen; Julies Paranoia wächst.

Harris hilft Bob Lee, sich für Earls Tod zu rächen; Nadine und Isaac versuchen, Atlas-Rekruten für ihre Sache zu gewinnen; Julie versucht, das Leben mit Bob Lee hinter sich zu lassen.

Während Bob Lee zwischen Gerechtigkeit und Familie hin- und hergerissen ist, entwickelt Atlas einen neuen Spielplan. Isaac und Nadine untersuchen einen übersehenen Jack-Long-Faden. Harris trifft sich mit einem mächtigen Verbündeten.

Bob Lee versucht, Atlas ein Ende zu setzen, während er gleichzeitig versucht, seine Ehe zu retten und die verbleibenden Fäden seiner Vergangenheit zu verknüpfen. Isaac, Nadine und Harris finden im Serienfinale von D.C. neue Rollen für sich selbst.