Alex riceve delle informazioni in merito a suo padre al suo passato nell'FBI. Intanto le reclute imparano l'arte della scienza comportamentale e del profiling.

Un'esercitazione incentrata sul recupero di ostaggi spinge Alex a interrogarsi se non sia il caso di lasciare Quantico. Inoltre Alex trova un indizio che indica dei dubbi sull'innocenza di uno dei suoi compagni di corso.

Le reclute stanno facendo pratica di sorveglianza con Miranda e suo figlio. Shelby cerca di tenere Caleb a distanza, mentre Raina lascia che Simon le si avvicini sempre di più. Alex riceve aiuto quando decide di entrare nel sistema informatico dell'FBI.

Alcune reclute sono mandate a casa dopo un incarico dai risultati disastrosi. Alex continua a lavorare per provare la sua innocenza: si incontra con Raina e Nimah che però crea più domande che risposte.

Alex trova delle prove che indicano la presenza di un nuovo attentato dinamitardo. L'FBI arresta tutti i complici di Alex eccetto l'Agente Booth.

A Quantico un ex agente e profiler assegna alle nuove reclute lo studio dei casi sui serial killer. Nel futuro Alex si costituisce all’FBI e viene interrogata mentre la vita di Ryan è in pericolo.

A Quantico, le reclute hanno un lungo weekend di vacanza in occasione delle vacanze di Natale ma i segreti rivelati fanno si che non tutti hanno voglia di festeggiare. Nel futuro, viene scoperto il colpevole dell’attentato alla Grand Central Station.

Nel passato Alex, Shelby, e Iris scoprono alcune verità sorprendenti su Drew, Will e Caleb mentre indagano per ottenere l’autorizzazione a consultare informazioni classificate. Nel futuro, Alex contatta Claire Hass per cercare di scoprire dove sono gli amici scomparsi e viene a sapere cosa è successo a Caleb.

Quantico, nel giorno della carriera le reclute incontrano i rappresentanti di vari rami del FBI. Nel futuro, Alex è sempre alla ricerca del terrorista ed entra in contatto con alcuni conoscenti tra cui uno che sa lo scopo finale del terrorista.

Le reclute si preparano a lasciare Quantico e ritornare nel mondo reale per i loro nuovi incarichi. Nel futuro Alex scopre che qualcuno con cui aveva legato all’accademia aveva mentito e si ritrova al centro di un nuovo possibile attentato.

Quantico: finalmente arriva il giorno del diploma per tutte le reclute che sono riuscite a raggiungere questo traguardo. Nel futuro, Alex e la squadra che l’affianca si trovano faccia a faccia con il terrorista.