J’onn wird von Visionen über Malefic geplagt. So bittet er den Geist seines Vaters um Hilfe, der ihm rät, sich Malefic anzunähern. Unterdessen entdeckt Brainy den Ort, an dem sich Leviathan aufhält. Zeitgleich suchen Kara und Lena in der Festung der Einsamkeit nach einer Waffe, welche die Organisation aufhalten könnte. Allerdings werden sie bereits von Rama Khan erwartet, einem Jahrhunderte alten Alien, das mit Leviathan gemeinsame Sache macht.

Alex und Brainy können Kara aus der Festung befreien. Alex versucht Kara davon zu überzeugen, dass Lena nichts mehr retten kann, doch Kara will dies nicht wahrhaben. Tatsächlich arbeitet Lena mit Hochdruck an ihrem Plan, die gesamte Welt ihrer geistigen Kontrolle zu unterwerfen. Malefic entschließt sich auf den Mars zurückzukehren. J’onn erfährt von Monitor, warum sie seinen Bruder auf die Erde gebracht hat.

Nach der Krise muss sich Kara erst einmal an ihr neues Leben auf Earth-1 gewöhnen. Sie stellt fest, dass sie für Lex arbeitet, der nun der Gründer der D.E.O. zu sein scheint. Vier verschiedene Brainiacs-5 tauchen plötzlich auf der Erde auf, können sich aber nicht erinnern, was mit ihnen geschehen ist. Einer von ihnen versucht seine eigene Erde zu retten, die in einer Flasche gefangen ist. Kara, Nia und Brainy erkennen den Ausmaß seines Plans und versuchen ihn zu stoppen. Gamemnae besucht Andrea und gibt sich als Aufsichtsratsmitglied Gemma Cooper aus.

Die D.E.O. stellt fest, dass der böse Toyman sein Bewusstsein in ihre Computer transferiert hat, um das Internet als Waffe zu nutzen. Alex setzt die D.E.O. daraufhin unter Quarantäne, während Supergirl und Winn feststellen, dass auch das Bewusstsein des guten Toymans im Server erhalten geblieben ist und nun den Doppelgänger besiegen will.

Lex erfährt von Brainy, dass die Mitglieder von Leviathan aus dem gleichen Sonnensystem stammen, in dem auch Krypton beheimatet ist. Könnte es also auch für sie eine Art Kryptonit geben, um sie in Schach zu halten? Supergirl verhindert einen Mordanschlag auf Andrea. Danach wird sie von Lex als ihr Bodyguard angeheuert. Lena testet ihr Programm mit den Insassen von Strykers Island und beobachtet das Entstehen von Rachegelüsten bei ihnen.

Lex bemerkt die Veränderungen, die durch die Krise entstanden sind. Zugleich beeinflusst er Lena, bis diese glaubt, dass Supergirl hinter Myriad steckt. Als Lena die Festung der Einsamkeit verlässt, hetzt Morae einen Sun-Eater auf ihre Fersen.

Supergirl nimmt den Kampf gegen Rama Kahn und Leviathan auf. Lex und Lena sind dazu gezwungen, zusammen zu arbeiten, als sie sich in der Mitte eines Gefängnisaufstandes wiederfinden. Lex unterstützt Leviathan beim Kampf gegen Supergirl. Alex und Kara treffen sich mit Pete Andrews, um mehr über Leviathan zu erfahren.

Kara realisiert, dass sie auf die Zusammenarbeit mit Lena angewiesen ist, wenn sie Lex und Leviathan aufhalten will. Nia leidet unter ihren Träumen und fragt sich, was sie zu bedeuten haben. Brainy erkennt, dass es nur eine Möglichkeit gibt, um Lex aufzuhalten.

Als Braniac dem Tod nahe ist, nachdem er versucht hat, Lex Luthor zu stoppen, sind Supergirl und das Team zu Stelle, um ihn zu retten, wobei sie in einen epischen Kampf mit Gamenmae verwickelt werden. Nachdem sie Leviathan besiegt hat, wendet Supergirl ihre Aufmerksamkeit Lex zu, der die Obsidian-Plattform dazu benutzt hat, die halbe Welt einer Gehirnwäsche zu unterziehen, um ihn zu lieben und ihm um jeden Preis zu folgen, egal was für schreckliche Dinge er tut. Da Lena weiß, wie gefährlich dies ihren Bruder macht, bittet sie das gesamte Team um Hilfe, aber Supergirl erkennt, dass der einzige Weg, Lex wirklich zu stoppen, darin besteht, sich selbst zu opfern.