Kara ha 24 anni e sembra una ragazza normalissima, ma in realtà proviene da un altro pianeta ed è dotata di poteri eccezionali, proprio come suo cugino Superman. Dopo essere cresciuta con la famiglia Danvers, Kara ora lavora come impiegata, fino a quando un giorno usa i suoi poteri in pubblico per salare un aereo che sta precipitando.

Mentre Supergirl è in volo si accorge che un drone volante la segue e lo porta al DEO per delle indagini, poi una bomba esplode in un edificio rischiando di farlo crollare, ma Supergirl evita che vengano fatte delle vittime tenendo l'edificio in piedi con la sua superforza. Hank e Alex scoprono che la bomba è stata creata con la tecnologia della società di Maxwell Lord, quindi i due fingendosi agenti dell'FBI vanno nella sede della sua azienda per indagare, ma in uno dei suoi laboratori trovano un'altra bomba che si appresta a esplodere, quindi Alex chiama sua sorella la quale nelle vesti di Supergirl porta via la bomba dalla città, l'esplosione quindi non fa danni. Lucy vuole tornare con Jimmy nonostante sia stata lei a lasciarlo, Jimmy parla con Kara della cosa affermando che Lucy ha sempre messo il lavoro prima di lui, ma Alex le suggerisce non permettere a Jimmy di chiederle la sua opinione su Lucy perché Kara lo ama e se lei farà da confidente a Jimmy lui la vedrà solo come un'amica. Cat ottiene un'onoreficenza per il suo lavoro, quindi dovrà assentarsi per ritirare il premio, lasciando suo figlio Carter alle cure di Kara, il quale è un grande ammiratore di Supergirl. Il DEO scopre che dietro a queste bombe c'è Ethan Knox, un ex dipendete di Maxwell, intanto Lucy parla con Kara rivelandole che la vera ragione per cui metteva sempre il lavoro prima di Jimmy è perché lui si concentrava di più su Superman che su di lei, comunque Lucy ha deciso di lasciare National City. Durante l'inaugurazione del nuovo treno a propulsione elettromagnetica creato da Maxwell, Knox sale sul mezzo per farlo saltare in aria con una bomba che lui porta addosso, inoltre posiziona pure una bomba nell'aereoporto, per distogliere l'attenzione, e questo fa preoccupare Jimmy dato che Lucy è diretta lì, quindi corre da lei vedendo però che è al sicuro. Sul treno c'è anche Carter, quindi Supergirl entra nel mezzo e cerca di parlare con Knox per convincerlo a desistere dalle sue intenzioni, lui afferma che non voleva fare del male a nessuno ma che è stato costretto, poi aziona il detonatore della bomba per farla esplodere sicuro del fatto che Supergirl salverà i passeggeri del treno, infatti la kriptoniana usa la vista laser con la quale divide il vagone con dentro Knox dal resto del treno. Knox salta in aria e Kara salva i passeggeri del treno. Hank, dando prova di avere dei misteriosi poteri, riesce a disinnescare la bomba all'aereoporto. Jimmy, che ha dato prova di tenere ancora a Lucy, torna insieme a lei. Supergirl va da Maxwell dicendogli che ha capito che è stato lui a costringere Knox a fare tutto ciò, infatti sua figlia è malata e Maxwell si era offerto di pagarle le migliori cure a patto che Knox seguisse i suoi ordini, infatti il drone e le bombe servivano solo per testare i poteri di Supergirl, comunque Maxwell non voleva che Knox morisse, è stato quest'ultimo che ha fatto sì che la situazione gli sfuggisse di mano. Supergirl consiglia a Maxwell di stare attento perché da adesso lo terrà d'occhio.

Il colonnello Harper e Lucy arrivano al DEO per prendere in custodia ed interrogare Hank che ha rivelato la sua vera identità. L'intento principale dei due militari è quello di scoprire quante persone al DEO fossero complici di Martian Manhunter. Siobhan cerca di mettere nei guai Kara inviando a Cat Grant una mail ingiuriosa firmata "Kara Danvers".

Lillian ricatta Kara richiedendo la sua presenza minacciando di fare del male a Mon-El. Una volta arrivata, Supergirl viene catturata dal vero Hank, che ora è dotato di poteri. Intanto in città c'è un nuovo vigilante che sta uccidendo i criminali che James ha catturata e che non sono stati condannati. Si scopre il motivo per cui Lillian vuole il sangue di Kara. Alex finalmente riesce ad accettare che tra lei e Maggie c'è solo amicizia.

Quando Jeremiah Danvers viene salvato da Cadmus, Ales e Kara sono felici di riaverlo finalmente con loro, ma Mon-El è sospettoso e non smette di chiedersi il perchè di questo tempestivo ritorno.

Per mandare all'aria l'ultimo piano di Cadmus, Kara e Alex si rendono conto di dover rompere le regole per raggiungere il loro obiettivo.