Walter, Cabe et Happy embarquent pour une nouvelle mission à bord d'un sous-marin sans moyen de communication avec l'extérieur, quand l'engin s'écrase au fond de l'océan.

L'unité Scorpion infiltre le tournage d'un film de superhéros dans l'espoir de retrouver un vieux missile soviétique vendu sur le marché noir.

L'unité Scorpion et les services secrets infiltrent les Nations Unies pour empêcher un ambassadeur de vendre des armes à des miliciens en lutte contre des rebelles.

L'équipe Scorpion se lance à la recherche d'un jeune hacker menaçant l'économie mondiale après avoir réussi à infiltrer le système informatique de la Réserve fédérale.

Tandis que l'équipe Scorpion brave les températures glaciales de l’Antarctique pour venir en aide à une unité des forces spéciales, Happy se perd dans le brouillard.