Die Genies Walter, Sylvester, Toby und Happy können weder Miete noch Strom für ihr Hauptquartier bezahlen – es fehlt ihnen an lukrativen Aufträgen. Da steht plötzlich Homeland-Security-Agent Cabe Gallo vor der Tür: Auf dem Flughafen in Los Angeles sind alle Kommunikationssysteme ausgefallen, zahlreiche Flugzeuge drohen über der Metropole abzustürzen. Gallo bittet Team Scorpion um Hilfe, doch Walter hat zunächst Zweifel. Dann lässt er sich auf eine waghalsige Aktion ein.

Gouverneur Lanes Tochter Helen ist schwer krank – niemand weiß, was das Mädchen hat. Walter erkennt schnell, dass der Virus, mit dem sich Helen infiziert hat, genetisch auf sie zugeschnitten sein muss. Die Recherchen des Teams führen zum Pharmakonzern Vlaxco, der ein Medikament zur Heilung einer tödlichen Muskelkrankheit nicht freigegeben hat. Einer der Testpatienten scheint sich nun rächen zu wollen, denn Gouverneur Lane war einst bei dem Unternehmen angestellt.

Bei einer militärischen Übung versagt Team Scorpion komplett und erhält erst einmal keine weiteren Aufträge mehr. Doch dann fliegt ein Gebäude in die Luft, in dem die Kabel für die Internetversorgung des gesamten Südwestens der USA untergebracht waren. Weitere gezielte Bombenanschläge deuten darauf hin, dass jemand aus irgendeinem Grund das Internet lahmlegen will. Die Recherchen führen die Genies bis in die Kreise der US-Ermittlungsbehörden.

Sehr zum Missfallen von Gallo nimmt das Team den Privatauftrag eines Casinos in Las Vegas an. In der Spielhalle wird weit mehr Geld gewonnen, als die Statistik erlaubt. Walter löst das Problem schnell. Doch während das Team noch im Casino ist, findet ein Überfall statt – und Walter gerät ins Visier der Ermittler, da er zuvor die Überwachungstechnik manipuliert hat, um den überhöhten Gewinnen auf die Spur zu kommen. Nun gilt es, seine Unschuld zu beweisen.

Ein veralteter Atomreaktor droht zu überhitzen und in die Luft zu fliegen. Der einzige, der Team Scorpion bei diesem Problem helfen kann, ist das ehemalige Mitglied Mark Collins. Der psychisch labile Mann hat über Jahre hinweg die Kommunikation rund um den Reaktor angezapft und kennt alle Details des Meilers. In einer waghalsigen Aktion versuchen die Genies, den GAU abzuwenden. Doch ausgerechnet Collins ist nicht ganz unschuldig an der drohenden Katastrophe.

Team Scorpion hat einen neuen Auftrag: Die Genies sollen das Sicherheitssystem eines Museums checken, das ein sehr wertvolles Gemälde aus Deutschland ausstellt. Als Walter anmerkt, dass das Kunstwerk eine Fälschung ist, eskaliert die Situation. Da das Bild allerdings nicht von einem Menschen, sondern von einer Maschine kopiert wurde, ist die Neugier der Nerds geweckt und sie beginnen mit der Recherche. Das Ergebnis ist, dass sie bei einer Psychologin vorstellig werden müssen.

Drei Schwerverbrechern ist es gelungen, aus einem High-Tech-Gefängnis zu entkommen. Team Scorpion soll herausfinden, wie die Kriminellen das bewerkstelligt haben. Schnell wird klar, dass einer von ihnen auch ein Genie sein muss – ohne Spezialwissen ist die Sicherheitstechnik nicht zu überwinden. Zunächst sieht es so aus, als ob der Nerd Percy von den anderen beiden Gangstern zur Flucht gezwungen wurde. Doch ganz offensichtlich verfolgt er einen millionenschweren Plan.

Die Ermittlungen im Fall eines ermordeten Musikbloggers führen Team Scorpion zu Peyton Temple. Er schrieb ein Programm, mit dem Hits automatisch erzeugt werden können. Plötzlich tauchten im Radio Songs auf, die damit entstanden sein mussten. Offenbar hat der Hip Hop-Produzent Lucky the King dabei seine Finger mit im Spiel – doch tatsächlich weiß er von nichts. Der Musikmanager Owen Sugar hingegen scheint tief in der Sache zu hängen.

Cabes Ex-Frau Rebecca ist offenbar auf brisante Informationen gestoßen: Nachdem sie eine bestimmte Datei erhalten hat, hat jemand sie in ihrer Anwaltskanzlei angegriffen. Sie konnte die Datei, die sie auf einen USB-Stick gezogen hat, gerade noch verstecken. Gleichzeitig fliegt der Kongressabgeordnete Gostin mit seinem Boot in die Luft. Offenbar wollte ihn jemand ausschalten, um eine außerplanmäßige Wahl abhalten zu können – und Rebecca hat den Beweis dafür.

In Bosnien ist ein US-Militärjet abgestürzt. Team Scorpion soll zusammen mit einer Gruppe Navy SEALs dort hinreisen, um die Leiche des Piloten zu bergen und Software aus dem Flugzeug zu sichern. An der Absturzstelle kommt sowohl den Soldaten als auch den Genies einiges komisch vor: Von einer Leiche keine Spur, und die vorhandene Software ist uralt. Irgendjemand muss also den Piloten entführt und die Technik an sich genommen haben.

Eine Gangsterbande überfällt eine Firma, die Hochsicherheits-Safes herstellt, und tötet zwei Angestellte. Ihre Spuren verwischen die Kriminellen mit Säure-Sprengsätzen. Team Scorpion soll herausfinden, wer die Leute sind, was ihr nächstes Anschlagsziel ist und wie sie an ihre Sprengsätze kommen. Bei der Recherche am Tatort wird Sylvester durch einen Blindgänger schwer verletzt. Sein kritischer Zustand macht allen im Team zu schaffen, ganz besonders Walter.

Walter verbringt den Weihnachtstag mit Megan am Strand, als plötzlich ein Felsrutsch die Idylle stört. Das Tragische: Die Steine haben den kleinen Owen Cooper in einer Höhle auf Meereshöhe eingeschlossen. Das Wasser steigt unaufhörlich, und Owen kann sich nicht selbst befreien – sein Fuß ist eingeklemmt. Team Scorpion startet eine dramatische, scheinbar aussichtslose Rettungsaktion.

Ralph wird von der CIA in Gewahrsam genommen – er hat in einem Computerspiel, das im Darknet kursiert, ein verstecktes Level geknackt. Im echten Leben entspricht diesem Level ein Safehouse in Mexiko, in dem zwei CIA-Agenten und ein Kartellmitglied erschossen wurden. Die CIA hat Ralph nun im Verdacht, das Spiel mitentwickelt und so das Attentat im Safehouse möglich gemacht zu haben. Team Scorpion muss schnellstens den wahren Urheber des Spiels finden.

Ein Mitarbeiter der CIA hat brisante Informationen über bestimmte Chemikalien nach außen gegeben: Man kann aus den Stoffen entweder ein Pestizid oder ein Nervengift herstellen. Wie sich herausstellt, hat der Analyst Leonard die Daten an die Frau, die er liebt, weitergeleitet. Sie behauptet, mit den Chemikalien armenischen Bauern helfen zu wollen. Doch in Wahrheit ist sie eine Spionin. Team Scorpion muss sie schnellstmöglich stoppen.

Auf ein geheimes US-Nuklearwaffen-Silo in Island wird ein Hackerangriff verübt. Die Attacke hängt offensichtlich mit dem Diebstahl eines Notfallkoffers vor 16 Jahren zusammen. Der Secret-Service-Agent Bruce, der den Koffer schützen sollte, befindet sich seither in einer Klinik. Doch für Team Scorpion ist er der Schlüssel um zu verhindern, dass die Hacker die Nuklearsprengsätze fernzünden. Die Genies müssen Bruces Erinnerung an den Überfall auf die Sprünge helfen.

Die Homeland Security ist einem Waffenhändler auf der Spur und fordert das Team Scorpion an. Der Plan: Gestohlene High-Tech-Raketen sollen mittels GPS geortet und so die Empfänger der Lieferung ausfindig gemacht werden. Sylvester, Toby, Gallo und Walter gelingt es schließlich an Bord des Schiffes zu gelangen, auf dem sich die Raketen befinden. Doch als Gallos Tarnung auffliegt, wird aus dem 20-Minuten-Job plötzlich eine längere Aktion.

Ein Radiointerview von Walter sorgt für miese Stimmung in der Gruppe. Trotzdem ist ein Auftrag zu erledigen: Ein mexikanisches Drogenkartell hat die Tochter eines Technikmoguls entführt und fordert immer mehr Lösegeld. Doch um die Geisel zu befreien, muss das Kartell erst einmal aufgespürt werden. Ein Junge behauptet zu wissen, wo es ist und will das Team hinführen. Können sie ihm trauen oder tappen sie damit direkt in eine Falle?

Die Regierungschefs von Weißrussland, Litauen und Lettland werden für ein geheimes Treffen in die USA geflogen, um einen drohenden Krieg zwischen den Ländern abzuwenden. Team Scorpion soll mithilfe einer Visualisierungs-Software dafür sorgen, dass es so aussieht, als wären die Staatsoberhäupter noch in ihren Ländern. Als bei dem Treffen jedoch etwas schief geht, und der litauische Präsident durch das Gift einer Schlange umkommt, ruft dies Team Scorpion erneut auf den Plan.

Das Team Scorpion wird gerufen, um eine Gruppe verloren gegangener Wanderer zu retten. Doch dann passiert eine Katastrophe: Der Helikopter des Teams stürzt ab und geht in Flammen auf. Gott sei Dank können sich alle aus dem brennenden Wrack retten. Doch Sylvester muss dem verletzten Piloten helfen: Er kann nicht allein vor den sich rasend schnell ausbreitenden Flammen fliehen.

Maya Hernandez, Kronzeugin im Prozess gegen das berüchtigte DL-Kartell, wird auf dem Weg zum Gericht um ein Haar erschossen. Team Scorpion erhält den Auftrag, die Frau in Sicherheit zu bringen. Mit einem ausgeklügelten Plan wollen die Genies die Gangster austricksen – doch die Kriminellen scheinen ihnen immer einen Schritt voraus zu sein. Eine gefährliche Flucht beginnt, auf der das Team und Maya nicht nur ein Mal um ihr Leben fürchten müssen.

Hacker haben die Systeme eines Labors geknackt, in dem an toxischen Stoffen geforscht wird. Einen Teil der Belegschaft töteten sie bereits durch Seringas und sie drohen, noch mehr Leute umzubringen. Team Scorpion findet bald heraus, dass der Hackerangriff von einem der Angestellten durchgeführt worden sein muss. In Verdacht gerät der Neurobiologe Dr. Simon Boyd, der bei einem Bombenangriff in Bagdad seine Verlobte verlor. Das lässt bei Walter alle Alarmglocken schrillen.

Das Team versucht seit Stunden, Walter zu erreichen – doch der reagiert einfach nicht. Schließlich hat Happy die Idee, sein Auto zu orten. Die Genies finden ihren Boss im Wrack seines Ferraris, das an einer Klippe baumelt und jeden Moment abzustürzen droht. Nun gilt es, schnell einen Plan zu entwickelt, um Walters Leben zu retten. Doch ohne Cabe und Paige ist Team Scorpion aufgeschmissen.

Team Scorpion hat eine neue Leiterin, Adriana Molina. Und auch ein neuer, kniffliger Fall erwartet die Crew: Ein russischer Satellit wurde angeblich von Weltraummüll aus dem Orbit geschleudert und rast nun auf Südkalifornien zu – eine tickende Atombombe, denn der Satellit ist voller Plutonium. Das Team berechnet, dass der Aufprall über 10 Millionen Menschen das Leben kosten würde. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit.

Cabe wird von Sonia Balasevic, deren Familie im Krieg ermordet wurde, besucht. Seitdem Cabe ihr damals das Leben gerettet hat, ist sie auf der Suche nach den Verantwortlichen. Einer der Befehlshaber, Stanislav Zoric, wurde in Kuba gesichtet. Adriana Molina lässt das Team von einem Drogenschmuggler inoffiziell nach Kuba fliegen und vereinbart ein Treffen mit kubanischen Doppelagenten. Das hat jedoch verheerende Folgen.

Als in einem Hochsicherheitsgefängnis ein verdeckter Informant ermordet aufgefunden wird, versucht der Direktor, hinter die Machenschaften der Gang Eh-Ta-Me zu kommen. Bei der Leiche wurden Seiten mit einem verschlüsselten Code gefunden; offensichtlich hat Shima Funukoshi, der Chef der Bande, zu Mitgliedern der Gang außerhalb des Knasts Kontakt und gibt Morde in Auftrag. Seine nächsten Ziele sollen drei Richter sein. Wird es Team Scorpion gelingen, den Code zu entschlüsseln?

Katherine Cooper, die stellvertretende Direktorin von Homeland Security, erteilt Team Scorpion einen neuen Auftrag. Es handelt sich um einen geheimen U-Boot-Einsatz, bei dem Walter, Cabe und Happy keinen Kontakt zum Rest ihrer Truppe haben dürfen. Als sich Walter in ein fremdes System hackt, glaubt er, in eine Falle zu tappen und drängt, die Mission abzubrechen. Noch während der Fähnrich überlegt, ob er den Kapitän informieren soll, kommt es zu einer Explosion an Bord.

Als ein illegal erworbener Atomsprengkopf in Kasachstan zum Verkauf angeboten wird, soll Team Scorpion den genauen Standort der Rakete herausfinden. Walter, Cabe, Happy und Toby reisen undercover nach Kasachstan und beginnen mit der Ortung. Beim Versuch, den Urankern der Rakete mit Salpetersäure zu neutralisieren, werden sie erwischt, und es beginnt eine heiße Verfolgungsjagd durch Kasachstan.

Walter arbeitet seit Wochen unter Hochdruck an der Programmierung verschiedener Systeme, die Richard Elia für seinen neuen Hauptsitz benötigt. Am Abend vor der Eröffnung trifft Walter in einer Bar eine unbekannte Frau namens Stella auf einen Drink. Als Paige und Cabe am nächsten Morgen den ohnmächtigen Walter finden und sich wenig später auf dessen Computer ein zerstörerischer Virus ausbreitet, wird klar, dass Walter in eine Falle getappt ist.

Toby ist im Serverraum eingeschlossen. Walter und Happy schaffen es, Toby in letzter Minute das Leben zu retten. Daraufhin kann Walter die nötigen Handgriffe am Server vornehmen, um wieder die Kontrolle über die Systeme zu erlangen. Zunächst sieht es so aus, als würde wieder alles funktionieren, doch der zerstörerische Wurm installiert sich immer wieder neu. Indes sind Paige und Cabe weiterhin auf der Suche nach Stella. Die Spur führt sie zu einem Escort-Service.

Toby ist am Boden zerstört: Bei seinem Boxkampf ist er in der ersten Runde K.o. gegangen. Noch mehr kränkt ihn allerdings, dass Happy nicht am Ring dabei war, um ihn zu unterstützen. Indessen sind Paige und Ralph auf dem Weg ins Museum. Doch die U-Bahn, mit der sie fahren, hält nicht mehr an und wird immer schneller. Paige ruft Walter an und bittet ihn um Hilfe. Schnell wird klar, dass der Zug ferngesteuert wird. Handelt es sich um einen Terror-Anschlag?

Team Scorpion lässt sich auf einen Deal mit der CIA ein, bei dem es um viel Geld geht. Walter und seine Leute sollen ein verschwundenes Flugzeug der CIA aufspüren, dessen letztes Signal aus der Nähe der Area 51 kam. Das Team findet das Flugzeug recht schnell, und eigentlich wäre der Auftrag damit erledigt – allerdings bekommen sie dann ein Angebot unterbreitet, das kaum abzulehnen ist, aber auch gewisse Risiken birgt.

Der englische Botschafter Jonas Madaky wird verdächtigt, als Waffenhändler tätig zu sein. Um ihn endlich überführen zu können, benötigt der MI-6 die Hilfe von Team Scorpion. Bei einer Rede auf der UN-Versammlung plant Madaky, mit einem anderen Botschafter einen Waffendeal abzuschließen. Der britische Agent Gleason soll die Verhandlungen belauschen, und Scorpion muss ihn dazu ins UN-Gebäude schleusen. Leider läuft der Plan vollkommen aus dem Ruder.

Der kranken Megan geht es immer schlechter. Als auch das Krankenhaus-Personal plötzlich komische Symptome zeigt, wird die gesamte Klinik unter Quarantäne gestellt. Offenbar breitet sich dort ein seltener, gefährlicher Pilz aus. Die Seuchenschutz-Behörde ist vollkommen hilflos angesichts der Bedrohung. Also macht sich Scorpion auf die Suche nach einem Gegenmittel. Scheinbar hat Sylvester eine Super-Bakterie auf der Haut, die im Kampf gegen den Pilz nützlich sein könnte.

Verbrecher haben eine Schadsoftware in das System der US-Zentralbank eingeschleust und drohen, damit die gesamte Weltwirtschaft lahmzulegen. Scorpion findet heraus, dass das kriminelle Computerprogramm von einem seltenen Hightech-Rechner an einem College hochgeladen wurde. Walter könnte den Cyberangriff beenden – indem er seinen PC direkt an den Supercomputer anschließt. Doch dieser ist so empfindlich, dass ihn kleinste Veränderungen der Umgebung zur Explosion bringen können.

Weihnachten steht vor der Tür, und es regnet in Strömen. Der Dauerregen ist auch die Ursache für Team Scorpions nächsten Auftrag: Ein umgestürzter Baum hat ein Wasserkraftwerk stark beschädigt. Fallen die Generatoren aus, ist eine ganze Stadt ohne Strom. Als ob das nicht genug wäre, droht auch noch der Staudamm unter der Wasserlast zu brechen. Walter greift zu extremen Maßnahmen, um die Katastrophe abzuwenden.

Ein militärischer Kommunikationssatellit ist ausgefallen, was für Captain Cody Decker und seine Einheit tödlich enden könnte: Die Männer stehen in Darfur unter starkem Beschuss und sind auf eine Drohne angewiesen, die ihnen Rückendeckung gibt. Doch ohne den Satelliten kann die nicht geschickt werden. Team Scorpion muss den Erdtrabanten wieder in Gang kriegen – und begibt sich dafür selbst in höchste Lebensgefahr.

Team Scorpion macht sich auf den Weg nach Afrika, um die Machenschaften eines Diktators zu überprüfen: Es wird vermutet, dass er eine Solarwaffe mit unfassbarer Schlagkraft konstruiert hat. Besonders Sylvester hat ein Problem mit dem Auftrag, denn ausgerechnet sein Vater begleitet Scorpion auf der Mission. Ken Dodd sucht schon sein ganzes Leben nach dieser Solarwaffe und ist sich sicher, sie nun endlich gefunden zu haben.

Walter hat ein Date und versaut es total. Trotzdem sieht er Linda schneller wieder als gedacht: Die junge Frau steht plötzlich im Hauptquartier von Scorpion – mit einer Bombenweste am Körper und einer Botschaft von einem Unbekannten der androht, Linda in die Luft zu jagen, wenn Team Scorpion nicht den Geheimstart einer NASA-Rakete sabotiert. Dumm nur, dass die NASA Scorpion angeheuert hat, um technische Probleme bei genau diesem Projekt auszubügeln.

Paige verdonnert Toby und Walter zu einer Paartherapie, da sich die beiden dauernd in die Haare kriegen. Außerdem erlaubt sie Ralph, mit Sylvester an den Strand zu fahren. Während die anderen außer Haus sind, hütet der Rest des Teams das Hauptquartier. Doch dann erschüttert ein mächtiges Erdbeben Los Angeles. Infolgedessen herrscht Überdruck auf den Gasleitungen und ein Stadtteil droht in die Luft zu fliegen. Team Scorpion muss helfen, obwohl es in der ganzen Stadt verteilt ist.

In Brisbee, Arizona, stürzt eine mit Heroin beladene Drohne ab. Offenbar haben die Schmuggler einen Flugkorridor entdeckt, der außerhalb der Radarüberwachung liegt. Team Scorpion soll eine Technik entwickeln, mit der die Drogen-Drohnen vom Himmel geholt werden können. Doch die Schmuggler bekommen schnell Wind von der Sache. Außerdem wird die Beziehung zwischen Toby und Happy publik, und das passt Walter gar nicht.

Cabes alter Freund Mick taucht im Hauptquartier auf und behauptet, dass er etwas über den Schmuggel einer hochgiftigen Substanz in ein südamerikanisches Land weiß. Angeblich will eine Bande Autoschieber den Deal durchziehen. Team Scorpion ist zunächst skeptisch, doch Cabe vertraut Mick und setzt die Genies auf den Fall an. Bald zeigt sich allerdings, dass Mick nicht ganz ehrlich war. Das bringt Team Scorpion in höchste Gefahr.

Walter hatte einen Autounfall und wartet in der Notaufnahme auf einen Arzt. Dort trifft er die kleine Olivia, die kurz vor einer Herztransplantation steht. Dann kommt Dank Tobys medizinischem Know-How heraus, dass absichtlich mit einem Virus verseuchtes Spenderblut in Umlauf geraten ist – alle OPs werden abgesagt, auch Olivias lebensrettende Transplantation. Team Scorpion bleibt nicht viel Zeit, um den Täter zu finden und Olivia das für die OP notwendige Spenderblut zu besorgen.

Cabe stellt den Genies seinen neuen Trainee Tim Armstrong vor. Walter und Co. sind zunächst skeptisch, was den Mann angeht. Als Team Scorpion auf einer US-Militärbasis in Dschibouti ein Abhörsystem installieren soll, verhält sich Armstrong seltsam. Mit ein wenig Datenschnüffelei finden die Nerds die Wahrheit über ihn heraus. Schon bald müssen sie mit ihm zusammenarbeiten, denn Cabe ist in höchste Gefahr geraten, als er seinen Schützling bei einem Auftrag unterstützt hat.

John Pandova wendet sich mit einem ungewöhnlichen Anliegen an Team Scorpion: Bei Bauarbeiten in Vietnam sind Uniformreste einer verschwundenen US-Truppe gefunden worden. Die Genies sollen nun einen Bodenscanner so optimieren, dass binnen zwei Tagen aufgeklärt werden kann, ob dort noch sterbliche Überreste der Männer liegen. Falls ja, würden sie in die USA überführt. Vor Ort gestalten sich die Arbeiten schwierig, denn ein heftiger Tornado zieht auf.

Ralph versucht vor Gericht mit Hilfe seines schusseligen Anwalts Heywood Morris zu beweisen, dass sein Professor seinen Code geklaut hat. Zunächst sieht es schlecht aus, doch Ralph hat eine Idee, wie er den Richter von der Wahrheit überzeugen kann. Team Scorpion soll unterdessen auf Wunsch von Agent Cook in Fort Knox einbrechen, um eine wertvolles Zepter zu stehlen. Cook will damit beweisen, dass der neue Sicherheitsdienst nichts taugt. Doch in Wahrheit verfolgt er andere Ziele.

Team Scorpion wird nach Tschernobyl gerufen: Der Beton-Sarkophag des Reaktors ist brüchig und schützt das Corium im Inneren des Reaktors nicht mehr hinreichend. Sobald die Elemente auf das hochgradig radioaktive Material treffen, entstehen giftige Wolken, die sich in Regen entladen und so ganz Osteuropa verseuchen können. Die Genies sollen sich eine neue Dichtung einfallen lassen – doch vor Ort geht ein Rundflug über das Gelände schrecklich schief.

Mark Collins hat Toby entführt, um Walter zu erpressen: Er verlangt alle Erkenntnisse, die er über die Gehirn-zu-Gehirn-Schnittstelle gewonnen hat, um seinen eigenen genialen Verstand zu vervollständigen. Gibt Walter ihm nicht, was er will, stirbt Toby. Team Scorpion bleibt nicht viel Zeit, um den Freund zu retten, den Collins hat ein gutes Versteck ausgesucht und rund um Toby herum eine knifflige Falle aufgebaut, die ihn tötet, wenn sie versehentlich ausgelöst wird.

Das Team Scorpion wird von der US-Navy gerufen, als ein anonymer Hacker die Kontrolle über zwei Kampfjets und vier Kriegsschiffe übernimmt und damit droht, die größten amerikanischen Städte zu zerstören. Die Spur führt ins bulgarische Sofia zu einem kriminellen Spielhallenbetreiber namens Skunk.

Cabe, Sly und Tim sind nach Bulgarien gereist und bekommen von Skunk die Adresse der Hackerbande. Als Gegenleistung verlangt Skunk von Cabe, sich das Mathegenie Sly „auszuleihen“, um von einem Chinesen, der ihm das Unterweltleben schwer macht, jede Menge verlorenes Geld zurückzugewinnen. Happy, Toby, Paige und Walter versuchen derweil, den Hackern per Gegen-Hacks die gekaperten Zerstörer und das U-Boot wieder abzunehmen.

Richard Elia hat sich von seinen Ingenieuren Walters frei zur Verfügung gestellten Raketenantrieb in seine Rakete einbauen lassen. Als ein Fehler auftaucht, macht sich Walter sogleich an die Reparatur. Dummerweise nimmt er dabei den Funkknopf aus dem Ohr und hört die Warnung seines Teams bezüglich eines Unwetters nicht. Ein Blitzeinschlag führt schließlich dazu, dass die Rakete unkontrolliert startet – mit ihm an Bord.

Während eines Schulausflugs im Museum ist Ralphs Freund Daniel plötzlich wie vom Erdboden verschluckt. Daniel hat nonverbalen Autismus und kann sich nur über ein Tablet verständigen. Der Söldnerring „S6“ benutzt in ebendiesem Museum einen Mülleimer als Übergabeort eines – identisch aussehenden – Tablets zur Steuerung intelligenter Munition; durch eine Verspätung bei der Übergabe kommt es zur Verwechslung zwischen Daniels Tablet und dem des S6.

Walter und seine Leute sollen im Naturkundemuseum von Los Angeles eine auf unerklärliche Weise schnell verfallende Säule untersuchen und den Verfall stoppen. Um Walters digitales Tomografie-Gerät benutzen zu können, muss jedoch die Alarmanlage ausgeschaltet werden; somit wird die Aktion auf die Nacht verlegt und das Team bis zum Morgen eingeschlossen. Es dauert nicht lange, bis sich herausstellt, dass neben dem Team noch andere Menschen im Haus sind.

Auf Team Scorpion wartet vor Halloween ein neuer Auftrag: Walter und seine Leute sollen ein Höhlensystem infiltrieren, um eine Fledermauskolonie davon abzuhalten, das Ökosystem in den USA zu zerstören.

Das FBI hat einen neuen Auftrag für Team Scorpion: Es gilt den „Penter“-Server, auf dem während der Wahl sämtliche Stimmen eingehen und der aus unerklärlichen Gründen immer langsamer wird, zu reparieren. Walter darf allerdings wegen versuchten Erschleichens der Staatsbürgerschaft nicht mitarbeiten und wird von Agent Hart bewacht. Der Rest des Teams stellt fest, dass der Server wegen ausgehenden – nicht eingehenden – Daten überlastet ist. Was steckt dahinter?

Das Team wird von Walters Eltern Sean und Louise zum Pattern Day – dem irischen Patronatsfest – nach Irland eingeladen. Dort soll für Megan, Walters verstorbene Schwester, ein Grabstein eingeweiht werden. Kaum angekommen, entdeckt Walter, dass mit dem nahegelegenen See etwas nicht stimmt. Das Wasser blubbert und tote Fische schwimmen auf der Oberfläche. Er vermutet, dass eine baldige „Explosion“ des Sees bevorsteht.

Inkognito und mit einem gefakten Immobilienbegutachtungsauftrag will Veronica an ihre Tochter Paige herankommen. Während Paige versucht, Auftrag und Mutter abzuwimmeln, entdecken Walter und Happy in der vermeintlich zu begutachtenden, ehemaligen Produktionshalle eines Filmmaterial-Herstellers einen geheimen Atomreaktor. Der steht kurz davor, zu explodieren.

Walter versucht mit allen Mitteln, Paige zurückzugewinnen – würde das seinen Freunden gegenüber aber niemals zugeben. Viel Zeit zum Baggern bleibt nicht mehr, denn Team Scorpion muss eine Frau retten, die mit ihrem Auto in einer gefluteten Teergrube versunken ist und nun zu ersticken droht. Die Mission gestaltet sich kompliziert, denn die Teergrube hat einige Besonderheiten, die auch Team Scorpion das Leben kosten könnten.

Team Scorpion will auf einer Hütte gemütlich Weihnachten feiern, daher hat Paige Computer- und Internetverbot erteilt. Als Walter und Tim im Wald nach einem passenden Bäumchen suchen, ist es mit der Ruhe allerdings schnell vorbei: Sie beobachten, wie Gangster einen Mann sein Grab schaufeln lassen. Dem Mann gelingt die Flucht, und es stellt sich heraus, dass er ein ATF-Agent ist, dessen Undercover-Einsatz aufflog. Einsatz für Team Scorpion!

Paige ist ziemlich sauer auf Walter, da Tim im Grunde wegen ihm den Job in Nahost angenommen hat. Doch der nächste Auftrag zwingt sie, mit Walter zusammenzuarbeiten: Scorpion soll im Auftrag der Regierung eine Pumpstation mitten in der Wüste prüfen. Doch dann kommt es zu einem Zwischenfall, bei dem Cabe schwer verletzt wird. Ein Rettungsteam braucht zu lange – also muss Scorpion Cabes Leben retten.

Das Team soll einen einfachen Auftrag auf einem Weingut ausführen. Doch die Kundin Lucinda spielt nicht mit offenen Karten: Sie entführt Cabe, Walter, Sylvester, Paige und Veronica und zwingt sie, für den diktatorischen Staat Norteguay täuschend echtes Falschgeld herzustellen. Weigern sie sich, müssen sie sterben. Während der eine Teil des Teams fieberhaft versucht, sich zu befreien, müssen Toby und Happy einem weiteren Handlanger Lucindas entkommen.

Ein unterirdisches Wasserleitungssystem hat ein Leck, das die Techniker nicht finden können. Daher wird Team Scorpion hinzugezogen. Bei der Untersuchung des Rohrsystems entdeckt Happy unzählige Mikrolecks, durch die Wasser ins Erdreich sickert und es aufweicht. Das Ergebnis dessen folgt prompt: Die Erde gibt nach, ein riesiges Loch entsteht. Das Silo einer nahegelegenen Dünger-Fabrik droht hineinzufallen und das Grundwasser zu vergiften.

Walter hat ein lukratives Angebot zu Gunsten einer Schatzsuche auf dem Ozean ausgeschlagen. Team Scorpion sticht mit zwei Booten und der Schatzsucherin Joan in See. Doch auf dem Schiff von Walter und Paige gibt es Probleme: Kurz bevor es explodiert, springen die beiden von Bord. Nun treiben sie im Ozean – ohne Funk und ohne ein Notsignal abgesetzt zu haben. Jetzt kommt es auf den Einfallsreichtum von Team Scorpion an.

Team Scorpion soll die Spionin Natalya Abelev aus Sardovien herausholen. Das Problem ist nur, dass Natalya als amtierende Titelverteidigerin an der in Kürze anstehenden Schachweltmeisterschaft teilnimmt und vom Staat daher streng überwacht wird. Also müssen sich Sly und Walter für die WM qualifizieren, um an Natalya heranzukommen und sie über ihr Vorhaben zu informieren. Das ist allerdings nicht die einzige Hürde, die sich Team Scorpion in den Weg stellt.

Im weltgrößten Saatbunker in Grönland ist die Kühlung aufgrund eines Computerfehlers ausgefallen. Team Scorpion soll den Fehler beheben, um das Saatgut zu retten. An sich kein schwerer Auftrag – allerdings hat sich im Bunker in der Zwischenzeit halluzinogener Mutterkornpilz gebildet, dem Cabe, Happy und Sly ausgesetzt sind. Alle drei erleben ihren ganz persönlichen Horrortrip, und die Mission droht zu scheitern.

Happy hat im Chat die Mechanikerin Ada kennengelernt. Als sie nicht auf Happys letzte Nachricht antwortet, macht Happy sie ausfindig und stellt fest, dass Ada in höchster Gefahr schwebt: Ein Baum ist auf ihr Haus gestürzt und hat eine Stromleitung abgerissen, die Funken schlägt. Adas Rettung wird zusätzlich durch den Umstand erschwert, dass sie auf Grund einer Immuninsuffizienz in einem sterilen Plastikzelt leben muss.

Ein gefährliches Virus breitet sich im Amazonas aus. Zunächst waren davon nur Affen bedroht, doch der Krankheitserreger ist nach einer Mutation nun auch für Menschen tödlich. Das Team reist in den Regenwald, um ein Gegenmittel zu finden. Nach einigen Tests stellt sich heraus, dass der Schlüssel zur Heilung in einer Frucht liegt, die allerdings in schwindelerregender Höhe hängt – und in den Baumkronen lauern ungeahnte Gefahren, die die Ernte der Früchte beinahe unmöglich machen.

Das Team Scorpion hat einen Spezial-Auftrag: An einem Windrad soll eine neue Winde eingesetzt werden. Nach getaner Arbeit fahren Paige und Happy mit der Seilbahn in Richtung Tal. Doch plötzlich reißt das Stahlseil, und die beiden drohen, mit ihrer Gondel aus 50 Metern Höhe in die Tiefe zu stürzen. Das Seil reißt durch das Gewicht der Gondel immer weiter, sodass Happy und Paige gezwungen sind, auszusteigen und sich am Stahlseil festzuhalten. Aber ihre Kräfte schwinden schnell.

Die Mitglieder von Team Scorpion erhalten von der „Hetschnischen Republik“ einen besonders kniffligen Auftrag: Sie sollen eine außer Kontrolle geratene Weltraumkapsel sicher zur Erde geleiten. Diese enthält eine wertvolle Gesteinsprobe. Allerdings hat sich auch die DNA eines gefährlichen Krankheitserregers in dem Stein abgesetzt, was die Bergung des enthaltenen kostbaren Palladium-Erzes beinahe unmöglich macht. Das will der Auftraggeber aber auf keinen Fall akzeptieren.

Das Team Scorpion soll in einem Biodome, das die auf dem Mars herrschenden Lebensbedingungen simuliert, wieder für Strom sorgen. Walter, Toby und Happy machen sich auf den Weg in die Wüste, um die nötigen Reparaturen vorzunehmen. Doch das gestaltet sich äußerst schwierig, denn die Anlage ist derart veraltet und defekt, dass schließlich sogar der Reaktor explodiert. Vor Ort steigen plötzlich die Temperaturen lebensgefährlich – und die Sicherheitstür kann nicht geöffnet werden.

Am Tag von Happys (Jadyn Wong) und Tobys (Eddie Kaye Thomas) Hochzeit wird das Scorpion-Team nach Wyoming gerufen, wo ein Blitzschlag eine unterirdische Kohlenmine entzündet hat. Das Feuer muss gelöscht werden, bevor ein Telekommunikationskabel zerstört wird, und das Team will pünktlich zur Zeremonie zurück in Kalifornien sein. Als Komplikationen auftreten, muss Paige (Katherine McPhee) eine improvisierte Feier auf die Beine stellen. Außerdem bekommt Cabe (Robert Patrick) einen Anruf, der das Team nach Tahiti beordert.

eam Scorpion ist auf dem Weg nach Tahiti, um dort einen Auftrag zu erledigen. Doch das Flugzeug wird durch einen elektromagnetischen Impuls massiv beschädigt, und die Genies müssen noch in der Luft einen Weg finden, sicher zu landen. Schließlicht kann Pilot Scotty den Flieger auf einer einsamen Insel mitten im Pazifik runterbringen, doch die Probleme fangen nun erst richtig an: Scotty ist schwer verletzt.

Team Scorpion sitzt immer noch auf der einsamen Südsee-Insel fest und sucht fieberhaft nach einer Fluchtmöglichkeit – allerdings nicht zusammen, sondern jeder für sich. Zwischen Toby und Walter ist ein regelrechter Konkurrenzkampf entbrannt, Sly hat mit der Welt abgeschlossen und sich in den Bunker verkrümelt. Ausgerechnet Ralph schafft es, eine Lösung für eine Rettungsmission zu entwickeln. Dabei geht aber nicht alles glatt.

Toby und Happy wollen gerade in die Flitterwochen aufbrechen, doch ein dringender Einsatz in Norwegen hat Vorrang. Team Scorpion wird von Gefängnisinsasse Mark Collins über eine nahende Naturkatastrophe durch austretendes Methangas informiert. Die Crew macht sich sofort auf den Weg, um die Lage unter Kontrolle zu bringen. Der Häftling soll ihnen dabei mit Rat und Tat zur Seite stehen, was sich jedoch als äußerst schwierig erweist. Aber Collins ist nicht ihr einziges Problem.

Noch immer überlegt Team Scorpion fieberhaft, wie sie in der Arktis die Löcher in der Eisdecke schließen und so eine weitere Ausbreitung eines giftigen Gases verhindern können. Walter entwickelt einen Plan, der jedoch drastische Mittel erfordert. Mit Hilfe eines russischen Helikopters und selbst hergestelltem Silberjodid soll es letztendlich gelingen, die Katastrophe rechtzeitig abzuwenden. Doch dafür müssen erst einmal die nötigen Zutaten beschafft werden.

Team Scorpion muss eine horrende Summe für Cabes Kaution aufwenden. Um wieder Geld in die Kasse zu spülen, organisiert Paige kurzerhand einen neuen Fall: Im Auftrag der „Wildlife Animal Guardians“ reist die Crew nach Bozatta, wo sie auf eine gefährliche Gruppe Wilderer trifft. Während Walter, Paige, Happy und Toby ein neugeborenes Rehkitz vor den Verbrechern in Sicherheit bringen, kümmern sich Adissa und Sly um das verletzte Muttertier. Doch dabei geraten sie in einen Hinterhalt.

Team Scorpion sucht händeringend nach einem geeigneten Anwalt für Cabe – jedoch ohne Erfolg. Allerdings hat Sylvester bereits eine rettende Idee. Paige will mehr Zeit mit Walter allein verbringen und bittet Happy daher höflich, ihnen ihre Privatsphäre zu gewähren. Als das Team für die Air Force eine Atomwaffe sicherstellen soll, geraten die beiden Frauen erneut aneinander. Happy unterläuft daraufhin ein schwerwiegender Fehler, der das gesamte Team in Gefahr bringt.

eam Scorpion ist Teil eines Technologie-Kongresses, bei dem die neuesten Technik-Highlights präsentiert werden. Doch plötzlich fallen Schüsse und vier maskierte Männer nehmen alle Anwesenden, darunter auch Walter und Paige, als Geiseln. Die Gangster planen einen Banküberfall mithilfe der neuen Software von Richard Elia. Doch die Sache hat einen entscheidenden Haken: Elia ist im Verzug bei der Entwicklung, und bisher existiert weder die Software noch die Bank.

Team Scorpion ist noch immer in Geldnot und daher froh über jeden neuen Auftrag. Diesmal bekommen sie es mit Dave Blakely zu tun, der die Existenz eines Geistes an Bord der Queen Mary I nachweisen will. Auf dem Schiff produziert er gerade eine Episode der TV-Serie „Geisterfänger“. Besonders Walter steht der Sache äußerst skeptisch gegenüber. Dennoch macht er mit den anderen Jagd auf die vermeintlichen Gespenster. Dabei stößt das Team jedoch auf ein viel größeres Problem.

Der britische Geheimdienst bittet Team Scorpion in einer dringenden Angelegenheit um Hilfe: Ein Hacker hat die Steuerung eines Satelliten übernommen, der mit Laserwaffen ausgestattet ist. Mithilfe eines entschlüsselten Codes kann das Team den Täter zwar schnell fassen, doch es gelingt ihm, den Laser per Fernsteuerung zu aktivieren und diese anschließend in der Kanalisation zu versenken. Es bleibt nur noch wenig Zeit, um die automatische Abschussvorrichtung auszuschalten.

Team Scorpion besucht ein Renaissance-Festival, um Sylvester einen unvergesslichen Geburtstag zu bereiten. Das Event findet in unmittelbarer Nähe eines Beweismittellagers der Polizei statt. Eine Motorradgang will ein Beweisstück aus diesem Lager stehlen und verletzt dabei einen Wachmann schwer. Als die Gangster nicht fündig werden, weiten sie ihre Suche aus und stürmen das Festivalgelände. Team Scorpion muss schnell handeln, um die Biker außer Gefecht zu setzen.

Team Scorpion hat vor Kurzem ein Mittel gegen das Müllproblem im Pazifik entwickelt. Hier treibt eine große Menge Plastik mit gefährlichen Chemikalien geradewegs auf die Westküste zu. Mithilfe eines neuen Bindemittels verschmelzen die Plastikteilchen zu einer Masse, die anschließend von Wachswürmern entgiftet werden soll. Doch der Plan geht nicht auf. Gemeinsam mit Nachbarin Florence machen sich Walter und sein Team auf, um das Problem ein für alle Mal aus der Welt zu schaffen.

Nach einer Steinlawine benötigt ein Such- und Rettungsteam in New Mexico Unterstützung bei den Aufräumarbeiten. Mit Happys neu entwickelter Winde soll Team Scorpion die Zugangsstraße zum Tal von den Felsbrocken befreien, als sie Zeuge eines Flugzeugabsturzes werden. Während Happy und Toby erste Hilfe leisten, machen sich Paige und Walter auf die Suche nach einem weiteren Unfallopfer. Doch an der Absturzstelle erwartet sie eine böse Überraschung.

Cabes Prozess steht bevor, und Team Scorpion legt sich mächtig ins Zeug, um das Urteil des Richters positiv zu beeinflussen. Weil die Verhandlung unter Ausschluss der Öffentlichkeit stattfindet, sucht Happy nach einem Weg, dem Geschehen vor Gericht dennoch folgen zu können. Dafür will sie neben der Überwachungskamera im Saal auch das Funkgerät des Gerichtsdieners hacken. Doch dann hören sie stattdessen den Polizeifunk ab und erfahren von einem Hund in Not.

Heiligabend steht vor der Tür, und das gesamte Team freut sich auf ein festliches Weihnachtsessen mit seinen Lieben – bis auf Walter: Um nach Cabes Prozess wieder Geld in die Team-Kasse zu spülen, will er unbedingt noch einen speziellen Auftrag erfüllen und bleibt dafür allein in der Werkstatt zurück. Als Walter unglücklich die Treppe hinunterstürzt und das Bewusstsein verliert, droht er zu verbluten. Dabei spielt sich vor seinem inneren Auge eine verrückte Geschichte ab.

Für den Fall eines Weltuntergangs hat die Firma SafeCorp einen Bunker gebaut. Der Zutritt erfolgt über eine spezielle Computersoftware, die von Team Scorpion getestet werden soll. Der Bunker selbst wird von einem Sicherheitssystem mit künstlicher Intelligenz gesteuert. Toby ist deprimiert, weil Florence die Truppe als Chemieexpertin begleiten soll, während er nicht mitkommen darf. Trotzdem schleicht er sich unerlaubt in den Luftschutzraum und gefährdet damit das gesamte Team.

Als ein gigantischer Sonnensturm für einen Black Out in der Metropolregion Los Angeles sorgt, bricht Chaos aus. Die gesammelte Expertise des Scorpion-Teams ist gefragt. So müssen sie etwa einem unerfahrenen Piloten, der mit seiner Freundin über dem Pazifik eine Runde drehte, bei der Rückkehr und Landung helfen. Derweil wartet auf Cabe im Privaten eine Herausforderung der besonderen Art.

Team Scorpion steht vor einer Naturkatastrophe ungeahnten Ausmaßes, die es zu verhindern gilt. Durch ein Erdbeben sind bei einem Kernkraftwerk einige kleine Risse entstanden, die sie reparieren müssen. Ein weiterer Erdstoß macht ihnen allerdings einen Strich durch die Rechnung – und damit nicht genug: Das zweite Erdbeben löst einen Tsunami aus. Doch wie soll das Team eine riesige Flutwelle aufhalten? Toby hilft unterdessen Amy, deren Identität gestohlen wurde.

Am Valentinstag sollten die Verliebten ihre Zweisamkeit genießen. Das gestaltet sich bei Walter und Paige jedoch schwierig, weil Paige mit einer Grippe im Bett liegt. Doch viel Zeit für die Liebe bleibt Team Scorpion sowieso nicht, weil sie ausrücken müssen, um einer Ärztin zu helfen. Diese ist mit dem Helikopter durch heftige Winde in ein Gebäude geflogen. Nun sitzen sie und ihr Pilot in der Maschine fest und können nicht zu ihrem in Lebensgefahr schwebenden Patienten gelangen.

Team Scorpion muss für seinen aktuellen Auftrag drei Kilometer ins Erdinnere reisen. Damit weitere Fördergelder freigegeben werden können, sollen Sylvester, Happy, Toby und Walter die aufgezeichneten Forschungsergebnisse des unterirdischen Labors überprüfen. Die Sache hat allerdings einen Haken: Die Bedingungen vor Ort haben extreme Auswirkungen auf die mentale Leistung der Crew. Das Team muss nach vier Stunden unter der Erde also erhebliche Einbußen ihrer Genialität hinnehmen.

Toby und Happy wünschen sich sehnlichst ein gemeinsames Baby und sind bereit, eine künstliche Befruchtung durchführen zu lassen. Dafür muss Toby lediglich seine Spermaprobe in die Befruchtungsklinik bringen. Das ist allerdings leichter gesagt als getan, denn auf dem Weg dorthin gerät er zufällig mit Walter in einen Banküberfall. Cabe will seine beiden Kollegen und die anderen Geiseln befreien, denn die Zeit drängt, wenn die Probe noch rechtzeitig in der Klinik ankommen soll.

Für die nächste Mission reist Team Scorpion nach New Orleans: In einem Sumpfareal vor Ort müssen sie Krankheiten übertragende Moskitos beseitigen. Doch dabei geht einiges schief, und so sehen sie sich bald mit einem Alligator konfrontiert, der das Gegenmittel für die Mückenplage verschluckt hat und anschließend auf Tauchstation geht. Bevor sie also die Moskitos vernichten können, müssen Toby & Co. erst einmal das Reptil einfangen.

Team Scorpion soll zum ersten Mal bei einem Firmen-Softballspiel antreten. Sie ersetzen das Team der CIA, das nicht antreten kann. Allerdings beeinflusst der Ausgang des Spiels die komplette Zukunft der Einheit: Denn wenn sie gewinnen, erhalten sie die doppelte Bezahlung für ihre Aufträge. Sollten sie aber verlieren, entzieht ihnen Homeland die Sicherheitsfreigabe und stürzt das Team so in den Ruin. Zu allem Übel werden Cabe und Walter in der Asservatenkammer eingeschlossen.

Walter hat ein schlechtes Gewissen, weil er Paige verschwiegen hat, dass er mit Flo zu einem Vortrag gegangen ist. Sylvester, Cabe, Paige und Ralph bemerken auf dem Rückflug von Hawaii nach L.A. einen weiblichen Marshall an Bord. Die Frau registriert Funksignale aus dem Frachtwerkschacht und kann eine Bombe als möglichen Auslöser dafür nicht ausschließen. Ralph hat derweil andere Sorgen: Patty scheint nicht an ihm interessiert zu sein.

Team Scorpion begibt sich auf die lange Reise nach Afrika, um Sylvesters Freund zu helfen. Der wohnt in einem kleinen Dorf, dessen Anführer schwer krank ist. Er ist auf ein Benzin betriebenes Beatmungsgerät angewiesen. Der Benzinvorrat ist allerding beinahe erschöpft und Nachschub kann nur über einen gefährlichen Weg durch ein Minenfeld beschafft werden. Das Team braucht also nicht nur ein Minensuchgerät, sondern auch einen Panzer, um wieder lebend im Dorf anzukommen.