Gordon ist nach Galavans Tod nach Gotham zurückgekehrt und bekommt seinen Job wieder; der wahnsinnige Penguin wird derweil nach Arkham gebracht. Dort praktiziert auch ein gewisser Victor Fries. Der Wissenschaftler plant, seine todkranke Frau einzufrieren und ein Heilmittel zu finden, um sie dann zu reanimieren. Um die richtige Formel für das Einfrieren und Auftauen zu erforschen, entführt er Menschen und unterzieht diese Experimenten im Keller seines Hauses.

Die Jagd auf Victor Fries ist in vollem Gange. Der Plan, seine Frau als Köder zu verwenden, um ihn so nach Arkham zu locken, funktioniert. Allerdings ist Dr. Strange sehr interessiert an Fries’ Formel und verhilft ihm wenig später wieder zur Flucht. Alfred hat derweil den echten Namen des Mörders von Bruces Eltern herausgefunden. Bruce bittet daraufhin Selina, ihm eine Pistole zu besorgen.

Bruce und Alfred machen sich auf die Suche Matches Malone, der Bruce’ Eltern getötet hat. Als sich Alfred verletzt und ins Krankenhaus muss, ist Bruce auf sich allein gestellt. Schließlich findet er Malone; er entscheidet sich jedoch dagegen, ihn zu erschießen, da der Mann nur einen Auftrag ausgeführt hat. Bruce will den Auftraggeber zur Rede stellen. Derweil wird Penguins Behandlung nach einigen Tests durch Doktor Strange als beendet erklärt. 

Bruce lebt mittlerweile mit Selina auf der Straße. Um Gordon aus seiner misslichen Lage heraushelfen zu können, muss er jedoch wieder nach Hause, wo er eine schwerwiegende Entscheidung treffen muss. Gordon ist weiterhin auf der Jagd nach der Person, die ihm den Mord an Pinkney angehängt hat. Er bittet Nygma um Hilfe …

Auf dem Computer seines Vaters Thomas stößt Bruce auf Hinweise, die ihn zu Karen Jennings und nach Pinewood führen. Karen war das erste Versuchsobjekt von Dr. Strange, das aber gerettet wurde. Gordon geht derweil weiterhin seinen eigenen Ermittlungen nach und erhält Unterstützung von der gerade aus Arkham entlassenen Barbara.

Galavan kann sich nicht mehr an seine Vergangenheit erinnern. Dr. Strange verleiht ihm daraufhin eine neue Persönlichkeit: „Azrael“, eine mythische Figur aus den heiligen Schriften von Galavans Familie. Dr. Strange beauftragt ihn, Gordon zu töten. Als Azrael in das Polizeirevier eindringt, kommt es zu einem Kampf zwischen Captain Barnes und Azrael. Dabei wird Barnes schwer verletzt …

Bullock und Gordon sind weiterhin auf der Suche nach Azrael. Die Spur führt zu Dr. Strange, doch der hat bereits alle möglichen Beweise gegen ihn vernichtet. Als Gordon und Bullock Tabitha um Hilfe bitten, führt sie die beiden in die Gruft der Dumas, in der ein legendäres Schwert liegt. Plötzlich taucht Azrael auf, der sich mithilfe von Tabitha an Teile seiner Vergangenheit erinnert und damit auch an seinen ursprünglichen Plan, Bruce Wayne zu töten …

Nachdem Barnes schwer verletzt wurde, wird Bullock zum Captain ernannt. Gordon, Bruce und Lucius überlegen sich, wie sie Selina aus Arkham befreien sollen. Ihr Plan geht allerdings schief und sie werden gefangen genommen. Dr. Strange erweckt indes mehrere Tote wieder zum Leben; allerdings fehlt allen jegliche Erinnerung an ihr früheres Leben. Lediglich Fish Mooney weiß, wer sie ist …

Gordon, Lucius und Bruce sind immer noch in Dr. Stranges Gefangenschaft. Der Rat, dessen Befehle Strange ausüben soll, besteht auf die Schließung von Arkham und die Tötung der Gefangenen. Als die Polizei vor den Toren Arkhams steht, wird sie jedoch durch einen Doppelgänger Gordons aufgehalten. Die Evakuierung der Gefangenen verläuft wie geplant – bis Fish Mooney ihre neuen Kräfte einsetzt. Wird Gotham der neuen Bedrohung standhalten?

Um Antworten über den geheimnisvollen Alterungsprozess zu erhalten, muss Fish Mooney Hugo Strange ausfindig machen. Gordon und die Journalistin Valerie Vale sind ihnen auf der Spur. Unterdessen taucht die verschwundene Ivy Pepper wieder auf – durch das Serum hat sie sich binnen weniger Stunden vom kleinen Mädchen zur jungen Dame entwickelt.

Oswald Cobblepot kritisiert die Arbeit des GCPD und kündigt an, bei der anstehenden Bürgermeisterwahl als Kandidat anzutreten. Die Unterstützung der Bürger fällt erstaunlich hoch aus …

Bruce wird gezwungen, seine Recherchen über den Rat der Eulen unverzüglich einzustellen. Außerdem macht er Bekanntschaft mit seinem Doppelgänger – ohne zu wissen, dass dieser aus Indian Hill geflohen ist …

Als neues Mitglied des Rates muss Gordon seine Loyalität unter Beweis stellen: Kathryn beauftragt ihn daher damit, die Aufsicht über einen ersten Test der Bombe zu übernehmen, mit der Gotham zerstört werden soll. Um keine Unbeteiligten in Gefahr zu bringen, wendet er sich an Pinguin, der wiederum auch großes Interesse daran hat, Kontakt zum Rat aufzubauen, um sich an Nygma zu rächen. Ivy setzt unterdessen alles in Bewegung, um die sterbende Selina zu retten …

Der Schamane hat einen abscheulichen Plan: Bruce soll den Rat auslöschen. Nach der Ermordung der Mitglieder soll er außerdem die Virusbombe zünden. Währenddessen sucht Gordon Leslie auf. Sie hat sich bereits das Virus injiziert und will nun auch ihn dazu zwingen. Zu diesem Zweck stellt sie ihm zwei Optionen zur Wahl: die Infektion mit dem Virus oder den Tod. Derweil befindet sich Pinguin auf der Flucht vor Nygma und Barbara – nachdem er von Mr. Freeze und Bridgit verraten wurde.

Gotham steht kurz vor dem Kollaps: Verbrechen und Gewalt regieren die Stadt. Gordon und Bullock machen sich auf die Suche nach Strange, um das Gegenmittel von ihm zu bekommen. Aber auch Fish Mooney ist hinter Strange her. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt. Denn Gordon, der sich das Virus injiziert hat, gerät mehr und mehr außer Kontrolle. Das hat zur Folge, dass er aus Versehen Fish tötet und dabei die Ampullen, die das Gegenmittel enthalten, zerstört werden.

Selina wird schwer verletzt in Begleitung von Bruce ins Krankenhaus gebracht. Derweil hält die Polizei Jeremiah gefangen, der ein Gespräch mit Bruce fordert. Anderenfalls droht er mit weiteren Bombenexplosionen in der ganzen Stadt. Indes unterstützen Tabitha und Oswald Butch dabei, sich wieder in einen Menschen zu verwandeln. Ed ist dagegen eifersüchtig auf Gordon und entführt ihn, um ihn als vermeintlichen Konkurrenten um Lees Herz loszuwerden.

Gordons Ruf nach Unterstützung wird endlich erhört, denn ein Delta-Forces-Team taucht auf und bietet, unter der Leitung von Gordons Bekanntem Eduardo, seine Hilfe an. Als sich herausstellt, dass Nygma der Käufer des Raketenwerfers ist, macht die Crew Jagd auf ihn. Zeitgleich arbeitet Nygma daran, sich endlich erinnern zu können. Er hat Gedächtnislücken – trotzdem kann er nicht glauben, dass er für den Sprengstoffanschlag verantwortlich sein soll.

Endlich scheint Gotham gerettet, denn die Zusammenführung mit dem Festland steht kurz bevor. Dann kommt allerdings alles anders: Walker hat Eduardo zu Dr. Strange gebracht, der ihn zwar am Leben hält, ihn dafür aber für immer in Bane verwandelt. Als er wieder auf den Beinen ist, bringt Bane Bruce und Gordon in seine Gewalt.