Ein Stoßtrupp der Jem’Hadar überfällt Deep Space Nine. Captain Sisko nimmt die Verfolgung auf. Unterwegs trifft er auf ein weiteres Jem’Hadar-Schiff, das die Täter verfolgt. Dessen Commander, der Vorta Weyoun, schlägt Sisko ein Büdnis vor.

Legat Ghemor besucht Major Kira. Der Cardassianer ist sterbenskrank und hat nur noch wenige Tage zu leben. Gul Dukat erfährt, dass Ghemor auf der Station ist und verlangt seine Auslieferung. Als Ghemor sich weigert, übergibt Gul Dukat dessen Militärakte an Kira.

Bajor verhandelt mit dem Dominion über einen Nichtangriffspakt. Captain Sisko macht sich deshalb Sorgen. Um seinem Vater eine Freude zu machen, will Jake Sisko dem Forscher Dr. Giger eine alte Baseballkarte abkaufen. Kurze Zeit später verschwindet der Mann spurlos.

Immer mehr Schiffe des Dominion kommen durch das Wurmloch. Captain Sisko ist zum Handeln gezwungen. Er lässt die Passage durch ein Minenfeld sichern. Das Dominion greift die Station an.

Deep Space Nine befindet sich in der Hand des Dominion. Captain Sisko erhält unterdessen von Admiral Ross einen Geheimauftrag. Er soll einen Asteroiden zerstören, auf dem das für die Jem’Hadar lebenswichtige Tetracel-White gelagert wird.

Admiral Ross erteilt Captain Sisko den Auftrag, eine Sensor-Phalanx des Dominion zu zerstören. Sisko entwickelt einen waghalsigen Plan. Kurz vor dem Abflug ernennt der Admiral Sisko zu seinem Adjutanten. Dax erhält den Befehl über die Defiant.

Captain Sisko will Deep Space Nine zurückerobern. Nach langem Zögern stimmt das Sternenflottenkommando zu. Für Sisko ist höchste Eile geboten: Das Dominion hat einen Weg gefunden, das Minenfeld der Föderation zu zerstören.

Sisko ist mit der Föderationsflotte auf dem Weg nach Deep Space Nine. Kira und Quark planen unterdessen die Sabotage des Hauptcomputers, damit Dukat das Minenfeld nicht sprengen kann.

Dr. Bashir erhält den Auftrag, mit vier Menschen zusammenzuarbeiten, die wie er selbst genetisch verändert wurden. Die vier haben ihr bisheriges Leben in einer Klinik verbracht. Bashir soll sie auf ein normales Leben vorbereiten.

Sisko begleitet Dukat auf der Honshu zu dessen Prozess. Als das Schiff angegriffen wird, retten sich die beiden in einem Shuttle auf einen einsamen Planeten. Während sie auf Hilfe warten, versucht Dukat Sisko von seiner Unschuld zu überzeugen.

Sloan, ein Offizier für innere Angelegenheiten der Sternenflotte, kommt nach Deep Space Nine. Er vermutet einen Spion unter den Führungsoffizieren. Schon nach kurzer Zeit verdächtigt er Dr. Bashir. Da greift das Dominion ein und entführt Bashir.

Captain Sisko versucht die Romulaner als Verbündete gegen das Dominion zu gewinnen. Doch Romolus schließt mit dem Dominion einen Nichtangriffspakt. Zusammen mit Garak heckt Sisko einen Plan aus, um Romolus doch noch auf die Seite der Föderation zu ziehen.

Die Sternenflotte ist überzeugt, dass ein Verteidigungskrieg gegen das Dominion keinen Sinn hat. Sisko bekommt deshalb den Auftrag, mit den Klingonen und Romulanern anzugreifen. Die Propheten fordern Sisko jedoch auf, die Station nicht zu verlassen.

Captain Sisko reist zu seinem Vater auf die Erde. Dort hat er eine rätselhafte Vision. Sisko glaubt, dass ihn die Vision zu einem der bajoranischen Drehkörper führt. Gemeinsam mit seinem Vater, Jake und Ezri Dax macht er sich auf den Weg.

Captain Sisko ist auf der Suche nach dem Drehkörper des Abgesandten. Gemeinsam mit seinem Vater, Jake und Ezri Dax fliegt er deshalb zum Planeten Tyree. Kira gerät unterdessen in eine Auseinandersetzung mit den Romulanern.

Odo fliegt zu einem Treffen mit seinem Informanten Gul Russol. Als er beim Treffpunkt ankommt, findet er den Vorta Weyoun 6 vor. Dieser behauptet, ein Überläufer zu sein. Er offenbart Odo ein schreckliches Geheimnis.

Worf wird nach einer Schlacht mit dem Dominion vermisst. Sisko muss die Suche nach ihm abbrechen. Aber Ezri lässt sich nicht davon abbringen ihn zu suchen. Die Gründer suchen währenddessen verzweifelt nach einem Heilmittel für ihre Krankheit.

Kasidy hat eingewilligt, Sisko zu heiraten. Aber die Propheten sind gegen die Hochzeit. Kai Winn hat eine Vision, dass die Propheten den neuen Führer Bajors zu ihr bringen werden: Es ist Gul Dukat. Worf und Ezri werden noch immer von den Breen gefangengehalten.

Ezri und Worf lehnen es unter Lebensgefahr ab, mit Weyoun zusammenzuarbeiten. Als von Deep Space Nine aus ein Angriff auf Septimus Drei erfolgt, bezieht Damar Position und stellt sich gegen das Dominion.

Ezri und Worf kommen dank Damars Hilfe mit dem Leben davon. Auch Sisko und seine Crew können sich bei einem Angriff auf das Dominion gerade noch aus der zerstörten Defiant retten. Kai Winn hingegen ist jetzt völlig in Dukats Hand.

Noch immer versuchen die neuen Verbündeten Kira und Damar, in den Besitz der Geheimwaffe der Breen zu kommen. Worf gebietet währenddessen dem wahnsinnigen Treiben Gowrons Einhalt. Odos Zustand lässt das Schlimmste befürchten.

Kira, Damar und Garak gelingt es freizukommen. Die Cardassianer schlagen sich schließlich auf die Seite der Föderation. Unterdessen will Kai Winn die Pah-Geister aus den Feuerhöhlen befreien.

Odo verbindet sich mit der Gründerin und bringt sie so dazu, den Krieg gegen die Föderation zu beenden. Unterdessen befreien Dukat und Kai Win die Pah-Geister. Captain Sisko muss seine Aufgabe als Abgesandter erfüllen und die Pah-Geister vernichten.