Alice erzählt von ihrem Leben in einer fabelhaften Welt und wird in ein Irrenhaus gebracht, wo ihre Erinnerungen gelöscht werden sollen. Doch dann rettet sie der Herzbube und bringt sie ins Wunderland zurück, wo ihre Liebe auf sie wartet…

Alice und der Herzbube suchen nach der Flasche des Flaschengeistes Cyrus. Währenddessen sind auch die Rote Königin und Jafar auf der Suche nach der Flasche. In Rückblenden erfahren wir, wie Cyrus und Alice sich ineinander verliebt haben.

Alice und Knave suchen den Dieb, der Cyrus’ Flasche gestohlen hat. Dazu benötigen sie das Vergissmeinnicht – ein Seil, das in die Vergangenheit blicken kann. Will Scarlet überzeugt Robin Hood und dessen fröhliche Gefährten, Maleficent zu bestehlen…

Die Rote Königin nimmt den Herzbuben gefangen und erhält Befehl von Jafar, ihn zu töten. Alice schafft es mit Hilfe der Echse, den Herzbuben vor dem Henker zu bewahren. Doch dann wittert Jafar den dritten Flaschengeist in seiner Nähe…

Anastasia stiehlt die Kronjuwelen und erhält das Angebot, den König heiraten, um ihrer Strafe zu entgehen. Unterdessen soll Alice der Red Queen im jetzigen Wunderland magischen Staub besorgen – im Tausch gegen Informationen über Cyrus.

Der Herzbube erwacht aus seiner Steinstarre und befreit Alice aus der Irrenanstalt. Unterdessen gelingt Cyrus die Flucht aus dem Kerker im Schloss der Roten Königin. In Rückblenden kommt Alice in ihr altes Leben zurück.

Alice entdeckt, dass ihr Vater gerade im Wunderland weilt, und die beiden arbeiten an ihrer brüchigen Beziehung. Daraufhin muss Alice eine schwere Entscheidung treffen. In einer Rückblende erfahren wir mehr über Jafars Vergangenheit.

Alice macht sich auf die Suche nach dem weißen Kaninchen. Indessen spitzt sich der Konflikt zwischen Jafar und der Roten Königin zu. Deren Konfrontation bringt die Bewohner des Wunderlands in große Gefahr und führt zu einer drastischen Wendung.

Die Echse aus der Flasche befreit den Herzbuben und darf sich drei Wünsche erfüllen. Unterdessen hat Jafar den Palast übernommen und erfährt von einer gefährlichen Kreatur, die seit Jahrhunderten im Kerker gehalten wird: dem Jabberwocky.

Cyrus, Alice, Anastasia und Will gehen wieder getrennte Wege. Will und Anastasia geraten in die Fänge des schrecklichen Jabberwocky. Alices und Cyrus’ Beziehung leidet unter den Fehlern, die er in der Vergangenheit gemacht hat.

Jafar findet heraus, dass dem Herzbuben sein Herz entrissen wurde. Alice und Cyrus machen sich auf die Suche nach dem Herz, um ihn zu retten. In Rückblenden erfahren wir, wie die Rote Königin noch vor der Hochzeit mit dem König zu Will stand.

In einer Rückblende geht der Herzbube eine Verpflichtung ein, um sein Herz zurückzubekommen; nun bestiehlt er Alice, um Anastasia zu retten. Der Jabberwocky versucht unterdessen, sich aus Jafars Kontrolle zu befreien.

Jafar befiehlt einer Armee von toten Soldaten, Alice, Amara und Cyrus zu suchen. Alice und das Kaninchen stellen ihre eigene Armee auf, um gegen Jafars Vorherrschaft zu kämpfen. Am Wunderbrunnen kommt es zur finalen Konfrontation.