Sarah, eine clevere Überlebenskünstlerin, die einem Leben voller falscher Entscheidungen davon läuft, wird Zeugin eines Selbstmords. Die Fremde, die sich das Leben nimmt, sieht genau so aus, wie Sarah selbst. So übernimmt Sarah die Identität der Toten um deren Bankkonto leer zu räumen und dadurch alle Probleme hinter sich zu lassen. Doch statt dessen findet sich Sarah plötzlich inmitten einer lebensbedrohenden Verschwörung wieder. Sie muss sich beeilen, um die richtigen Antworten zu finden.

Mit einem Leichnam im Auto und keinem Zufluchtsort in Sicht, muss Sarah ihren Betrug in den Reihen der Polizei fortsetzen. Weil sich jedoch ein Mörder an ihre Fersen geheftet hat, liegt Sarah's einzige Chance, an Antworten zu kommen, darin, sich mit einer weiteren Doppelgängerin namens Alison auseinander zu setzen.

Als Sarah feststellt, dass es sich bei ihr und den anderen „Orphans“ um Klone handelt, möchte sie am liebsten mit dem Geld die Stadt verlassen. Ihre Karriere als falsche Polizistin gerät in Gefahr, als ihre echten Kollegen die Leiche finden, die Sarah vergraben hat und fortan Beth mit dem Fall betraut wird. Als Sarah dem Mörder zu nahe kommt, wird aus der Jägerin die Gejagte.

Sarah's letzte Gelegenheit, ihren Erzfeind vom Wahnsinn zu befreien, entgleitet ihr, als Art einschreitet, um selbst an ein paar Antworten zu kommen. In der Zwischenzeit müssen die Orphans darüber entscheiden, ob sie mit ihren Schöpfern Frieden schließen wollen. Dann wird Sarah zu einer tödlichen Konfrontation mit ihrem Feind gezwungen.

Die Lage scheint für Sarah aussichtslos, denn sie wird weiterhin erbarmungslos von ihren Gegnern gejagt. Verzweifelt versucht sie ihre Tochter Kira ausfindig zu machen, die wohl von Rachel entführt wurde. Sarah schwört Rache und begibt sich auf einen Kriegspfad gegen Rachel. Allison weilt derweil mit Donnie bei der Beerdigung von Aynsley, woraufhin sie mehr und mehr Schuldgefühle bekommt. Cosima muss unterdessen eine komplizierte Entscheidung treffen, welche schwerwiegende Konsequenzen nach sich ziehen könnte.

Sarah bittet Art um Hilfe auf der Suche nach ihrer Tochter Kira und ist dann zutiefst entsetzt, wohin die Spur die beiden führt. Während Alison immer noch Aynsleys Tod schwer zu schaffen macht, muss sich Cosima mit den immer heftiger werdenden Symptomen ihrer mysteriösen Krankheit herumplagen.

Rachels jüngster Plan zwingt Sarah zur Aufgabe, während sich der Klonclub zusammenschließt, um sie zu retten.

Mit Ferdinand schickt Topside eine einflussreiche Person, um die jüngsten Ereignisse bei Dyad zu untersuchen. Dieser droht, zusammen mit „Rachel“ (Sarah) ein Protokoll einzusetzen, welches die Auslöschung aller weiblichen Klone in die Wege leitet. Derweil sind auch die männlichen Castor-Klone nicht untätig: Einer von ihnen stattet Siobhan einen unangenehmen Besuch ab, um Informationen über Duncan und dessen Arbeit zu erhalten.

Rachel handelt ihre Freiheit aus, indem sie das Moreau-Buch von Duncan entziffert.

Kendall könnte ein entscheidender Faktor sein, um Castor aufzuhalten. Die Schwestern stehen indes kurz davor, ihren schlimmsten Feind zu besiegen.

Nach zwei Monaten Bedenkzeit wird Sarah's Rückzugsort auf Island durch einen Neolution-Angriff zerstört. Erneut muss sie sich auf die Flucht begeben, jedoch muss sie erkennen, dass so weit sie auch mit ihrer Familie wegrennt, immer verfolgt werden wird.

Sarah fällt in alte Verhaltensmuster zurück, während sie mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen ringt. In einer dunklen Nacht der Seele tritt sie außerdem wieder mit Beth in Verbindung. Im Labor wird Cosima derweil von traumatischen Erinnerungen und Nachrichten von Delphine heimgesucht, die einen letzten Versuch macht, ein Heilmittel zu finden.

Als die Kommunikation mit Cosima unterbrochen wird und sich Neolution offensichtlich ganz in der Nähe befindet, löst sich die Allianz zwischen Sarah und Rachel in Luft auf. Sarah lockt hernach einen hochrangigen Neolutionist in eine Falle und macht sich daran, der Organisation ein für alle Mal den Garaus zu machen.

Sarah ist schwer verletzt und versucht irgendwie auf der Insel zu überleben und Cosima zu retten. Inzwischen treffen sich Cosima und Delphine wieder doch was auf der Insel geschieht, geht weit über Cosima's Vorstellungen hinaus und Delphine kann ihr nicht alle Antworten geben, die sie braucht. Wie sich herausstellt, ist Rachel nun die rechte Hand des 170 Jahre alten Gründers der Neolution, PT Westmoreland.

Inzwischen macht Neolution Alison und Donnie (Kristian Bruun) die Suche nach Helena schwer.

Mrs. S weist die Schwestern an, einen Abend lang Pause von dem ständigen Herumschnüffeln zu machen, um die Eröffnung von Felix Kunstausstellung zu feiern. Während Felix versucht, einen berühmten Gallerist mit der Hilfe seiner Schwestern zu beeindrucken, hat Sarah immer noch die Vermutung, dass S etwas verheimlicht.

Helena nimmt hinter feindlichen Linien Deckung, während Sarah und Art darum ringen, sie zu beschützen und der Belagerung ein Ende bereiten.