Sarah, eine clevere Überlebenskünstlerin, die einem Leben voller falscher Entscheidungen davon läuft, wird Zeugin eines Selbstmords. Die Fremde, die sich das Leben nimmt, sieht genau so aus, wie Sarah selbst. So übernimmt Sarah die Identität der Toten um deren Bankkonto leer zu räumen und dadurch alle Probleme hinter sich zu lassen. Doch statt dessen findet sich Sarah plötzlich inmitten einer lebensbedrohenden Verschwörung wieder. Sie muss sich beeilen, um die richtigen Antworten zu finden.

Mit einem Leichnam im Auto und keinem Zufluchtsort in Sicht, muss Sarah ihren Betrug in den Reihen der Polizei fortsetzen. Weil sich jedoch ein Mörder an ihre Fersen geheftet hat, liegt Sarah's einzige Chance, an Antworten zu kommen, darin, sich mit einer weiteren Doppelgängerin namens Alison auseinander zu setzen.

Als Sarah feststellt, dass es sich bei ihr und den anderen „Orphans“ um Klone handelt, möchte sie am liebsten mit dem Geld die Stadt verlassen. Ihre Karriere als falsche Polizistin gerät in Gefahr, als ihre echten Kollegen die Leiche finden, die Sarah vergraben hat und fortan Beth mit dem Fall betraut wird. Als Sarah dem Mörder zu nahe kommt, wird aus der Jägerin die Gejagte.

Sarah realisiert, dass die Arbeit der Polizei nicht ausreicht, um das Überleben der Orphans zu sichern. Die Verfolgung des Mörders gefährdet dabei allerdings die lange herbeigesehnte Wiedervereinigung mit ihrer Tochter Kira. Je näher Sarah dem Mörder kommt, desto dichter kommt dieser der Wahrheit. Der unvermeidbare Showdown droht, ihren Schwindel bei der Polizei auffliegen zu lassen.

Die Indizien deuten darauf hin, dass die Orphans Teil eines noch andauernden Experimentes sind. Sarah verdächtigt Paul - doch ihre Schnüffeleien sorgen nur dafür, dass auch Paul mit seinen Nachforschungen beginnt.

Sarah's Jagd nach Antworten wird durch einen Ausflug in die Vorstadt unterbrochen. Alison's Paranoia erreicht einen neuen Höhepunkt, der das Wohlbefinden aller Orphans in Gefahr bringt. Als dann die Welten von Sarah, Alison und Beth mit einander kollidieren, muss Sarah entscheiden, wem sie ihr Geheimnis anvertrauen kann.

Weil Paul verschwunden ist, muss Sarah der Verschwörung im Alleingang den Kampf ansagen. Als Paul dann aber herausfindet, dass Sarah ihm wichtige Informationen vorenthalten hatte, droht das fragile Band des Vertrauens zwischen ihnen zu zerbrechen. In der Zwischenzeit kommt Cosima Delphine und Dr. Leekie näher, von dem eine düstere Faszination ausgeht.

Sarah's Taten spielen die Orphans gegen einander aus, während sie sich ihren nächsten Schachzug überlegt. Paul bemüht sich verzweifelt darum, Sarah's Existenz zu vertuschen. Alison rächt sich zur gleichen Zeit an ihrem vermeintlichen Bewacher und setzt damit alles aufs Spiel, was ihr im Leben wichtig ist.

Nachdem Kira's Leben bedroht wird, begibt sich Sarah auf den Kriegspfad. Allerdings legt ihr Dr. Leekie nahe, sich ihre Rachepläne noch einmal durch den Kopf gehen zu lassen. In der Zwischenzeit wird Cosima mit der Wahrheit über Delphine konfrontiert, und sie muss sich für eine Seite entscheiden. Es liegt nun an Sarah, über das Schicksal des Mörders zu entscheiden - doch die Wahrheit über ihre Herkunft verändert alles.

Sarah's letzte Gelegenheit, ihren Erzfeind vom Wahnsinn zu befreien, entgleitet ihr, als Art einschreitet, um selbst an ein paar Antworten zu kommen. In der Zwischenzeit müssen die Orphans darüber entscheiden, ob sie mit ihren Schöpfern Frieden schließen wollen. Dann wird Sarah zu einer tödlichen Konfrontation mit ihrem Feind gezwungen.

Die Lage scheint für Sarah aussichtslos, denn sie wird weiterhin erbarmungslos von ihren Gegnern gejagt. Verzweifelt versucht sie ihre Tochter Kira ausfindig zu machen, die wohl von Rachel entführt wurde. Sarah schwört Rache und begibt sich auf einen Kriegspfad gegen Rachel. Allison weilt derweil mit Donnie bei der Beerdigung von Aynsley, woraufhin sie mehr und mehr Schuldgefühle bekommt. Cosima muss unterdessen eine komplizierte Entscheidung treffen, welche schwerwiegende Konsequenzen nach sich ziehen könnte.

Sarah bittet Art um Hilfe auf der Suche nach ihrer Tochter Kira und ist dann zutiefst entsetzt, wohin die Spur die beiden führt. Während Alison immer noch Aynsleys Tod schwer zu schaffen macht, muss sich Cosima mit den immer heftiger werdenden Symptomen ihrer mysteriösen Krankheit herumplagen.

Nachdem sich Sarah mit Felix auf den Weg gemacht hat, ist sie dazu gezwungen, sich an einen alten Bekannten zu wenden: Ihre ehemalige Flamme Cal Morison. Ihre kurze Verschnaufspause findet aber rasch ein jähes Ende und Sarah erkennt wieder einmal, dass egal wie weit sie auch versucht wegzurennen, ihr immer wieder jemand auf den Fersen ist.

Sarah kehrt für Antworten nach Hause zurück und mit Cosimas Hilfe taucht sie tiefer in die Geheimnisse hinter dem Klonexperiment ein. Ihre Nachforschungen bringen sie alsbald zur Wurzel allen Übels. Um sich aber wieder aus der prekären Situationen zu befreien, in der sie sich wiederfindet, muss sie eventuell einen höheren Preis bezahlen, als es ihr lieb ist.

Auch Rachel macht nun Nägel mit Köpfen, indem sie es auf Sarah's Liebsten und Nächsten abgesehen hat und diese attackiert. Sarah versucht diese wiederum zu beschützen, doch ein unerwarteter Besucher droht, ihre Pläne zu vereiteln.

Sarah verbündet sich mit einem unerwarteten und vor allem unzuverlässigen Partner, um einer Spur von Hinweisen zu folgen, welche sie wiederum zu den Ursprüngen des Experiments führen könnte. Cosima stößt derweil gemeinsam mit Delphine auf eine Lösung, wie man ihre Krankheit eventuell erfolgreich behandeln könnte. Allison befindet sich unterdessen in seltsamer Gesellschaft, während sie ihre Reha abhält.

Als eine Vertraute aus dem Rehabilitationszentrum Alison hintergeht und droht, die Wahrheit über Aynsleys Tod zu enthüllen, gerät sie kurz vor dem Familientag in einen emotionalen Abwärtsstrudel. Donnie und die Kinder sind für einen Besuch eingeplant und so müssen alle Klone mithelfen, um das drohende Desaster zu vermeiden.

Ein neuer Spieler der Klonverschwörung taucht an Felix' Türschwelle auf, was ihn sofort in den Krisenmodus versetzt. Cosima gehen unterdessen die Optionen aus, und so muss sich Sarah entscheiden, ob sie ein wichtiges Druckmittel aufgibt und einen Deal mit Dyad eingehen soll.

Der Krieg mit Dyad ist beinahe verloren, als Rachels jüngster Trick Sarah zur Aufgabe zwingt. Die Klone schließen sich zusammen - in der Hoffnung, Sarah noch retten zu können. Während sie im Kampf für ihre Freiheit stecken, trifft Sarah auf einen neuen Partner und enthüllt eine furchteinflößende neue Dimension der Verschwörung.

Rachels jüngster Plan zwingt Sarah zur Aufgabe, während sich der Klonclub zusammenschließt, um sie zu retten.

Mit Ferdinand schickt Topside eine einflussreiche Person, um die jüngsten Ereignisse bei Dyad zu untersuchen. Dieser droht, zusammen mit „Rachel“ (Sarah) ein Protokoll einzusetzen, welches die Auslöschung aller weiblichen Klone in die Wege leitet. Derweil sind auch die männlichen Castor-Klone nicht untätig: Einer von ihnen stattet Siobhan einen unangenehmen Besuch ab, um Informationen über Duncan und dessen Arbeit zu erhalten.

Castor verfolgt die Leda-Klone für eine Probe. Helena, die schwanger und inhaftiert ist, wird von einem mysteriösen neuen Bösewicht untersucht. Die Castor-Jungs spielen mit einer verängstigten jungen Frau, Patty.

Leda und Castor sind beide auf der Suche nach dem originalen DNA-Klon. Mark und Gracie finden auf der Flucht neue Hinweise, um die Proben zu finden, die sie befreien können. Unterdessen erfahren Cosima und Scott mehr über Castor's Biologie. Alisons neues Unternehmen zum Geldverdienen boomt. Eine schockierende Offenbarung über die Castor-Leda-Verbindung trifft die Schwestern kurz bevor Sarah ein tödliches Prolethena-Castor-Treffen sieht.

Sarah's Schicksal hängt am seidenen Fäden, während sie versucht, ihre Schwestern zu retten.

Sarah und Helena erleben eine schwierige Wiedervereinigung. Familie Leda macht sich indes Sorgen wegen Sarah's Abwesenheit.

Paul erfährt von Coady's Plänen für Castor und sieht sich zu einem gefährlichen Schachzug gezwungen.

Alison muss ihre Ladenfront absichern, um ihr Geschäft weiter auszubauen. Cosima sieht indes einer gesundheitlichen Bedrohung entgegen.

Rachel handelt ihre Freiheit aus, indem sie das Moreau-Buch von Duncan entziffert.

Der Klonclub reist nach London, um dort den echten Castor zu finden. Ihre Feinde sind ihnen aber dicht auf der Spur.

Kendall könnte ein entscheidender Faktor sein, um Castor aufzuhalten. Die Schwestern stehen indes kurz davor, ihren schlimmsten Feind zu besiegen.

Nach zwei Monaten Bedenkzeit wird Sarah's Rückzugsort auf Island durch einen Neolution-Angriff zerstört. Erneut muss sie sich auf die Flucht begeben, jedoch muss sie erkennen, dass so weit sie auch mit ihrer Familie wegrennt, immer verfolgt werden wird.

Nachdem sie eine Neulution-Attacke auf Island überlebt hat, kehrt Sarah nach Hause zurück, um die schwer zu fassende neue Verbündete aufzuspüren. Während Cosima mit dem Verschwinden von Delphine hadert, heißen Alison und Donnie die schwangere Helena willkommen. Felix fühlt sich derweil wie ein Außenseiter und begibt sich auf die Suche nach sich selbst.

Während sich Sarah nach der schockierenden Entdeckung von Neolution's Biotechnologie erst wieder fangen muss, sucht sie mit wachsender Verzweiflung nach Antworten. Rachel erhält indes Besuch von ihrem Bewacher und unternimmt einen kleinen Schritt in Richtung Rehabilitation. Helena wird unterdessen für Mrs. Hendrix gehalten, als sie merkwürdige Besucher empfängt.

Sarah geht eine Allianz mit einem früheren Gegner ein, in der Hoffnung an den Kopf von Neolution zu gelangen. Alison bringt Felix und Donnie dazu in eine Fruchtbarkeits-Klinik einzubrechen und Susan Duncan lässt Rachel, die eine schwierige Entscheidung treffen muss, zurück.

Sarah hat einen freien Tag und will sich mit Kira versöhnen, was aber bald zu einer Ermittlung führt, bei der die neuen Verbindungen von Felix diskreditiert werden sollen. Cosima und Donnie nehmen derweil das Fertilitätszentrum von Neolutionist in Augenschein. Während Donnie auf ein bekanntes Gesicht trifft, macht Cosima eine schockierende Entdeckung.

Als Cosima ihre Zweifel zugibt, rechtzeitig ein Heilmittel zu finden, trifft Sarah eine einsame Entscheidung, die Kendall an ebenjene verrät, vor denen sie sich jahrelang versteckt hat. Art und Felix schließen sich derweil zusammen, um einen naiven Klon vor sich selbst zu beschützen.

Sarah fällt in alte Verhaltensmuster zurück, während sie mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen ringt. In einer dunklen Nacht der Seele tritt sie außerdem wieder mit Beth in Verbindung. Im Labor wird Cosima derweil von traumatischen Erinnerungen und Nachrichten von Delphine heimgesucht, die einen letzten Versuch macht, ein Heilmittel zu finden.

Weil Alison Panik vor den Drohungen gegenüber Donnie durch Neolution hat, zweifeln Sarah und Mrs. S an ihrer Loyalität gegenüber den Schwestern. Während Sarah abgelenkt ist, schleicht sich Siobhan raus, um sich zu rächen. Währenddessen arbeiten Cosima und Susan Duncan gemeinsam an einem letzten Versuch ein Heilmittel zu finden.

Nun, da Susan Duncan entthront wurde, findet sich Sarah in der gleichen Position wieder wie Rachel - unter der Kontrolle eines neuen HBIC, wodurch die Erzfeindinnen für einen guten Zweck zusammengeführt werden. Cosima und Susan streiten sich derweil über die Ethik menschlicher Experimente.

Als die Kommunikation mit Cosima unterbrochen wird und sich Neolution offensichtlich ganz in der Nähe befindet, löst sich die Allianz zwischen Sarah und Rachel in Luft auf. Sarah lockt hernach einen hochrangigen Neolutionist in eine Falle und macht sich daran, der Organisation ein für alle Mal den Garaus zu machen.

Sarah ist schwer verletzt und versucht irgendwie auf der Insel zu überleben und Cosima zu retten. Inzwischen treffen sich Cosima und Delphine wieder doch was auf der Insel geschieht, geht weit über Cosima's Vorstellungen hinaus und Delphine kann ihr nicht alle Antworten geben, die sie braucht. Wie sich herausstellt, ist Rachel nun die rechte Hand des 170 Jahre alten Gründers der Neolution, PT Westmoreland.

Inzwischen macht Neolution Alison und Donnie (Kristian Bruun) die Suche nach Helena schwer.

Die von Neolution gefangen genommene Sarah erhält von Rachel ein furchtbares Ultimatum: Der Gemeinschaft beitreten oder ihre Familie verlieren. Ihre Entscheidung führt zu einer Auseinandersetzung mit Kira. Da die Neolutionisten und Ferdinand sie nicht aus den Augen lassen, versucht Felix mit Hilfe eines alten Verbündeten Kira in Sicherheit zu bringen. Auf der Insel hat Cosima Schwierigkeiten den wahr gewordenen Mythos der Neolution zu verstehen.

Während die Neolutionisten überall in ihrem Haus sind, versucht Alison in ihr Gemeindezentrum zu zurückzukehren doch Bailey Downs hat kein Interesse mehr an ihr. Art und sein neuer Partner tauchen im Haus der Hendrix auf um weiter nach Helena zu suchen, was Art zu einer schwierigen moralischen Beurteilung zwingt.

Mrs. S und Sarah untersuchen eine neue Spur, die zu dem Überläufer von Neolution führen könnte. Andernorts kommt es derweil zu einem unerwarteten Wiedersehen, während Cosima eine schreckliche Entdeckung macht.

Sarah und Kira verbringen Zeit zu Hause. Geheimnisse werden über Kira's Geschenke aufgedeckt. Cosima schließt sich Delphine in der Villa an.

Cosima wird zu einem Bündnis gezwungen, das die Agenda von PT Westmoreland beschleunigt. Krystal stolpert währenddessen über einen wichtigen Hinweis.

Westmoreland befiehlt eine aggressivere Handhabung von Kira während Sarah dafür kämpft ihre Tochter zu retten. Rachel entdeckt ein dunkles Geheimnis und Cosmina hat eine Idee, was die Identität von Westmoreland angeht.

Mrs. S weist die Schwestern an, einen Abend lang Pause von dem ständigen Herumschnüffeln zu machen, um die Eröffnung von Felix Kunstausstellung zu feiern. Während Felix versucht, einen berühmten Gallerist mit der Hilfe seiner Schwestern zu beeindrucken, hat Sarah immer noch die Vermutung, dass S etwas verheimlicht.

Sarah bekommt mit, das Helena entführt wurde. Der Klon-Club schließt sich zusammen, um Helena zu finden bevor ihre Kinder geboren werden.

Helena nimmt hinter feindlichen Linien Deckung, während Sarah und Art darum ringen, sie zu beschützen und der Belagerung ein Ende bereiten.