Theo hat Schwierigkeiten, sich mit seinem neuen Leben in Wayward Pines zu arrangieren. Doch dann erkennt er, als einziger Chirurg in der Stadt kann er Druck auf Jason Higgins, den Anführer der ersten Generation, ausüben, um die Wahrheit über Wayward Pines zu erfahren.

Rebecca erinnert sich an ihr erstes Treffen als Architektin mit David Pilcher. Dabei wird die Entstehung von Wayward Pines enthüllt. Theo ist wiederum schockiert, als Rebecca ihm ein Geheimnis gesteht. Unterdessen vertraut Theresa CJ Mitchum und Adam Hassler an, sie möchte fortan außerhalb des schützenden Zaunes leben.

Die Abbies greifen CJ Mitchum und seine Erntegruppe an. Dabei wird Theresa lebensgefährlich verletzt. Zudem steht die Stadt nun vor einer Nahrungsmittelknappheit. Daraufhin stellt Theo eine provisorische Aufnahmestelle zur Einteilung der Verletzten zusammen.

Theo und Megan sind sich uneinig bezüglich der Intelligenz der Abbies. Auf jeden Fall will Theo versuchen, mit deren Anführer zu kommunizieren. Dabei hat die Unterschätzung der Situation jedoch tödliche Folgen. Derweil lässt CJ Mitchum sein Leben Revue passieren. Er denkt auch über die große Verantwortung nach, die er über die Jahrhunderte getragen hat.

Nach und nach rücken immer mehr Abbies an den elektrischen Zaun von Wayward Pines, weswegen Jason eine fatale Entscheidung fällt. Theo und Xander müssen nun ihre Differenzen beiseitelegen, um ihn aufzuhalten, bevor die Menschheit endgültig verloren ist. In Rückblenden wird unterdessen David Pilchers Suche nach seinem Auserwählten erzählt.