L'agente dei Servizi Segreti Ethan Burke sta indagando sulla scomparsa di due agenti federali, Kate Hewson e Bill Evans. Durante le indagini è coinvolto in un incidente d'auto e si risveglia in una strana cittadina, Wayward Pine.

Ethan sfida gli ordini dello Scheriffo Pope che gli ha intimato di non lasciare la città e cerca un modo per evadere da Wayward Pines. Scopre che l'agente Evans si era sposato ma si è ucciso di fronte a sua moglie. Nel frattempo la moglie di Ethan e suo figlio si mettono in viaggio per scoprire che fine ha fatto.

Kate avvisa Ethan che gli è stata data una seconda, rara, occasione, dopo l'esecuzione di Beverly. Durante un nuovo tentativo di fuga, Ethan trova l'auto di Theresa che sembra essere stata abbandonata da anni. I Burkes finalmente si riuniscono e Ethan spiega ai suoi cosa sta succedendo.

Ethan e la sua famiglia decidono di fingere di essere "felici" così che Ethan possa indagare in segreto e scoprire cosa si nasconde dietro la stranezza di questo luogo e scopre dei files sui cittadini che contengono informazioni sulle loro vite precedenti.

Ethan viene aggredito e seguito da degli strani esseri umanoidi. Ben viene a sapere dell'evoluzione della razza umana in violente creature carnivore che ora dominano il pianeta sin dall'anno 4028. I cittadini di Wayward Pine furono rapiti e messi in ibernazione per oltre duemila anni prima di essere risvegliati in quello che è una sorta di arca per re-introdurre la razza umana sulla Terra.

Il Dr. Pilcher porta Ethan al centro di controllo segreto e gli racconta la storia della città. Nel 1990 Pilcher scoprì il gene mutante e predì l'avvento delle "aberrazioni". La comunità scientifica lo derise e lui intraprese il progetto per salvaguardare il futuro della razza.

Quando Ethan parla con sua moglie raccontandole la verità, lei si convince che suo marito è stato vittima di qualche esperimento o altro. Ethan trova la bomba nell'auto e comincia a indagare sulla cospirazione. Theresa trova una struttura sotterranea di metallo.

Dopo l'esplosione Ben viene ricoverato in ospedale e Ethan e Pilcher cercano di localizzare i restanti membri della cospirazione. Ethan parla con Kate, che ora è in prigione, ma che rifiuta di cooperare con le sue indagini.

Ethan arriva alla recinzione giusto in tempo per fermare tre mutati dall'entrare. Tre ragazzi della Classe Prima dell'Accademia vanno a liberare Kate, Harold e Franklin. Theresa trova un video di Hassler che parla della caduta di San Francisco nell'anno 4020 e lo mostra a Ethan e Kate.

Parecchi mutati si introducono a Wayward Pines dopo che Pilcher ha tagliato la corrente. Ethan e Kate dirigono i cittadini nel bunker per salvarli ma non tutti ci arrivano. Pam è contro l'idea di Pilcher di fare tabula rasa e ricominciare daccapo con il gruppo C, così la iberna contro la sua volontà. Ethan affronta il sacrificio ultimo per salvare i sopravvissuti. Ben viene ferito e quando si risveglia sono passati tre anni e le cose non sembrano essere cambiate più di tanto...

Theo si risveglia dall'ibernazione e i residenti di Wayward Pines si ritrovano a combattere con il "governo" della Prima Generazione.

Theo viene a conoscenza della verità e del motivo per cui si trova a Wayward Pines. CJ è a capo di un progetto vitale, e profondamente pericoloso, al di là della recinzione.

L'infermiera Pam si rifà viva ed è una minaccia più che mai pericolosa per la città. Veniamo a conoscenza del passato di Jason.

Xander ritorna a Wayward Pines con un ospite inaspetato. CJ organizza e guida un gruppo di coraggiosi oltre la recinzione.

La verità sulla creazione di Wayward Pines è rivelata. Megan compie degli esperimenti sulla prima Abby, Frank invece sta affrontando dei problemi personali.

Le Abby attaccano CJ lasciando Teresa in grave pericolo e la città con poche scorte alimentari. Theo mette in opera una piccola unità di triage ma la sua vita privata è sotto pressione e il suo matrimonio rischia di fallire. Jason ha dei dubbi sulle capacità di Xander come leader, ma lui dimostra di avere ancora delle carte da giocare.

CJ riflette sulla sua vita e sulle responsabilità che ha dovuto affrontare nel corso del tempo. Theo e Megan sono in disaccordo sul livello di intelligenza di Abbie.

Theo chiede aiuto a Hassler per catturare Margaret mentre Xander ha un confronto con Rebecca in merito alle sue condizioni.

Jason prende una decisione fatale, Theo e Xander devono mettere da parte le loro differenze e fermarlo prima che sia troppo tardi per la razza umana.

Theo si trova di fronte a una decisione che potrebbe essere di importanza vitale per il futuro di quello che resta della razza umana.