Leonardo cansado de la constante crítica de Rafa, sobre la manera en el dirige, le permite tomar el líderazgo a su hermano. Mientras el equipo busca a Viboraalga, Leo conoce a una kunoichi llamada Karai que trata de llevarlo al lado oscuro.

Durante la búsqueda de las Tortugas para encontrar a Karai, ellos se ven obligados a hacer frente a una ciudad llena de Kraangdroides así como también a Anton Zeck e Iván Steranko.

Donnie termina un nuevo lote de retromutágeno con la esperanza de salvar Karai; pero entonces las tortugas son cazadas por los nuevos secuaces de Destructor, Bebop y Rocksteady.

Karai busca el Kuro Kabuto, afirmando ser la legítima heredera del Clan del Pie, cuando se encuentra con un viejo rival.

El resentimiento de Donnie contra Don Vizioso amenaza la misión de las Tortugas.

Las Tortugas deben derrotar a Kavaxas y evitar que destruya el mundo.

The Turtles must train their 80s counterparts into fighting like real ninja. The 80s Turtles begin to learn the difference between their world and the world of their modern counterparts.