Die Ikarus-Basis wird angegriffen, während auf ihr das neunte Chevron des Stargates erforscht wird. Ein Wurmloch kann geöffnet werden und das Personal flieht durch das Stargate, bevor der Planet und damit die Basis explodiert. Das Wurmloch führt sie auf die Destiny, ein verlassenes Raumschiff der Antiker, das seit Millionen von Jahren das Universum erforscht.

Die Ikarus-Basis wird angegriffen, während auf ihr das neunte Chevron des Stargates erforscht wird. Ein Wurmloch kann geöffnet werden und das Personal flieht durch das Stargate, bevor der Planet und damit die Basis explodiert. Das Wurmloch führt sie auf die Destiny, ein verlassenes Raumschiff der Antiker, das seit Millionen von Jahren das Universum erforscht.

Die Ikarus-Basis wird angegriffen, während auf ihr das neunte Chevron des Stargates erforscht wird. Ein Wurmloch kann geöffnet werden und das Personal flieht durch das Stargate, bevor der Planet und damit die Basis explodiert. Das Wurmloch führt sie auf die Destiny, ein verlassenes Raumschiff der Antiker, das seit Millionen von Jahren das Universum erforscht.

Energieprobleme auf der Destiny führen dazu, dass der Antrieb ausfällt. Dr. Rush versucht sein möglichstes, das Problem in den Griff zu bekommen, denn das Raumschiff treibt auf die Sonne eines Planetensystems zu. Indes nimmt der etwas unsichere aber hochbegabte Eli Wallace von den Crewmitgliedern für deren Angehöhrige auf der Erde Abschiedsbotschaften auf Video auf.

Noch immer treibt die Destiny antriebslos auf die Sonne zu. Die einzige Chance zu überleben, besteht darin, die Crew mit dem Shuttle auf einen der Planeten des Systems zu evakuieren. Doch das Rettungsschiff bietet nicht genügend Platz für alle, weshalb ein Teil der Mannschaft zurückbleiben muss, Während man sich an Bord der Destiny auf den Tod vorbereitet, erwachen die Schiffssyteme pölotzlich wieder zum Leben.

An Bord der Destiny verschwinden auf unerklärliche Weise die Trinkwasserreserven. Während Col. Young und Lt. Matthew Scott sich zu einem Planeten aufmachen, um dort Wasser in Form von Eis zu holen, entdeckt Sgt. Tamara Johansen auf der Desitiny die Ursache für den Trinkwasserschwund: eine geheimnissvolle ausßerirdische Lebensform, die durch das Stargate an Bord gelangt ist.

Das automatische System der Destiny hat das Schiff wieder in die Nähe einer Sonne gebracht, um Energie zu tanken. Über die Kommunikationssteine empfängt die Crew von Homeworld Command einen Plan, wie man alle durch das Stargate zurück zu Erde schicken könnte. Die hierfür benötigte Energie könnte das alte Raumschiff allerdings zerstören, weshalb Dr. Rush das Vorhaben für zu riskant hält.

Im dichten Dschungel eines Planeten entdeckt das Expeditionsteam der Destiny eine mysteriöse Kameraaufnahme, die das Team bereits bei einem früheren Besuch zeigt. Merkwürdig ist nur, dass das Team den Planeten nie zuvor betreten hat. Die Aufnahme rückt in den Hintergrund, als ein Teammitglied plötzlich an einer gefährlichen infektion erkrankt und die Rückkehr an Bord vorerst unmöglich macht.

Mit Hilfe der Kommunikationssteine statten Lt. Scott und Camille Wray der Erde einen "Besuch" ab. Während Wray ihre Lebensgefährtin wiedersieht, erfährt Scott, dass er einen Sohn hat. Auf der Destiny stösst Rush inzwischen auf eine Möglichkeit, die gesperrten Schiffssysteme zu entriegeln und weckt dabei bei den Crewmitgliedern Hoffnungen auf eine baldige Rückkehr zur Erde.

Col. Young wird zum Hauptverdächtigen in einem Mordfall, worauf Camille Wray das Kommando an Bord übernimmt. Dr. Rush bringt Wray dazu, Col. Youngs Verbot aufzuheben, das ihn daran hindert, weiter an der Entriegelung der Steuersysteme zu forschen. Während Eli auf Beweise stößt, dass der angebliche Mord vielmehr ein Selbstmord gewesen ist, wird auf einen Planeten ein verlassenes Raumschiff entdeckt.

Beim Benutzen der Kommunikationssteine kommt es zu einer myteriösen Verbindung zu Außerirdischen, die kurz darauf die Destiny angreifen, wobei Chloe Armstrong von den Gegnern verschleppt wird. An Bord des fremden Raumschiffs befindet sich überraschender Weise aud Dr. Rush, den Col. Young absichtlich auf einem Planeten zurückließ, um ihn loszuwerden.

Dr. Rush vermutet irgendwo an Bord der Destiny einen Peilsender der Außerirdischen. Während eine fieberhafte Suche nach dem Sender beginnt, zettelt ein Teil der zivilen Besatzung eine Meuterei gegen das militärische Kommando an. Dann greifen die Außerirdischen erneut an. Die einzige Chance zu entkommen, besteht darin, den Peilsender zu entfernen. Doch hierfür muss sich die Crew erst wieder zusammenraufen.

Die Destiny fliegt ein unbekanntes Sonnensystem an, das nur einen einzigen Planeten beherbergt. Ein Expeditionsteam unter der Leitung von Lt. Scott stößt auf ein Paradies, das sich jedoch als trügerisch erweist. Eigentlich müsste sich der Planet in einem früheren Entwicklungsstadium befinden. Möglicherweise wurde er von Außerirdischen künstlich angelegt. Trotzdem will sich ein Teil der Crew hier für immer niederlassen.

Trotz Col. Youngs Verbot experimentiert Dr. Rush heimlich weiter mit der neuralen Steuereinheit der Destiny und hat eine Vison. Indessen erkundet ein Expeditionsteam unter Leitung von Lt. Scott einen unbekannten Planeten. Als sie Ruinen einer untergegangenen Kultur entdecken und diese untersuchen, werden sie in einen einstürzenden Tunnel verschüttet, weshalb die Destiny ohne sie weiterfliegt.

Das im Höhlensystem verschüttete Expeditionsteam sucht verzweifelt nach einem Ausgang, als ein weiterer Tunnel einstürzt. Während sich die Destiny mit Lichtgeschwindigkeit immer weiter vom Planeten entfernt, suchen Dr. Rush und Col. Young fieberhaft nach einer Möglichkeit, die verlorene Crew doch noch zurück an Bord zu holen, bevor die Destiny die Galaxis verlässt.

Kurz bevor die Destiny den Rand der Galaxie erreicht, ereignet sich an Bord eine heftige Explosion, wodurch der Antrieb des Raumschiffs ausfällt. Der unvorhergesehene Stop ermöglicht es zwar den vermissten Crewmitgliedern Eli Wallace, Lt. Scott und Chloe Armstrong, die Destiny zu erreichen. Aber dann zeigt sich, dass hinter dem Sabotageakt Außerirdische stecken, die inzwischen die Position des Schiffes kennen und angreifen.

Einige der Crewmitglieder leiden unter angsteinflößenden Halluzinationen, die auch auf andere Personen übertragen werden. Tamara Johansen vermutet als Ursache zunächst Stress, findet dann aber heraus, dass es einen Zusammenhang mit der letzten Expedition gibt. Beim Ausflug auf den fremden Planeten wurde ein Teil des Teams von insektenähnlichen Parasiten befallen.

Möglicherweise ist Col. Telford ein Spion der verfeindeten Luzianer-Allianz. Um die Wahrheit herauszufinden, tauscht Dr. Rush mit Hilfe der Kommunikationssteine seinen Körper mit dem von Telford, wird aber von der Allianz gefangen genommen. Indessen versucht man auf der Destiny, von dem in Dr. Rushs Körper steckenden Telford die Position der geheimen Luzianer-Basis zu erfahren.

Col. Telford, der noch immer mit Dr. Rush die Körper getauscht hat, wurde von der Luzianer-Allianz durch eine Gehirnwäsche manipuliert. Col Young gelingt es, Col. Telford von der hypnotischen Wirkung zu befreien, worauf dieser berichtet, dass die Luzianer-Allianz plant, die Destiny in Kürze zu entern. An Bord bereitet man sich auf den bevorstehenden Angriff vor.

Den Soldaten der Luzianer Allianz ist es gelungen, an Bord der Destiny zu gelangen. Während zwischen den Eindringlingen und der Crew der Destiny ein erbitterter Kampf um die Herrschaft über das manövrierunfähige Schiff entbrennt, droht von außen kosmische Gefahr: Ein Pulsar schleudert unentwegt eine tödliche Menge an Energie zur Destiny und es ist nur eine Frage der Zeit, bis die Schilde zusammenbrechen.

Nachdem Kiva angeschossen wurde und Dannic das Kommando übernommen hat, will der nun den militärischen Teil der Crew töten. Nur noch Rush, Brody, Eli, Chloe, Scott und Greer können versuchen, das Schiff zurückzugewinnen.

Nachdem der Angriff der Luzianer-Allianz erfolgreich vereitelt werden konnte, ist die Situation der Überlebenden an Bord ungeklärt. Ein weiteres Problem sind die zu Neige gehenden Lebensmittelvorräte. Ein Team unter Lt. Scotts Führung macht sich mit einem Shuttle auf, um dies zu ändern. Doch als sie auf dem Planeten ankommen, überschlagen sich die Ereignisse.

Die Crew entdeckt ein Schiff, dessen Bauweise der der Destiny ähnelt. Als die Destiny an das Schiff andockt, wird ein Außenteam losgeschickt, um es zu untersuchen. Doch auf dem Schiff befindet sich nicht nur Technologie.

Auf der Erde ist Eli mit dem schlechter werdenden psychischen Zustand seiner Mutter konfrontiert, als sich Chloe an Bord der Destiny plötzlich immer merkwürdiger verhält.

Matthew Scott infiziert sich auf einem Planeten durch einem Biss mit einem Virus, der bei ihm Halluzinationen auslöst. Plötzlich findet er sich in einer anderen Welt wieder.

Colonel Everett Young plagen Visionen davon, wie die Destiny zerstört wird. Infolgedessen stellt er seine eigene Führungsposition in Frage.

Als sich ein verlassenes und unbekanntes Raumschiff in Reichweite der Destiny befindet, gehen Rush und Young an Bord, doch plötzlich fliegt das Schiff weg von der Destiny. Rush lässt Amanda Perry mit den Kommunikationssteinen auf das Schiff holen, um die Destiny wieder zu ihnen hinfliegen zu lassen. Er erklärt ihr, wie sie die Brücke findet und dort arbeitet sie heimlich an der Lösung des Problems. Doch die restliche Crew entdeckt Rushs Geheimnis, während der herausfindet, was die Mission der Destiny ist.

Simeon tötet Amanda Perry und Ginn, nimmt eine Geisel und flieht durch das Destiny-Stargate auf einen Planeten in Reichweite. Rush, der Amandas Tod rächen will, jagt ihm hinterher. Young hat den Befehl, Simeon am Leben zu lassen, da er wohl wichtige Informationen besitzt und schickt mehrere Soldaten auf den Planeten, die Simeon und Rush einfangen sollen.

Als die Destiny aus dem FTL fällt, erscheint plötzlich genau vor dem Schiff das Shuttle mit Caine und den anderen Mitgliedern der Destiny-Besatzung, die auf dem erdähnlichen Planeten in der anderen Galaxie zurückgeblieben sind. Das Shuttle wurde in den Neuzustand zurückversetzt und Caine und die Anderen wissen nicht, wie sie hierher gekommen sind. Als plötzlich einige der Neuankömmlinge auf unerklärliche Weise sterben, setzt man alles daran, herauszufinden, was auf dem Planeten geschah

Die Besatzung entdeckt ein Trümmerfeld von Raumschiffen, doch als man ein noch relativ unbeschädigtes Raumschiff untersucht, wird die Destiny plötzlich angegriffen.

Chloe sendet ein Signal mit der Position der Destiny an die Nakai. Daraufhin fallen drei ihrer Schiffe aus dem FTL und die Drohnen wenden sich von der Destiny ab. Das gibt Eli und Rush die Zeit, durch das Unterbinden des Signals, das die Drohnen steuert, das Kommandoschiff und die Drohnen zu eliminieren. Man geht nun ein Risiko ein, um Chloes Mutation abzubrechen, während ein weiteres Kommandoschiff mit mehr Drohnen unterwegs ist.

Eli glaubt, einen Weg gefunden zu haben, die Erde anzuwählen, während die Destiny durch einen Stern fliegt, doch Rush hat ernsthafte Bedenken. Dennoch möchte die Destiny-Besatzung es versuchen. Plötzlich taucht ein Shuttle auf, in dem ein anderer Nicholas Rush sitzt, der aus der Zukunft zurück gereist ist, um sie zu warnen.

Während sich Greer und Wray auf der Erde im Heimatschutzkommando befinden, verübt die Luzianer-Allianz einen Anschlag auf das Gebäude, eine Bombe wird platziert und die beiden sind im Gebäude gefangen. Doch man kann die Verbindung nicht trennen und die Allianz hat Leute im Gebäude.

Rush verbindet sich mit dem Interface der Destiny, um so in der Datenbank den Mastercode des Schiffes zu finden. Im Zuge dessen wird er mit seiner Vergangenheit und den Erinnerungen an den Tod seiner Frau Gloria konfrontiert. Auf einem anderen Planeten sitzt inzwischen ein Team fest.

Die Regierung von Langara möchte ihren Planeten nicht für einen Versuch, die Destiny anzuwählen, freigeben. Das Heimatschutzkommando vermutet, dass die Luzianer-Allianz die Fäden zieht. Während man deshalb die Langaraner riskant infiltriert, wird Rush im Repositorium von Amanda Perry in einer von ihr kreierten Simulation der Destiny gefangen gehalten.

Auf einem neu entdeckten Planeten wird das Team von einem Raubtier angegriffen. Als die Bewusstlosen aufwachen, bemerken sie, dass T.J. und Corporal Reynolds verschwunden sind. So schickt Colonel Young ein Rettungsteam los...

Zur gleichen Zeit friert Eli seinen Kollegen Adam Brody unbeabsichtigt in einer der neu entdeckten Statiskapseln ein, und arbeitet nun fieberhaft daran, Brody wieder aufzutauen und das Ganze vor Rush geheim zu halten...

Die Drohnen scheinen die Destiny orten zu können und greifen sie wieder an. Zudem trifft ein Team unter der Leitung von Scott eine Gruppe Menschen, die offenbar Nachfahren der Destiny-Besatzung sind, die durch eine Zeitreise etwa 2000 Jahre in die Vergangenheit gereist ist. Nun greifen die Drohnen auch das Dorf der Menschen an.

Als das Team auf Novus ankommt, erhält es Zugriff auf riesige Mengen an Daten. Doch ein Schwarzes Loch und ein Supervulkan drohen, den Planeten zu zerstören.

Die Drohnen positionieren sich um die Sterne, sodass sich die Destiny nicht mehr aufladen kann. Da die Energie zuneige geht, schlägt Eli einen riskanten Plan vor, um das Schiff und die Crew zu retten: Er will das Schiff in einem Blauen Riesen aufladen, doch durch die wesentlich höhere Temperatur wird die Destiny vorübergehend unbewohnbar und das Schiff muss manuell gesteuert werden. Deshalb reist fast die ganze Crew auf einen nahen Planeten, der vor vielen Jahren von ihren Nachfahren gegründet wurde. Doch plötzlich tauchen auch hier Drohnen auf.

Drohnenkontrollschiffe blockieren sämtliche Planeten in der ganzen Galaxie, zudem blockieren sie alle Sterne in Reichweite, sodass die Destiny sich nicht mehr aufladen kann. Doch Eli hat einen riskanten Plan, der bei Gelingen die Crew retten und beim Fehlschlag sie alle und das Schiff vernichten kann.