Teenager Terry McGinnis asks a retired Bruce Wayne for help in the wake of his father's murder.

Bruce and Terry team up to fight Derek Powers, and Bruce begins mentoring Terry to fill his superhero shoes.

Terry must deal with a dangerous shape-shifter named Inque, and the experience teaches him that he's not fully prepared to become the next Batman.

Willie Watt, un nerd del liceo deriso da tutti, ruba un robot di costruzione di suo padre per spaventare il capo dei bulli, Nelson Nash. Quando poi Batman cerca di fermare il robot, esso diventa legato a Willie mentalmente, donandogli più potere di quanto ha sempre sognato di avere.

Alla ricerca di una cura per la sua mutazione radioattiva, Derek Powers prova una procedura sperimentale per creare un nuovo corpo clonato in cui trasferire la sua mente. Il suo soggetto per l'esperimento è nientemeno che Mister Freeze, ancora vivo dopo quarant'anni. La sua testa viene così trasferita in un nuovo corpo organico, e il rinato Victor Fries giura di espiare tutte le azioni malvagie del suo passato criminale; ma il dottore in realtà non è cambiato.

Il formidabile Trio, un gruppo di scienziati divenuti supereroi dopo aver acquisito poteri in un esperimento andato male, si fanno strada a Gotham City e diventano gli idoli mediatici del futuro. Magma, Freon e l'Uomo 2-D scoprono però che l'incidente che ha dato loro i poteri non è stato esattamente un incidente.

Derek Powers ingaggia Shriek, un ex ingegnere del suono, diventato un supercriminale, come parte di uno schema elaborato per tenere Bruce Wayne fuori dagli affari della Wayne Powers e prendere il completo controllo dell'azienda. Tocca a Batman (Terry) investigare su questo nuovo mostro.

Terry viene mollato dalla sua fidanzata, Dana, e deve fare i conti con un gruppo di vecchi nemici di Batman (Bruce Wayne), la Gang della Scala Reale, una famiglia criminale travestita da carta da gioco. Terry è molto stressato, fin quando non incontra una ragazza di nome Melanie che sembra condividere i suoi problemi.

Terry scopre che gli atleti della sua scuola fanno uso di steroidi illegali per vincere le partite, e Bruce Wayne sospetta che uno dei suoi vecchi nemici, Bane, possa essere coinvolto nel traffico di sostanze stupefacenti illegali. Batman indaga, ma scopre che Bane è ormai un relitto umano a causa dell'assunzione prolungata di sostanze chimiche nel suo corpo.

Un criminale noto come Spellbinder utilizza una particolare tecnologia ipnotica per orchestrare una serie di rapine, trasformando le sue vittime in suoi complici inconsapevoli. Terry scopre che dietro la maschera si nasconde lo psicanalista della sua scuola.

China viene liberata da un lavoratore malato d'amore, presso lo stabilimento di criogenia dove era detenuta. Intrappolata nella sua forma mutata, China cerca di raggiungere le sostanze chimiche che le permettono di ritrovare ancora una volta la sua forma umana e vendicarsi di Batman e del "misterioso vecchio" che lo aiuta.

Una misteriosa e letale assassina denominata Curaro viene inviata ad uccidere Sam Young, marito del Commissario Barbara Gordon (ex Batgirl). I tentativi di Batman di proteggere Sam, portano conflitti con Barbara e alcune sorprendenti rivelazioni sul passato.

Derek Powers continua la sua mutazione in Blight, distruggendo lentamente quello che era rimasto della sua vita normale, e chiede aiuto a suo figlio affinché prenda il suo posto a capo della Wayne-Powers. Paxton Powers sembra inizialmente disposto ad aiutare Batman per riportare suo padre alla normalità, ma lo sta solo ingannando per poter eliminare Blight.

Una nuova tendenza di modificazione del corpo combinando DNA umano con quello degli animali, sta prendendo moda nella Gotham City del futuro. Il dottor Able Cuvier, il creatore del processo, insiste sul fatto che la procedura è sicura, ma Batman scopre ben presto che Cuvier è un truffatore intenzionato a trasformare le persone in mostri mutanti.

Quando un'amica di Terry e suo padre adottivo vengono perseguitati da creature inquietanti composte di terra, Batman indaga e scopre che le creature hanno una connessione spaventosa con il padre biologico della ragazza scomparso da anni.

La banda criminale dei Jokers ruba un nuovo prototipo di veicolo militare, mentre Batman e la progettista del veicolo tentano di recuperare la macchina prima che un malfunzionamento del suo reattore nucleare lo faccia esplodere, distruggendo tutta Gotham City.

Terry deve combattere contro il suo stesso costume quando questi viene infestato dal programma informatico dell'anima virtuale di un vecchio magnate delle comunicazioni morto, un uomo che è diventato letteralmente un "ghost in the machine". Senza l'aiuto della tuta di Batman, Terry deve salvare il nipote dell'uomo, che il programma intende usare come cavia per trasferirne all'interno del corpo il suo cervello virtuale.

Il brillante leader di una squadra di Jokers trama vendetta contro Maxime Gibson (nota anche come Max), una compagna di scuola che riesce sempre a prendere il massimo dei voti, mettendolo in secondo piano. Max sta cercando di scoprire la vera identità di Batman, che lei è convinta essere uno studente della scuola, ma giunge poi alla conclusione erronea che Terry è uno dei Jokers che la minacciano.

Stalker, un cacciatore con capacità ciberneticamente migliorate, è arrivato a Gotham cercando ciò che crede essere l'unica preda sulla terra degna delle sue abilità: il nuovo Batman. Per catturare Terry rapisce il suo fratellino Matt usandolo come esca.

La Gang della Scala Reale è stata catturata dai Jokers. Dieci deve portare a termine un furto per pagare il riscatto e salvare la sua famiglia, e quando Melanie si riavvicina a Terry per chiedere il suo aiuto, il giovane è costretto a decidere se mettere la sua relazione con Dana a rischio, e se Batman può davvero fidarsi di Dieci.

Quando molti studenti finiscono in coma in ospedale, le ricerche di Batman lo portano a Spellbinder, che rapisce gli adolescenti per renderli dipendenti con un dispositivo mentale che genera fantasie di realtà virtuale, costringendoli così a rubare per lui.

Dana, che si sente ignorata troppo spesso da Terry (a causa della sua doppia identità di Batman), comincia a ricevere rose bianche da un ammiratore segreto. Quando la ragazza viene poi rapita dall'uomo del mistero, un ragazzo di nome Patrick che vive nelle fogne a causa del suo aspetto da ratto, l'unico in grado di aiutarla è proprio Batman.

Dopo averla salvata da un incidente d'auto insieme a quella che credeva essere la sua famiglia, Terry ha delle visioni misteriose su una ragazzina che chiede il suo aiuto. La ricerca della giovane mette Batman a confronto con un gruppo di persone con incredibili poteri psichici.

In seguito ad una serie di eventi inspiegabili, tutte le compagne di scuola di Terry pensano che il fantasma di uno studente morto da tempo si aggiri per il loro liceo. Ma Batman scopre presto la vera causa del fenomeno: Willie Watt, che ha sviluppato nuove potenti abilità psichiche.

In cerca di vendetta, Shriek utilizza la sua conoscenza delle onde sonore per disturbare le frequenze di comunicazione di tutta Gotham City. Per far tornare le cose alla normalità, il criminale chiede in cambio la vita del suo nemico Batman.

Howard Groote, un nerd senza speranza, acquista un androide illegale sotto forma di una bella ragazza per portarla a scuola e alla sua festa di compleanno come la sua fidanzata. Il suo piano fallisce quando "Cinzia", programmata per essere completamente devota ad Howard, diventa pericolosamente possessiva.

Quando il commissario Barbara Gordon assiste come testimone all'efferato omicidio a sangue freddo di un criminale da parte di Batman, Terry si ritrova in fuga dalla legge, mentre lui e Bruce Wayne cercano di scoprire il vero colpevole e dimostrare così la sua innocenza.

Bruce è fuori città quando la killer nota come Curaro torna a Gotham City per dare la caccia all'ultimo rappresentante della società degli assassini, da cui è stata espulsa dopo il fallimento della sua ultima missione contro Batman. L'ultimo membro superstite degli assassini ricatta Terry chiedendo a Batman di proteggerlo dalla collera di Curaro, altrimenti attiverà una bomba che ha precedentemente nascosto da qualche parte in città, uccidendo milioni di innocenti.

Un nuovo programma per adolescenti "complicati" sta diventando popolare come ultima risorsa tra i genitori di Gotham per mettere in riga i loro figli ribelli, ma "il Ranch" non è ciò che sembra. Quando una compagna di classe di Terry, Chelsea Cunningham, viene mandata dal padre al Ranch, Batman indaga, ma finisce per mordere più di quanto egli possa masticare.

Dopo aver perso il suo lavoro come disegnatore di armi per la Wayne-Powers, il patrigno di uno degli amici di Terry si rivolge al crimine per sbarcare il lunario come supercriminale, e inizia a farsi chiamare Armory, poiché utilizza nei furti l'arsenale da lui progettato.

Un giornalista di gossip acquisisce la tecnologia per diventare incorporeo e riuscire a penetrare nei luoghi più inaccessibili e svelare i segreti più scabrosi delle persone. Quando scopre l'identità di Batman, minaccia di rivelarlo sulla televisione nazionale, ma presto scopre che la tecnologia sta avendo un effetto negativo sul suo corpo.

Terry è costretto ad accudire e portare con lui ovunque un computer a forma di uovo che simula lo stato di un bambino per prendere un bel voto a scuola nel progetto "studio della famiglia". Nel frattempo, una famiglia di ladri ruba gioielli inestimabili a Gotham City e Batman è costretto ad intervenire portando con sè l'uovo.

Zeta, un androide militare olomorfo si è introdotto sotto mentite spoglie nel liceo di Terry, ed è stato segnalato come pericoloso. Batman deve trovarlo prima che uccida qualcuno; ma l'androide è davvero malvagio o ha soltanto guadagnato una coscienza?

Batman è costretto ad unire le forze con il suo ex nemico, Stalker, per dare la caccia ad uno scaltro supercriminale denominato False-Face (per la sua capacità di cambiare aspetto), il quale ha rubato un virus molto pericoloso che rischia di contaminare tutta Gotham City per conto di un'organizzazione criminale denominata K.O.B.R.A.

Un famoso progettista bionico è costretto a dare ad una banda di criminali degli innesti robotici dopo che sua moglie, la bellissima April, è stata rapita. Per fermarli, Batman ha bisogno di una "parola segreta" come codice vocale per arrestare i loro impianti, ma il progettista non intende rivelargliela per non mettere in pericolo la moglie. Indagando, Batman scopre però che l'avvenente April è in combutta con i criminali per truffare il marito.

Un game designer di videogiochi a realtà virtuale utilizza la devozione di giovani fan adolescenti per armarli con armature ed armi dell'universo del gioco al fine di eliminare i suoi nemici e rivali (tra cui il vero scrittore del videogame e proprietario di tutti i diritti di utilizzo). Tra questi ragazzi c'è un compagno di scuola di Terry che inizia a comportarsi in modo strano, e Batman indaga.

Un nuovo vigilante chiamato Payback se la prende con i carnefici di parecchi adolescenti travagliati, i quali sono nello stesso gruppo di terapia. Quando Terry entra sotto copertura nel gruppo per trovare il colpevole, comincia a sospettare del medico che esegue le sedute, ma la reale identità di Payback dimostra di essere qualcuno che nessuno si sarebbe aspettato.

Shriek intrappola Batman nelle gallerie abbandonate della vecchia metropolitana di Gotham City per vendicarsi di lui. Resosi conto che Terry è scomparso, Bruce Wayne si sente in colpa per averlo coinvolto nella sua guerra e inizia a cercarlo; suo malgrado, il vecchio è costretto ad allearsi con Max per riuscire a trovare Terry.

Quando Asso scompare, Bruce rammenta come gli salvò la vita anni addietro; mentre cerca il cane, Terry si imbatte in un'organizzazione che organizza combattimenti illegali, drogando i cani con steroidi sperimentali che li trasformano in mostri mutanti.

La Gang della Scala Reale, senza Dieci che ha abbandonato la famiglia per vivere una vita più onesta, ritorna a Gotham City nel tentativo di riconquistare la loro reputazione. La banda viene ingaggiata da Paxton Powers, e cercano di aumentare i loro conti bancari togliendo di mezzo Bruce Wayne.

Batman affronta un nuovo nemico, apparentemente invulnerabile, chiamato Repeller, che utilizza una tecnologia simile ad un prototipo che ha sviluppato la divisione medicale della Wayne-Powers. Bruce accompagna Terry ai laboratori per scoprire chi sia Repeller in realtà.

Dopo che l'ultimo datore di lavoro di China la tradisce e le spara con un'arma sperimentale che induce il suo corpo liquido a sciogliersi lentamente, la supercriminale è costretta a chiedere aiuto a sua figlia che non vede da anni. In cambio di un sostanzioso trasferimento di denaro sul suo conto bancario, la ragazza è disposta ad aiutare la madre a rubare la sostanza attivatrice della sua mutazione.

Un amico da Terry appena uscito di prigione dopo tre anni di carcere, Charlie "Big Time" Bigelow, cerca di convincerlo a tornare sulla via del crimine; Terry dissente e prova a fermarlo per impedire anche a lui di ripetere gli errori del loro travagliato passato e tornare in galera. Quando Charlie finisce per aiutare una banda di ladri che rubano dai laboratori di ricerca della Wayne-Powers, viene esposto ad una sostanza chimica sperimentale molto pericolosa che lo trasforma in un mostruoso gigante.

Talia, la figlia di Ra's al Ghul, è tornata a Gotham bella come un tempo per offrire al suo antico amore Bruce Wayne il dono dell'eterna giovinezza. Dapprima restio ad accettare, Bruce si sottopone poi al processo del Pozzo di Lazzaro, ma non immagina che Talia nasconde un oscuro segreto: Ra's ha infatti trasferito la sua mente nel giovane corpo della figlia, e adesso intende fare lo stesso trasferendosi in quello più agile e forte del suo vecchio nemico Batman.

Batman dà la caccia ad un gorilla geneticamente potenziato fuggito dai laboratori di ricerca in cui gli è stato iniettato DNA umano. Dotato di intelligenza e capace di parlare, il Gorilla è in cerca del malvagio bracconiere che ha rapito sua madre.

Dopo un mortale attentato a Micro, Superman convoca Batman nella Justice League del futuro per poter scoprire un traditore che si nasconde nelle file del supergruppo. Terry accetta l'invito, ma è guardato con diffidenza dai membri più anziani della Lega, Barda, Lanterna Verde, Aquagirl e Warhawk (il figlio di John Stewart e Alata), i quali non lo ritengono idoneo a far parte della squadra. Dopo l'ennesimo attentato che apparentemente costa la vita a Warhawk, Bruce scopre che il traditore della Justice League è proprio Superman e consegna a Terry un frammento di Kryptonite affinché elimini l'Uomo d'Acciaio.

Batman deve ancora affrontare il traditore della JL, tutto ciò però avrà ripercussioni su Batman e sulla JL stessa.

Big Time ritorna a Gotham City, causando problemi sia a Batman, che al suo alter-ego Terry McGinnis, che ancora si sente in colpa per tutto quello che è accaduto al suo vecchio amico. Bruce cerca di mettere in guardia Terry a non lasciarsi coinvolgere.

Terry viene mandato da una vecchia amica di Bruce Wayne, Kairi Tanaka, affinché possa affinare le sue abilità di combattimento nelle arti marziali e, inavvertitamente, fa amicizia con l'erede all'organizzazione criminale del K.O.B.R.A. Dopo che il giovane leader di K.O.B.R.A. rapisce Max per costringerla a diventare sua moglie, Batman si sente responsabile ed è costretto a salvarla. Scopre così i piani di K.O.B.R.A., intenzionati a riportare il mondo indietro a quando i dinosauri dominavano, facendo esplodere una bomba termica che alzerà la temperatura del pianeta e innestando nei loro agenti DNA di rettili trasformandoli in dinosauri umanoidi.

Terry corre in aiuto di Max visto che è stata rapita, e sconfiggere definitivamente l'organizzazione dei Kobra prima che attivino una bomba che distrutta Gotham.

L'androide Zeta torna a Gotham City per cercare il suo creatore, ma cade nelle grinfie del criminale folle Mad Stan, che lo trasforma in una bomba ambulante. Batman e Ro (una cara amica di Zeta) devono rintracciarlo prima che scada il tempo e la bomba installata sul suo corpo esploda.

Terry racconta a Max una delle sue precedenti avventure come Batman, durante la quale ha rivelato inavvertitamente il suo volto ad un bambino, mettendo così in pericolo il ragazzo. I criminali del K.O.B.R.A. infatti lo rapirono per estorcergli l'informazione sull'identità di Batman.