Red è stato rapito dal terrorista Anslo Garrick. Sta ad Elizabeth cercare di ritrovarlo e salvarlo: riuscirà nell'impresa? E quali segreti stanno per essere svelati sulla sua storia?

Mentre Red è ancora latitante, Liz viene contattata dalla sezione Mobile Psych che chiede la sua collaborazione per risolvere il caso di un serial killer battezzato dalla stampa Il Buon Samaritano. A quel punto Red si fa sentire.

Un politico viene incastrato per omicidio a Praga, portando così il team a caccia del Kingmaker, un infido stratega autore del successo di molti politici. Nel frattempo, Liz (Megan Boone) scopre un segreto che Red (James Spader) sta tenendo nascosto.

In questo appassionante finale di stagione l'ambiguo Red e Liz continuano a loro modo a collaborare per cercare di catturare il misterioso Berlin, collegato in qualche modo all'incidente aereo che ha liberato diversi prigionieri e messo in pericolo l'intera città.

Red e Berlin vanno a Mosca alla ricerca di Decembrist , l’uomo che ha dato il via alla loro guerra. Nel frattempo Liz prova ad avere notizie su Berlin interrogando Tom, la situazione precipita ed un Capitano di Porto viene ucciso da Tom.